More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1988 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1471  hypothetical protein  48.83 
 
 		 830 aa  810    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01480  DNA polymerase 3, epsilon subunit  54.41 
 
 		 824 aa  965    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1988  DNA polymerase 3, epsilon subunit  100 
 
 		 870 aa  1787    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4120  vitamin K epoxide reductase  40.25 
 
 		 847 aa  657    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2555  vitamin K epoxide reductase  42.29 
 
 		 862 aa  692    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0801  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.31 
 
 		 849 aa  670    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2738  Vitamin K epoxide reductase  33.4 
 
 		 490 aa  293  1e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2743  Vitamin K epoxide reductase  51.76 
 
 		 178 aa  190  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2752  vitamin K epoxide reductase  38.42 
 
 		 177 aa  118  6e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.61 
 
 		 336 aa  73.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0450  hypothetical protein  24.78 
 
 		 404 aa  72  0.00000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.184881  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.77 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.77 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25 
 
 		 336 aa  70.1  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2000  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.02 
 
 		 357 aa  66.2  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  26.74 
 
 		 324 aa  65.5  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.53 
 
 		 349 aa  63.2  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  23.19 
 
 		 320 aa  62.8  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0156  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.73 
 
 		 279 aa  62.8  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.76 
 
 		 346 aa  62.4  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1513  steroid dehydrogenase  25.85 
 
 		 365 aa  62.8  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 		 560 aa  62  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.93 
 
 		 333 aa  62  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2180  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.78 
 
 		 351 aa  61.6  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.865242  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.91 
 
 		 338 aa  61.2  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.214439  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.07 
 
 		 298 aa  60.5  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4146  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.08 
 
 		 317 aa  60.5  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0468277  hitchhiker  0.00205504 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  24.93 
 
 		 318 aa  60.1  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.52 
 
 		 331 aa  60.1  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  31.33 
 
 		 331 aa  60.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 		 331 aa  60.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  31.33 
 
 		 331 aa  60.5  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  31.33 
 
 		 331 aa  58.9  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.77 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  28.57 
 
 		 330 aa  58.2  0.0000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0026  epimerase/dehydratase  33.11 
 
 		 351 aa  57.8  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.74 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.53 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0958  ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase precursor  28.89 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.257763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_28493  predicted protein  24.71 
 
 		 360 aa  57.4  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00000203706  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  27.54 
 
 		 318 aa  57.4  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 		 351 aa  57.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.11 
 
 		 342 aa  57.4  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.72 
 
 		 345 aa  57.4  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 		 285 aa  57.4  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_33729  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.71 
 
 		 360 aa  57.4  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000000109637  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.64 
 
 		 312 aa  56.2  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 		 320 aa  56.2  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28 
 
 		 352 aa  56.2  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2024  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.41 
 
 		 317 aa  56.6  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0133215  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.9 
 
 		 329 aa  56.2  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.25 
 
 		 330 aa  56.6  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0638  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.78 
 
 		 347 aa  56.6  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.531653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1185  steroid dehydrogenase  29.52 
 
 		 351 aa  56.2  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1089  UDP-glucose 4-epimerase  31.9 
 
 		 323 aa  56.2  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1745  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  25 
 
 		 387 aa  55.8  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.38 
 
 		 332 aa  55.8  0.000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 		 313 aa  55.8  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000469702  normal  0.717874 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 		 305 aa  56.2  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.22 
 
 		 305 aa  55.8  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.9 
 
 		 466 aa  55.8  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1368  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  23.53 
 
 		 349 aa  55.8  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.9 
 
 		 466 aa  55.8  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.657654  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 		 352 aa  55.8  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.9 
 
 		 466 aa  55.5  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.566087 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 		 352 aa  55.5  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.11 
 
 		 330 aa  55.5  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591198 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.63 
 
 		 308 aa  55.5  0.000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.1 
 
 		 350 aa  55.8  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.57 
 
 		 323 aa  55.1  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.85 
 
 		 506 aa  55.5  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  39.09 
 
 		 318 aa  55.1  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.89 
 
 		 302 aa  55.5  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107355  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.74 
 
 		 315 aa  55.5  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.89 
 
 		 339 aa  55.1  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.898557  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.22 
 
 		 280 aa  55.1  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 		 328 aa  54.7  0.000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.10173 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  22.07 
 
 		 318 aa  54.7  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.75 
 
 		 332 aa  54.7  0.000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1352  UDP-glucose 4-epimerase  31.95 
 
 		 329 aa  54.3  0.000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.7 
 
 		 280 aa  53.9  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.71 
 
 		 319 aa  53.9  0.00001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  decreased coverage  0.00880027  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.89 
 
 		 346 aa  53.9  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1342  UDP-glucose 4-epimerase  32.74 
 
 		 332 aa  53.9  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_28436  predicted protein  23.95 
 
 		 360 aa  53.9  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.981299  normal  0.211421 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.24 
 
 		 357 aa  54.3  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.33 
 
 		 323 aa  54.3  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0595  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 		 297 aa  53.9  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.55 
 
 		 318 aa  53.9  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.88 
 
 		 277 aa  54.3  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 		 271 aa  53.9  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1249  UDP-glucose 4-epimerase  28.57 
 
 		 328 aa  53.1  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1716  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.81 
 
 		 373 aa  53.5  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 		 317 aa  53.1  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1273  UDP-glucose 4-epimerase  31.52 
 
 		 328 aa  52.8  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.138557  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 		 283 aa  52.8  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  32.12 
 
 		 303 aa  52.8  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.39 
 
 		 336 aa  52.8  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.65 
 
 		 349 aa  52.8  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.032419 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>