More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3792 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3792  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 
341 aa  690    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.190437  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3679  transcriptional regulator, LacI family  91.15 
 
 
340 aa  633  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3381  transcriptional regulator, LacI family  90.86 
 
 
340 aa  631  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.289071 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2764  alanine racemase  88.13 
 
 
340 aa  612  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0923309  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  77.22 
 
 
339 aa  538  9.999999999999999e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0984  transcriptional regulator, putative  76.33 
 
 
339 aa  532  1e-150  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.879842  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  76.33 
 
 
339 aa  532  1e-150  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2846  LacI family transcription regulator  75.08 
 
 
326 aa  503  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  40.06 
 
 
358 aa  243  5e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  39.02 
 
 
357 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1177  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.53 
 
 
360 aa  232  6e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  37.87 
 
 
365 aa  229  7e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  37.84 
 
 
352 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1971  LacI family transcription regulator  37.24 
 
 
352 aa  224  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137395  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  37.84 
 
 
351 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0074  LacI family transcription regulator  35.21 
 
 
351 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.840414  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.17 
 
 
347 aa  216  5.9999999999999996e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  34.85 
 
 
341 aa  214  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3336  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.56 
 
 
341 aa  209  7e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0752084  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1775  transcriptional regulator, LacI family  36.25 
 
 
350 aa  204  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.443552 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1374  transcriptional regulator, LacI family  36.2 
 
 
357 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.748872  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0624  LacI family transcription regulator  36.8 
 
 
348 aa  202  6e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.393739  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3749  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.42 
 
 
344 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1478  transcriptional regulator, LacI family  35.91 
 
 
348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2376  transcriptional regulator, LacI family  35.22 
 
 
352 aa  199  7.999999999999999e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01228  transcriptional regulator  35.42 
 
 
354 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00348706  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.63 
 
 
342 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5078  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.04 
 
 
337 aa  180  4e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0397942  normal  0.741474 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  31.66 
 
 
347 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.63 
 
 
335 aa  177  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3568  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
339 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3383  LacI family transcription regulator  32.06 
 
 
344 aa  176  5e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0237122 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  33.43 
 
 
336 aa  176  6e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2652  LacI family transcription regulator  32.86 
 
 
335 aa  175  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126307  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.52 
 
 
343 aa  174  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1853  LacI family transcription regulator  31.49 
 
 
340 aa  175  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.52 
 
 
343 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.52 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  32.52 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 
347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.52 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.52 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.52 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  32.52 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.52 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.83 
 
 
338 aa  172  7.999999999999999e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 
335 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 
346 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.01 
 
 
333 aa  171  2e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.33 
 
 
335 aa  170  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  32.01 
 
 
333 aa  170  3e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.93 
 
 
335 aa  170  4e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  32.44 
 
 
344 aa  169  6e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 
342 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.1 
 
 
342 aa  168  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.74 
 
 
335 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  31.82 
 
 
339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.84 
 
 
342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.84 
 
 
342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.09 
 
 
347 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  31.83 
 
 
337 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.09 
 
 
347 aa  166  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  33.44 
 
 
338 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.73 
 
 
356 aa  165  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  35.76 
 
 
332 aa  165  9e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  30.7 
 
 
334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.1 
 
 
341 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.1 
 
 
341 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.1 
 
 
341 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.1 
 
 
341 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.1 
 
 
341 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0292  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 
336 aa  163  3e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3927  LacI family transcription regulator  31.76 
 
 
334 aa  162  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  32.32 
 
 
368 aa  162  7e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.62 
 
 
352 aa  162  8.000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.91 
 
 
341 aa  162  8.000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.03 
 
 
356 aa  162  9e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.52 
 
 
338 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 
355 aa  161  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  34.4 
 
 
334 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  31.53 
 
 
337 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 
332 aa  160  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  33.03 
 
 
331 aa  159  5e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  32.44 
 
 
353 aa  159  6e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.92 
 
 
332 aa  159  6e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  29.45 
 
 
331 aa  159  7e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1631  LacI family transcription regulator  31.56 
 
 
381 aa  159  7e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.213128  normal  0.697087 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  33.53 
 
 
361 aa  159  7e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  30.79 
 
 
353 aa  158  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.97 
 
 
338 aa  158  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  31.02 
 
 
343 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.97 
 
 
342 aa  157  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0565  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 
339 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.12 
 
 
356 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  29.45 
 
 
328 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 
348 aa  156  4e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  29.76 
 
 
340 aa  156  5.0000000000000005e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 
343 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  31.29 
 
 
334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0927  LacI family transcription regulator  34.15 
 
 
324 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.845689 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>