More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0026 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0026  epimerase/dehydratase  100 
 
 
351 aa  732    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  99.15 
 
 
351 aa  728    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2180  NAD-dependent epimerase/dehydratase  92.88 
 
 
351 aa  686    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.865242  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.65 
 
 
342 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.538907  hitchhiker  0.000599316 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.53 
 
 
352 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.6 
 
 
347 aa  417  9.999999999999999e-116  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.239685  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1108  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  56.47 
 
 
342 aa  413  1e-114  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5187  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.84 
 
 
350 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0788  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.06 
 
 
342 aa  406  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.21169 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3941  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.14 
 
 
342 aa  400  9.999999999999999e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.438556 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.88 
 
 
353 aa  400  9.999999999999999e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0601377  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.94 
 
 
342 aa  390  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000177376  hitchhiker  0.0000622856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.51 
 
 
350 aa  322  5e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.8 
 
 
349 aa  322  7e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0638  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  48.53 
 
 
347 aa  313  1.9999999999999998e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.531653  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.5 
 
 
336 aa  306  5.0000000000000004e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.523915  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0367  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.8 
 
 
340 aa  305  8.000000000000001e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134105  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2946  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.61 
 
 
346 aa  302  5.000000000000001e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0355882  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0435  epimerase/dehydratase family protein, putative  44.57 
 
 
353 aa  293  3e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0291791  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.2 
 
 
338 aa  293  3e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.214439  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.71 
 
 
353 aa  281  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.718202  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0214  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.7 
 
 
342 aa  278  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.378919  normal  0.293641 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.4 
 
 
349 aa  278  1e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.32 
 
 
346 aa  275  1.0000000000000001e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0378  putative epimerase/dehydratase family protein  40.59 
 
 
326 aa  253  4.0000000000000004e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.57 
 
 
348 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.63 
 
 
510 aa  201  9.999999999999999e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1046  putative sugar nucleotide epimerase/dehydratase  36.65 
 
 
345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.39 
 
 
356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.049862  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0067  UDP-glucose 4-epimerase  35.22 
 
 
346 aa  192  8e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2038  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.22 
 
 
344 aa  192  8e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.86 
 
 
342 aa  189  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.22 
 
 
368 aa  189  7e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.89 
 
 
501 aa  188  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
459 aa  187  2e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.59 
 
 
342 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.31 
 
 
322 aa  186  4e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00013526  normal  0.0975355 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2465  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  33.67 
 
 
724 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 
312 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14191  hypothetical protein  31.55 
 
 
352 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0794  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  35.26 
 
 
337 aa  157  2e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4449  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.19 
 
 
312 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
328 aa  155  7e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14431  putative nucleoside-diphosphate sugar epimerase  34.29 
 
 
315 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
330 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.591198 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5633  putative sugar-nucleotide epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
312 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 
346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1228  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.325994  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
325 aa  126  5e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0958  ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase precursor  28.62 
 
 
314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.257763  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1425  HrEpiB  27.04 
 
 
312 aa  110  4.0000000000000004e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1887  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
310 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
310 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
310 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.29106  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1762  HrEpiB  27.33 
 
 
313 aa  108  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4919  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
309 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
319 aa  99.4  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.47 
 
 
309 aa  92  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 
310 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
310 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.43 
 
 
312 aa  85.1  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.62 
 
 
329 aa  84.7  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
318 aa  84  0.000000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.49 
 
 
335 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.12 
 
 
310 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0618  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.61 
 
 
314 aa  82.8  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.237262  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
306 aa  82.8  0.000000000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
310 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.69 
 
 
306 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
309 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.32 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
334 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
334 aa  79  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 
322 aa  78.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.55 
 
 
323 aa  78.2  0.0000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.63 
 
 
321 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01131  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.67 
 
 
335 aa  76.6  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.434009 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.97 
 
 
333 aa  76.6  0.0000000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2948  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.61 
 
 
318 aa  76.3  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.564869 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
314 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  33.33 
 
 
328 aa  75.5  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
333 aa  75.5  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
317 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1352  UDP-glucose 4-epimerase  26.94 
 
 
329 aa  75.1  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.75 
 
 
325 aa  74.7  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0794  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
312 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
327 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0296  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.97 
 
 
321 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2146  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.88 
 
 
308 aa  75.1  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.478357  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
321 aa  73.9  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0224  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
327 aa  73.6  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.410647 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 
296 aa  73.6  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.37 
 
 
333 aa  73.6  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.28 
 
 
336 aa  73.2  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
321 aa  73.2  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.41 
 
 
336 aa  72.8  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
326 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>