More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1164 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
260 aa  484  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.233018 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.43 
 
 
283 aa  280  2e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.32 
 
 
279 aa  269  4e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.91 
 
 
278 aa  267  1e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.64 
 
 
262 aa  263  3e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.77 
 
 
268 aa  258  9e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.223421 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0801  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  55.02 
 
 
298 aa  257  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0745387  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.62 
 
 
287 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00381914  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0258  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.61 
 
 
274 aa  255  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.750925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.49 
 
 
274 aa  251  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.858995  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.41 
 
 
280 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.208081  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.92 
 
 
285 aa  249  4e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.13305  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.21 
 
 
284 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.65192 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7480  ABC transporter permease  60.85 
 
 
271 aa  243  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.477102  normal  0.131238 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.5 
 
 
267 aa  241  7.999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.318809  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.47 
 
 
294 aa  238  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.2 
 
 
285 aa  238  5.999999999999999e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0792607  normal  0.95709 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3552  ABC transporter membrane spanning protein  52.61 
 
 
285 aa  238  6.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0625026  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3414  ATP-binding protein of ABC transporter  55.74 
 
 
280 aa  234  8e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.24016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.07 
 
 
274 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0627389  normal  0.343483 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.32 
 
 
276 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.2 
 
 
264 aa  224  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.2 
 
 
264 aa  223  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.64 
 
 
298 aa  217  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.433007  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2015  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  50 
 
 
252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1263  ABC transporter permease  48.44 
 
 
262 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165267 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.2 
 
 
264 aa  216  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0240883  normal  0.166534 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.94 
 
 
254 aa  195  7e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.404323  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3210  ABC transporter, permease protein  48.26 
 
 
267 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.12 
 
 
267 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.417353 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
277 aa  152  4e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0253714  normal  0.258175 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
283 aa  134  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0441349  normal  0.902161 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
281 aa  132  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695693  normal  0.331928 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.1 
 
 
252 aa  125  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21476  normal  0.0147088 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
317 aa  124  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0255815  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
254 aa  122  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.157809 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
257 aa  120  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17280  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  34.65 
 
 
325 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.158115  normal  0.544115 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
258 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.2 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.32312  normal  0.0411868 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
250 aa  116  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.34 
 
 
256 aa  115  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
265 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000457845  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.06 
 
 
270 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283078  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.78 
 
 
261 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.24 
 
 
255 aa  112  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.323499  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
303 aa  112  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.674946  normal  0.833857 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
288 aa  111  9e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.752734  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.93 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.942666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.77 
 
 
284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3460  ABC transporter membrane spanning protein  33.07 
 
 
288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.62 
 
 
275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.22 
 
 
263 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.88688  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 
278 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7650  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  37.29 
 
 
247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621765  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.24 
 
 
268 aa  109  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.333865  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.6 
 
 
453 aa  108  6e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
322 aa  107  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.167871 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0797  ABC transporter, permease protein, putative  33.07 
 
 
250 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
281 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58323  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0881  putative ABC transporter, permease protein  32.68 
 
 
251 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00328051  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.81 
 
 
258 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
251 aa  106  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
289 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.239724 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
277 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0283642  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.86 
 
 
273 aa  105  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0637  ABC transporter, permease  34.83 
 
 
250 aa  105  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0784  putative ABC transporter, permease protein  31.87 
 
 
250 aa  105  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.605831  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2545  binding-protein-dependent transport system protein  32.62 
 
 
287 aa  105  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.240068  normal  0.521676 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0804  putative ABC transporter, permease protein  31.87 
 
 
250 aa  105  6e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22036e-46 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0693  ABC transporter permease  34.83 
 
 
250 aa  105  8e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
253 aa  105  8e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0371548 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0727  ABC transporter permease  34.83 
 
 
250 aa  105  8e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0363276  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4547  putative ABC transporter, permease protein  35.29 
 
 
251 aa  105  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.113137  normal  0.441246 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0637  ABC transporter, permease  34.83 
 
 
250 aa  105  9e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00537874  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
247 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
250 aa  104  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0247808  normal  0.0244453 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5406  ABC transporter membrane spanning protein  33.5 
 
 
251 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408693  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 
281 aa  103  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
258 aa  104  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.90454  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.51 
 
 
282 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0528385  normal  0.0939424 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
267 aa  102  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.549296  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
286 aa  102  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2376  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  32.43 
 
 
265 aa  102  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
300 aa  102  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000896674  normal  0.103005 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.22 
 
 
281 aa  102  8e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0644  ABC transporter, inner membrane subunit  35.92 
 
 
238 aa  102  8e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.02 
 
 
246 aa  102  8e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.88 
 
 
255 aa  102  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
238 aa  102  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0792355  normal  0.132671 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
272 aa  101  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848141 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.07 
 
 
257 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 
258 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121812  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0666  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
272 aa  101  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
282 aa  101  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0113678 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>