More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2372 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
289 aa  566  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.239724 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3460  ABC transporter membrane spanning protein  82.86 
 
 
288 aa  474  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.48 
 
 
286 aa  430  1e-119  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.91 
 
 
375 aa  391  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.149558 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.82 
 
 
375 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70 
 
 
286 aa  382  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113814  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.97 
 
 
283 aa  351  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.62 
 
 
281 aa  348  4e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58323  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6031  putative ABC transporter, permease protein  67.06 
 
 
325 aa  347  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.95 
 
 
303 aa  338  5.9999999999999996e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.674946  normal  0.833857 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0180  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  64.29 
 
 
283 aa  331  8e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105797  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.29 
 
 
283 aa  331  8e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.296576 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3455  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.37 
 
 
322 aa  315  7e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.833863  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.44 
 
 
321 aa  310  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1731  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.02 
 
 
321 aa  308  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.443029  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.66 
 
 
321 aa  301  9e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.148611  normal  0.032179 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.33 
 
 
316 aa  290  2e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.505407  normal  0.565906 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.98 
 
 
362 aa  289  3e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.7 
 
 
322 aa  217  1e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.167871 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2099  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.72 
 
 
306 aa  208  7e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.59 
 
 
261 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
283 aa  136  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0441349  normal  0.902161 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
268 aa  135  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.223421 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.78 
 
 
264 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.23 
 
 
284 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
264 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.025765  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13670  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  34.14 
 
 
249 aa  132  5e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
246 aa  132  6e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.92 
 
 
271 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5406  ABC transporter membrane spanning protein  35.44 
 
 
251 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408693  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.07 
 
 
268 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.333865  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0801  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  34 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0745387  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
257 aa  126  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
281 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1169  putative ABC transporter permease protein  34.16 
 
 
279 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
254 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.63161  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
281 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
272 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848141 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.98 
 
 
264 aa  123  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0240883  normal  0.166534 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0666  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
272 aa  123  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
257 aa  122  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
258 aa  122  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
273 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
273 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.59 
 
 
277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
280 aa  119  7.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.208081  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
270 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.1 
 
 
256 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783663  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
268 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
253 aa  116  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0371548 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.03 
 
 
258 aa  115  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.173855  normal  0.365472 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2545  binding-protein-dependent transport system protein  34.55 
 
 
287 aa  113  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.240068  normal  0.521676 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  32.37 
 
 
282 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.94 
 
 
317 aa  112  8.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0255815  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2015  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  31.3 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.72 
 
 
283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0797  ABC transporter, permease protein, putative  31.45 
 
 
250 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
260 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112184  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.04 
 
 
285 aa  109  4.0000000000000004e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0792607  normal  0.95709 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
274 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.858995  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0354  ABC transporter, permease  28.09 
 
 
265 aa  109  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.76 
 
 
250 aa  109  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
253 aa  109  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283078  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0367  ABC transporter permease  28.09 
 
 
265 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0357  ABC transporter, permease  28.09 
 
 
265 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
258 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7650  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  34.36 
 
 
247 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621765  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
288 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.752734  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06840  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system permease component  31.67 
 
 
266 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
267 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.318809  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0881  putative ABC transporter, permease protein  31.05 
 
 
251 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00328051  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.85 
 
 
256 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.48 
 
 
278 aa  107  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0446  putative ABC transporter, permease protein  27.8 
 
 
257 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000865  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter transmembrane component  32.07 
 
 
266 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02100  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  32.81 
 
 
308 aa  108  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4547  putative ABC transporter, permease protein  31.94 
 
 
251 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.113137  normal  0.441246 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3166  ABC transporter, inner membrane subunit  33.68 
 
 
281 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0381  ABC transporter permease  27.8 
 
 
257 aa  106  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0784  putative ABC transporter, permease protein  31.48 
 
 
250 aa  107  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.605831  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
260 aa  106  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.566245  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.68 
 
 
281 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0424  putative ABC transporter, permease protein  27.8 
 
 
257 aa  106  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
251 aa  106  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
284 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.65192 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0491  ABC transporter, permease protein, putative  27.8 
 
 
257 aa  106  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0258  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
274 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.750925 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
253 aa  106  5e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.946292  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0493  putative ABC transporter, permease protein  27.8 
 
 
257 aa  106  5e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0637  ABC transporter, permease  31.48 
 
 
250 aa  105  7e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00537874  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0693  ABC transporter permease  31.48 
 
 
250 aa  105  8e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0637  ABC transporter, permease  31.48 
 
 
250 aa  105  8e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0727  ABC transporter permease  31.48 
 
 
250 aa  105  8e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0363276  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0804  putative ABC transporter, permease protein  31.48 
 
 
250 aa  105  8e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22036e-46 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
249 aa  105  8e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.04587  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.04 
 
 
243 aa  105  9e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>