More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4767 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_4767  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 
330 aa  664    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3975  transcriptional regulator, LacI family  46.39 
 
 
329 aa  278  1e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00653549  normal  0.0330479 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3964  transcriptional regulator, LacI family  42.2 
 
 
332 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0147565  normal  0.0529978 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5754  transcriptional regulator, LacI family  40.06 
 
 
348 aa  197  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597528  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  38.79 
 
 
349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7934  putative LacI-family transcriptional regulator  38.89 
 
 
335 aa  193  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6090  transcriptional regulator, LacI family  40.55 
 
 
347 aa  186  5e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1691  transcriptional regulator, LacI family  37.88 
 
 
341 aa  184  3e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0314799  normal  0.084893 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3400  transcriptional regulator, LacI family  38.79 
 
 
338 aa  181  2e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.125574 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  38.62 
 
 
347 aa  179  7e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4620  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 
349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0995  transcriptional regulator, LacI family  39.88 
 
 
349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  35.38 
 
 
346 aa  172  5e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2567  transcriptional regulator, LacI family  37.54 
 
 
342 aa  168  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.789697  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2664  transcriptional regulator, LacI family  36.68 
 
 
352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.686839  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2268  transcriptional regulator, LacI family  36.92 
 
 
338 aa  166  5e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3259  alanine racemase  36.81 
 
 
338 aa  166  5e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.884845  normal  0.842339 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1432  transcriptional regulator, LacI family  38.34 
 
 
324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.629194 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 
330 aa  163  5.0000000000000005e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3489  LacI family transcription regulator  35.38 
 
 
338 aa  157  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.148473  normal  0.0487492 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.94 
 
 
331 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  33.73 
 
 
333 aa  155  9e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.02 
 
 
348 aa  154  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  31.93 
 
 
341 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  32.83 
 
 
368 aa  154  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3595  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.95 
 
 
356 aa  153  2.9999999999999998e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0645227  normal  0.199823 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.42 
 
 
352 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.3 
 
 
342 aa  150  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.98 
 
 
338 aa  151  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 
342 aa  149  4e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  28.74 
 
 
337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  31.33 
 
 
328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  31.42 
 
 
339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  29.31 
 
 
336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  31.16 
 
 
338 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 
353 aa  146  5e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5028  transcriptional regulator, LacI family  32.31 
 
 
348 aa  145  8.000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.108824  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  30.45 
 
 
338 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 
333 aa  143  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 
334 aa  143  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 
340 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  32.53 
 
 
340 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  28.89 
 
 
344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.34 
 
 
338 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  30.84 
 
 
334 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 
381 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  31.07 
 
 
334 aa  140  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  30.54 
 
 
332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.14 
 
 
333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.24 
 
 
335 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.63 
 
 
353 aa  139  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  32.64 
 
 
330 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  32.94 
 
 
330 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  32.64 
 
 
330 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  32.64 
 
 
330 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  32.64 
 
 
330 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  32.64 
 
 
330 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  32.34 
 
 
330 aa  138  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  32.43 
 
 
333 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  30.95 
 
 
353 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  32.05 
 
 
340 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  33.94 
 
 
348 aa  136  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  31.23 
 
 
338 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  29.46 
 
 
342 aa  136  5e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0508  transcriptional regulator, LacI family  32.02 
 
 
347 aa  136  6.0000000000000005e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.339758  normal  0.020506 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 
337 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0710  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 
334 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  34.32 
 
 
350 aa  135  9e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  31.4 
 
 
347 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 
347 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  27 
 
 
340 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  31.61 
 
 
337 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 
342 aa  135  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.16 
 
 
340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  31.1 
 
 
346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 
337 aa  134  3e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  32.09 
 
 
332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  30.42 
 
 
340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 
347 aa  133  5e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  31.81 
 
 
332 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.48 
 
 
330 aa  132  5e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 
354 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  31.82 
 
 
391 aa  132  6e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  31.31 
 
 
337 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  31.21 
 
 
343 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.66 
 
 
337 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  32.09 
 
 
332 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  30.28 
 
 
346 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  31.21 
 
 
343 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 
346 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  32.09 
 
 
332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  31.21 
 
 
343 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  31.21 
 
 
343 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38350  transcriptional regulator  32.63 
 
 
343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  28.66 
 
 
334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.02 
 
 
329 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  25.71 
 
 
333 aa  130  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.65 
 
 
336 aa  130  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  29.79 
 
 
361 aa  130  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  31.85 
 
 
346 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>