More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0156 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0156  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
279 aa  533  1e-151  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.67 
 
 
308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0248885  hitchhiker  0.0015787 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5661  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.36 
 
 
329 aa  168  8e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.8 
 
 
334 aa  155  9e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.16038  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23780  UDP-glucose 4-epimerase  38.71 
 
 
308 aa  147  1.0000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00097023  normal  0.178512 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1465  UDP-glucose 4-epimerase  36.16 
 
 
323 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000880176  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2339  UDP-glucose 4-epimerase  32.28 
 
 
338 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000378791  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  38.39 
 
 
319 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  35 
 
 
329 aa  139  3.9999999999999997e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  36.74 
 
 
328 aa  136  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0590  UDP-glucose 4-epimerase  31.45 
 
 
328 aa  135  8e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4409  UDP-glucose 4-epimerase  36.33 
 
 
316 aa  135  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1486  UDP-galactose 4-epimerase  35.69 
 
 
330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.608224 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1273  UDP-glucose 4-epimerase  30.82 
 
 
328 aa  133  3e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.138557  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1148  UDP-glucose 4-epimerase  30.82 
 
 
328 aa  133  3e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.602539  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1711  UDP-glucose 4-epimerase  31.95 
 
 
329 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0857741  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.22 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1249  UDP-glucose 4-epimerase  29.87 
 
 
328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  36.74 
 
 
329 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1224  UDP-glucose 4-epimerase  30.98 
 
 
328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00236591  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2205  UDP-glucose 4-epimerase  32.48 
 
 
327 aa  129  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  34.06 
 
 
337 aa  128  9.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0186  UDP-galactose 4-epimerase  30.79 
 
 
354 aa  128  9.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.347724  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3215  UDP-glucose 4-epimerase  33.02 
 
 
329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00104083  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1064  UDP-glucose 4-epimerase  29.3 
 
 
328 aa  127  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1048  UDP-glucose 4-epimerase  33.64 
 
 
329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034868 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0489  UDP-glucose 4-epimerase  34.1 
 
 
332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1066  UDP-glucose 4-epimerase  33.13 
 
 
335 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0920176  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0339  UDP-galactose 4-epimerase  31.27 
 
 
331 aa  126  4.0000000000000003e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1030  UDP-glucose 4-epimerase  33.43 
 
 
335 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1178  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.36 
 
 
317 aa  125  7e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0253268  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1657  UDP-glucose 4-epimerase  36.28 
 
 
322 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.408778  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1352  UDP-glucose 4-epimerase  30.25 
 
 
329 aa  125  9e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4205  UDP-glucose 4-epimerase  34.5 
 
 
318 aa  124  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4279  UDP-galactose 4-epimerase  31.66 
 
 
333 aa  124  1e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.277879  normal  0.0248708 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0464  UDP-glucose 4-epimerase  29.72 
 
 
327 aa  124  1e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0781477  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1402  UDP-galactose 4-epimerase  30.28 
 
 
332 aa  123  3e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.232119  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1957  UDP-galactose 4-epimerase  32.52 
 
 
332 aa  123  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.880811  normal  0.626313 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4903  UDP-glucose 4-epimerase  39.23 
 
 
320 aa  123  4e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.027411  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1293  UDP-glucose 4-epimerase  33.33 
 
 
336 aa  122  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.606002  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0777  UDP-galactose 4-epimerase  33.97 
 
 
329 aa  122  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107594  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2149  UDP-glucose 4-epimerase  33.43 
 
 
335 aa  122  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  31.33 
 
 
328 aa  122  5e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3795  UDP-glucose 4-epimerase  33.87 
 
 
353 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0163  UDP-galactose 4-epimerase  36.51 
 
 
331 aa  122  7e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  33.76 
 
 
320 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0783  UDP-glucose 4-epimerase  29.23 
 
 
329 aa  121  9.999999999999999e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.297847  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4306  UDP-glucose 4-epimerase  29.43 
 
 
324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0064009  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1065  UDP-glucose 4-epimerase  32.05 
 
 
336 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0159  UDP-galactose 4-epimerase  34.81 
 
