More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4120 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009727  CBUD_0801  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  43.57 
 
 
849 aa  744    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1471  hypothetical protein  45.26 
 
 
830 aa  710    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4120  vitamin K epoxide reductase  100 
 
 
847 aa  1710    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1988  DNA polymerase 3, epsilon subunit  40.25 
 
 
870 aa  657    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2555  vitamin K epoxide reductase  45.66 
 
 
862 aa  756    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01480  DNA polymerase 3, epsilon subunit  40.77 
 
 
824 aa  654    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2738  Vitamin K epoxide reductase  37.12 
 
 
490 aa  285  4.0000000000000003e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2743  Vitamin K epoxide reductase  47.28 
 
 
178 aa  182  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2752  vitamin K epoxide reductase  41.21 
 
 
177 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.72 
 
 
501 aa  73.2  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2465  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  25.78 
 
 
724 aa  72  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.99 
 
 
298 aa  70.9  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  25.3 
 
 
320 aa  69.7  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
318 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  27.06 
 
 
324 aa  68.9  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20130  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.93 
 
 
357 aa  67.8  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00890692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.65 
 
 
336 aa  67  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.35 
 
 
323 aa  66.2  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0225  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.95 
 
 
330 aa  65.9  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
310 aa  65.5  0.000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.949606  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  29.49 
 
 
319 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  25.68 
 
 
333 aa  65.1  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4279  UDP-galactose 4-epimerase  23.81 
 
 
333 aa  65.1  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.277879  normal  0.0248708 
 
 
-
 
NC_002978  WD0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.8 
 
 
319 aa  63.2  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  decreased coverage  0.00880027  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.33 
 
 
327 aa  62.4  0.00000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0199  hypothetical protein  46.15 
 
 
75 aa  62.8  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.647055  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  25.61 
 
 
321 aa  62  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2024  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.92 
 
 
317 aa  62  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0133215  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4181  UDP-glucose 4-epimerase  25.88 
 
 
332 aa  61.6  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
312 aa  62  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.93 
 
 
336 aa  61.2  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1830  hopanoid-associated sugar epimerase  27.04 
 
 
363 aa  61.2  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_28493  predicted protein  25.83 
 
 
360 aa  61.2  0.00000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00000203706  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_33729  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.83 
 
 
360 aa  61.2  0.00000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000000109637  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.73 
 
 
314 aa  61.2  0.00000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1957  UDP-galactose 4-epimerase  24.4 
 
 
332 aa  60.5  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.880811  normal  0.626313 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.93 
 
 
320 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1064  UDP-glucose 4-epimerase  25.28 
 
 
328 aa  60.1  0.0000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.22 
 
 
332 aa  60.1  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00157026  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.73 
 
 
336 aa  60.1  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4141  UDP-glucose 4-epimerase  25.59 
 
 
332 aa  59.7  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0684  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  25.86 
 
 
312 aa  59.7  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  24.4 
 
 
309 aa  59.3  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
322 aa  59.7  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.65 
 
 
336 aa  58.9  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17440  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  37.14 
 
 
330 aa  58.9  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147754  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.55 
 
 
315 aa  58.9  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  25.95 
 
 
319 aa  58.5  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
319 aa  58.5  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.4 
 
 
320 aa  58.5  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.78 
 
 
340 aa  58.2  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_28436  predicted protein  25.28 
 
 
360 aa  58.2  0.0000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.981299  normal  0.211421 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  28.1 
 
 
330 aa  58.2  0.0000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1547  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.63 
 
 
312 aa  58.2  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.121163  normal  0.417102 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.95 
 
 
319 aa  57.8  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0537  UDP-glucose 4-epimerase  25.38 
 
 
328 aa  57.8  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.66 
 
 
317 aa  57.8  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.88 
 
 
320 aa  57.8  0.0000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  25.53 
 
 
321 aa  57.8  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23780  UDP-glucose 4-epimerase  26.83 
 
 
308 aa  57.8  0.0000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00097023  normal  0.178512 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.53 
 
 
321 aa  57.4  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.09 
 
 
363 aa  57  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.65 
 
 
320 aa  57  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
303 aa  57  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02770  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.2 
 
 
331 aa  57.4  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.53 
 
 
321 aa  57.4  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.63 
 
 
296 aa  57.4  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.53 
 
 
321 aa  57.4  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  27.14 
 
 
329 aa  57  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.53 
 
 
321 aa  57.4  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.37 
 
 
333 aa  57.4  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.95 
 
 
312 aa  56.2  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 
310 aa  57  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.56 
 
 
321 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.44 
 
 
303 aa  57  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
310 aa  56.6  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 
315 aa  56.6  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
314 aa  56.6  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.57 
 
 
320 aa  56.2  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  23.95 
 
 
318 aa  56.2  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.23 
 
 
357 aa  56.2  0.000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.41 
 
 
302 aa  56.2  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107355  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.64 
 
 
328 aa  55.8  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.23 
 
 
321 aa  55.8  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG01130  conserved hypothetical protein  29.34 
 
 
1132 aa  55.5  0.000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.848882  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
281 aa  55.5  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  28.79 
 
 
303 aa  55.5  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.41 
 
 
340 aa  55.5  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  22.19 
 
 
332 aa  55.5  0.000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  26.97 
 
 
328 aa  55.5  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.5 
 
 
366 aa  55.1  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
331 aa  55.1  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1680  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.71 
 
 
325 aa  55.1  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0210493  normal  0.642206 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.38 
 
 
324 aa  55.1  0.000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.410818  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.88 
 
 
304 aa  55.5  0.000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.23 
 
 
321 aa  55.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.56 
 
 
314 aa  55.1  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1572  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.58 
 
 
330 aa  54.7  0.000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.53 
 
 
336 aa  54.7  0.000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 
330 aa  54.7  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>