More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2555 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4120  vitamin K epoxide reductase  45.66 
 
 
847 aa  753    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1471  hypothetical protein  48.33 
 
 
830 aa  768    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0801  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.59 
 
 
849 aa  969    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1988  DNA polymerase 3, epsilon subunit  42.4 
 
 
870 aa  692    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2555  vitamin K epoxide reductase  100 
 
 
862 aa  1739    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01480  DNA polymerase 3, epsilon subunit  44.62 
 
 
824 aa  723    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2738  Vitamin K epoxide reductase  41.19 
 
 
490 aa  336  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2743  Vitamin K epoxide reductase  48.62 
 
 
178 aa  176  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2752  vitamin K epoxide reductase  36.81 
 
 
177 aa  110  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
372 aa  83.2  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4014  oxidoreductase domain protein  26.61 
 
 
680 aa  77.4  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.06 
 
 
320 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
320 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
347 aa  68.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  31.1 
 
 
331 aa  68.9  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  31.1 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.1 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  31.1 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.61 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.86 
 
 
319 aa  67  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  decreased coverage  0.00880027  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
501 aa  66.6  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
466 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
466 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.657654  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 
320 aa  65.9  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
466 aa  66.2  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.566087 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4181  UDP-glucose 4-epimerase  33.33 
 
 
332 aa  65.5  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  29.36 
 
 
323 aa  64.7  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.88 
 
 
319 aa  64.3  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
323 aa  62.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.77 
 
 
349 aa  62.4  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 
347 aa  62.8  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.87 
 
 
321 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20130  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.86 
 
 
357 aa  62.4  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00890692 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.87 
 
 
321 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.75 
 
 
328 aa  62.4  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4141  UDP-glucose 4-epimerase  32.74 
 
 
332 aa  62  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.74 
 
 
322 aa  62  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.84 
 
 
321 aa  61.2  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
340 aa  61.2  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.09 
 
 
270 aa  60.5  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.96 
 
 
331 aa  60.5  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
340 aa  60.8  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.97 
 
 
677 aa  60.1  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.22 
 
 
340 aa  59.7  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  28.94 
 
 
318 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  28.49 
 
 
303 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  24.09 
 
 
303 aa  60.1  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.09 
 
 
510 aa  60.1  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1685  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.08 
 
 
342 aa  58.9  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  25.86 
 
 
318 aa  59.3  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.81 
 
 
328 aa  59.3  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
276 aa  59.3  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191598  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.96 
 
 
337 aa  59.3  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.537903 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.52 
 
 
318 aa  58.9  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.59 
 
 
346 aa  58.9  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2742  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.64 
 
 
112 aa  58.5  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0464  UDP-glucose 4-epimerase  25.4 
 
 
327 aa  58.2  0.0000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0781477  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.38 
 
 
336 aa  58.2  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.21 
 
 
321 aa  58.2  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  26.81 
 
 
326 aa  57.8  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1047  UDP-galactose 4-epimerase  25.81 
 
 
336 aa  57.8  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240501 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.56 
 
 
330 aa  57.8  0.0000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.42 
 
 
305 aa  57.8  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.21 
 
 
321 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.74 
 
 
323 aa  57  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.21 
 
 
321 aa  57.4  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  28.21 
 
 
321 aa  57.4  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
307 aa  57.4  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000104829  normal  0.0341268 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0284  UDP-galactose 4-epimerase  27.98 
 
 
330 aa  57.4  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.555091  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1068  UDP-galactose 4-epimerase  30.33 
 
 
334 aa  57.8  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.715245  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.21 
 
 
321 aa  57.4  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.21 
 
 
321 aa  57.4  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.21 
 
 
321 aa  57.4  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  26.19 
 
 
326 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.72 
 
 
325 aa  57  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
307 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.09 
 
 
303 aa  56.6  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.75 
 
 
367 aa  56.6  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.95 
 
 
321 aa  56.6  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 
303 aa  56.6  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
318 aa  57  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.65 
 
 
263 aa  56.6  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23780  UDP-glucose 4-epimerase  26.59 
 
 
308 aa  55.8  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00097023  normal  0.178512 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0199  hypothetical protein  47.76 
 
 
75 aa  55.8  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.647055  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.71 
 
 
319 aa  55.8  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1352  UDP-glucose 4-epimerase  29.19 
 
 
329 aa  55.8  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.29 
 
 
341 aa  56.2  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
321 aa  55.5  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.480465 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
296 aa  55.8  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4449  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.05 
 
 
312 aa  55.5  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3289  UDP-glucose 4-epimerase  30.8 
 
 
330 aa  55.8  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_76750  UDP glucose-4-epimerase  28.57 
 
 
688 aa  55.5  0.000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.949645  normal  0.956921 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.11 
 
 
349 aa  55.1  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2329  UDP-galactose 4-epimerase  34.5 
 
 
335 aa  55.5  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00335064  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.43 
 
 
333 aa  55.1  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4126  hopanoid-associated sugar epimerase  28.25 
 
 
336 aa  55.1  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4249  UDP-galactose 4-epimerase  30.86 
 
 
327 aa  55.1  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.444052 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2180  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.64 
 
 
351 aa  55.1  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.865242  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.56 
 
 
358 aa  54.7  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0958  ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase precursor  24.16 
 
 
314 aa  54.7  0.000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.257763  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>