 
330 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.15603  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5674  UDP-galactose 4-epimerase  32.92 
 
 
337 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.304425 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1324  UDP-glucose 4-epimerase  29.78 
 
 
330 aa  120  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1555  UDP-glucose 4-epimerase  29.78 
 
 
330 aa  120  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1923  UDP-glucose 4-epimerase  30.67 
 
 
331 aa  119  3.9999999999999996e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2305  UDP-glucose 4-epimerase  34.91 
 
 
328 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.738706  normal  0.125833 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3237  UDP-glucose 4-epimerase  29.75 
 
 
328 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.218159  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4513  UDP-glucose 4-epimerase  33.98 
 
 
337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.173775  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1068  UDP-galactose 4-epimerase  31.45 
 
 
334 aa  119  4.9999999999999996e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.715245  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0652  UDP-galactose 4-epimerase  34.91 
 
 
328 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3171  UDP-glucose 4-epimerase  32.72 
 
 
327 aa  119  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3965  UDP-glucose 4-epimerase  29.31 
 
 
339 aa  119  7e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1793  UDP-glucose 4-epimerase  34.19 
 
 
330 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2240  UDP-glucose 4-epimerase  34.16 
 
 
326 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2340  UDP-glucose 4-epimerase  34.38 
 
 
328 aa  119  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.169139  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3289  UDP-glucose 4-epimerase  33.44 
 
 
330 aa  118  9e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4249  UDP-galactose 4-epimerase  30.28 
 
 
327 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.444052 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1509  UDP-glucose 4-epimerase  31.65 
 
 
326 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0386563  normal  0.0493544 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1662  UDP-glucose 4-epimerase  29.34 
 
 
330 aa  118  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1047  UDP-galactose 4-epimerase  31.95 
 
 
336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240501 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1427  UDP-glucose 4-epimerase  33.87 
 
 
337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.60129 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1261  UDP-glucose 4-epimerase  35.91 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.992711 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2654  UDP-glucose 4-epimerase  30.79 
 
 
329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.933262  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2894  UDP-glucose 4-epimerase  29.39 
 
 
339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.107811 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1088  UDP-glucose 4-epimerase  30.6 
 
 
329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0647  UDP-glucose 4-epimerase  34.19 
 
 
334 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.52379 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0893  UDP-glucose 4-epimerase  36.19 
 
 
321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0932116 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2084  UDP-glucose 4-epimerase  29.52 
 
 
328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0212461  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1807  UDP-glucose 4-epimerase  31.13 
 
 
324 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1597  UDP-glucose 4-epimerase  32.92 
 
 
337 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.903427  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44740  UDP-glucose 4-epimerase  35.54 
 
 
352 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1392  UDP-glucose 4-epimerase  29.47 
 
 
330 aa  116  5e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4181  UDP-glucose 4-epimerase  30.91 
 
 
332 aa  115  6e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1769  UDP-glucose 4-epimerase  34.62 
 
 
320 aa  115  6e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.818465  normal  0.0921457 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0580  UDP-glucose 4-epimerase  34.38 
 
 
328 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.127614  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  37.85 
 
 
332 aa  115  8.999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1332  UDP-glucose 4-epimerase  34.19 
 
 
330 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4002  UDP-glucose 4-epimerase  33.12 
 
 
327 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271936  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0786  UDP-galactose-4-epimerase  29.91 
 
 
338 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1463  UDP-glucose 4-epimerase  35.67 
 
 
320 aa  114  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.612123  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4141  UDP-glucose 4-epimerase  30.6 
 
 
332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3834  UDP-galactose 4-epimerase  30.36 
 
 
342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0680  UDP-galactose-4-epimerase  29.91 
 
 
338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0282  UDP-glucose 4-epimerase  29.97 
 
 
328 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1369  UDP-glucose 4-epimerase  30.77 
 
 
333 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0782  UDP-galactose-4-epimerase  29.91 
 
 
338 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.97 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0940  UDP-glucose 4-epimerase  29.84 
 
 
327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0862  UDP-galactose-4-epimerase  29.91 
 
 
338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0889309  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2903  UDP-galactose-4-epimerase  29.91 
 
 
338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.348521 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.97 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>