More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3697 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3697  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  605  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0296  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 307 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2732  LysR family transcriptional regulator  62.79 
 
 		 310 aa  337  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.293196 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2735  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 305 aa  333  2e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101495  normal  0.0532303 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0916  LysR family transcriptional regulator  58.52 
 
 		 339 aa  303  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0349962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 303 aa  272  6e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1118  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2347  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 317 aa  161  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.144865  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 323 aa  144  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 333 aa  139  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  30.1 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.38 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  31.88 
 
 		 347 aa  133  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  31.47 
 
 		 309 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 303 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0639  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.322343  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 308 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  37.27 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 308 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.14 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 353 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 320 aa  123  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 321 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 333 aa  122  8e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  34.29 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  33.97 
 
 		 315 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 319 aa  119  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  33.97 
 
 		 315 aa  119  9e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 432 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>