More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3516 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 330 aa  666    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 327 aa  296  3e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 352 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  32.7 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 318 aa  169  7e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  31.51 
 
 		 324 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 329 aa  162  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 318 aa  152  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  31.87 
 
 		 791 aa  130  4.0000000000000003e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 337 aa  129  5.0000000000000004e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  28.16 
 
 		 340 aa  129  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0534  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 261 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  31.3 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.87 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 319 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  38.02 
 
 		 319 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  38.02 
 
 		 319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  38.02 
 
 		 319 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 319 aa  126  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 328 aa  122  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 777 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.58 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  32.58 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 335 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.58 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.58 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.58 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  31.69 
 
 		 791 aa  119  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 791 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 322 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 389 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 333 aa  115  8.999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.71 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 318 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  29.41 
 
 		 318 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 342 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 321 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.15 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 326 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 321 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4762  AraC-type DNA-binding domain-containing protein- like protein  29.38 
 
 		 353 aa  105  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.505446 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  28.62 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3599  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 844 aa  104  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.675813 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 327 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 354 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 368 aa  103  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  26.2 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.2 
 
 		 314 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 317 aa  99.4  8e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 319 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 325 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 305 aa  97.4  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 330 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 350 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 350 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 350 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1695  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 324 aa  93.6  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.674415  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  27.89 
 
 		 348 aa  93.2  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.04 
 
 		 347 aa  92.4  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.383418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  30.45 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.77 
 
 		 316 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 330 aa  91.7  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.54 
 
 		 342 aa  91.3  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.84 
 
 		 385 aa  90.5  4e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  27.58 
 
 		 319 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0131  transcriptional regulator, AraC family  31.51 
 
 		 328 aa  89.4  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4963  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 810 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.559194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 350 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.51 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.58 
 
 		 299 aa  86.7  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>