152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01480 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1471  hypothetical protein  50.54 
 
 		 830 aa  837    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1988  DNA polymerase 3, epsilon subunit  54.41 
 
 		 870 aa  965    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2555  vitamin K epoxide reductase  44.56 
 
 		 862 aa  722    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01480  DNA polymerase 3, epsilon subunit  100 
 
 		 824 aa  1693    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4120  vitamin K epoxide reductase  40.77 
 
 		 847 aa  654    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0801  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.86 
 
 		 849 aa  671    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2738  Vitamin K epoxide reductase  37.9 
 
 		 490 aa  316  9.999999999999999e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2743  Vitamin K epoxide reductase  43.89 
 
 		 178 aa  172  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2752  vitamin K epoxide reductase  36.46 
 
 		 177 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  26.41 
 
 		 319 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0450  hypothetical protein  21.69 
 
 		 404 aa  62  0.00000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.184881  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.88 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.16 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.950966 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.84 
 
 		 296 aa  56.6  0.000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  30.06 
 
 		 318 aa  55.8  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0156  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.49 
 
 		 279 aa  55.1  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 		 318 aa  55.1  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4138  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.18 
 
 		 330 aa  53.5  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000244942 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0216  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.64 
 
 		 330 aa  53.5  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.240285  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.61 
 
 		 317 aa  53.1  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.89 
 
 		 317 aa  52.4  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.83 
 
 		 560 aa  52.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  28.03 
 
 		 331 aa  52.4  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2465  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  21.89 
 
 		 724 aa  52.8  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 		 331 aa  52.4  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  28.03 
 
 		 331 aa  52.4  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 		 270 aa  52  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  22.51 
 
 		 319 aa  51.6  0.00006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  decreased coverage  0.00880027  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.7 
 
 		 292 aa  51.6  0.00006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  24.12 
 
 		 318 aa  50.4  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.24 
 
 		 627 aa  50.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0958  ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase precursor  25.56 
 
 		 314 aa  50.8  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.257763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.24 
 
 		 627 aa  50.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.24 
 
 		 627 aa  50.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 		 320 aa  50.1  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.24 
 
 		 627 aa  50.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.96 
 
 		 318 aa  50.1  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.14 
 
 		 357 aa  49.7  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0595  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 		 297 aa  50.1  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.39 
 
 		 331 aa  50.1  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.64 
 
 		 309 aa  49.3  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.1 
 
 		 320 aa  49.3  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.73 
 
 		 630 aa  48.9  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0418  UDP-glucose 4-epimerase  33.11 
 
 		 326 aa  49.3  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 		 368 aa  49.3  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1313  putative nucleotide sugar epimerase  28.35 
 
 		 355 aa  48.9  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.340796  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.09 
 
 		 319 aa  48.9  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0707  nucleotide sugar epimerase  28.41 
 
 		 323 aa  48.9  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.15214  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4014  oxidoreductase domain protein  26.27 
 
 		 680 aa  48.5  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.79 
 
 		 310 aa  48.9  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.12 
 
 		 292 aa  48.1  0.0006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.66 
 
 		 336 aa  48.1  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 		 305 aa  48.1  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.74 
 
 		 627 aa  48.5  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 		 328 aa  48.1  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.10173 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  27.05 
 
 		 637 aa  48.1  0.0007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  27.05 
 
 		 637 aa  48.1  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  27.05 
 
 		 637 aa  48.1  0.0007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  27.05 
 
 		 637 aa  48.1  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  27.05 
 
 		 637 aa  48.1  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  27.05 
 
 		 637 aa  48.1  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  27.05 
 
 		 637 aa  48.1  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 		 338 aa  47.8  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 		 323 aa  47.8  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  32.88 
 
 		 329 aa  47.8  0.0008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2451  UDP-glucose 4-epimerase  29.75 
 
 		 341 aa  47.4  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0563953  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000603  putative 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase  31.88 
 
 		 239 aa  47.8  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0031423  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.5 
 
 		 337 aa  47.4  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  27.05 
 
 		 656 aa  47.4  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13991  putative nucleotide sugar epimerase  26.53 
 
 		 344 aa  47  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.417084  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.88 
 
 		 366 aa  47.4  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  21.94 
 
 		 336 aa  47  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2271  UDP-glucose 4-epimerase  27.54 
 
 		 340 aa  47  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.967584  normal  0.133855 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1753  UDP-glucose 4-epimerase  29.41 
 
 		 339 aa  46.2  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0261532  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  23.25 
 
 		 318 aa  46.6  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  26.62 
 
 		 306 aa  46.6  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1662  UDP-glucose 4-epimerase  33.56 
 
 		 330 aa  47  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2339  UDP-glucose 4-epimerase  31.18 
 
 		 338 aa  46.2  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000378791  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  22.39 
 
 		 358 aa  46.2  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.29 
 
 		 372 aa  46.2  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20130  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  21.31 
 
 		 357 aa  46.2  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00890692 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 		 279 aa  46.2  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.54 
 
 		 375 aa  46.6  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.224754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1716  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  24.8 
 
 		 373 aa  46.6  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8322  UDP-glucose 4-epimerase  29.05 
 
 		 314 aa  46.6  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1342  UDP-glucose 4-epimerase  30.13 
 
 		 332 aa  46.6  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1081  UDP-glucose 4-epimerase  29.81 
 
 		 321 aa  46.6  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000142619  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.7 
 
 		 292 aa  47  0.002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 		 287 aa  47  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06461  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase  31.33 
 
 		 239 aa  46.6  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.39 
 
 		 348 aa  47  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5384  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.57 
 
 		 341 aa  45.8  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  24.86 
 
 		 376 aa  45.8  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.83 
 
 		 315 aa  45.8  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2146  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.02 
 
 		 308 aa  45.8  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.478357  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.25 
 
 		 628 aa  45.8  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3257  hopanoid-associated sugar epimerase  24.84 
 
 		 335 aa  46.2  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273856  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4126  hopanoid-associated sugar epimerase  24.39 
 
 		 336 aa  46.2  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 		 923 aa  45.8  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.651694  normal  0.376335 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 		 297 aa  46.2  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>