More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0390 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  100 
 
 		 425 aa  843    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  56.9 
 
 		 411 aa  474  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  59.56 
 
 		 420 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  32.45 
 
 		 414 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  36.49 
 
 		 413 aa  162  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  35.17 
 
 		 424 aa  138  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  34.73 
 
 		 418 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  35.07 
 
 		 431 aa  135  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  34.96 
 
 		 434 aa  134  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  32.43 
 
 		 430 aa  127  5e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  32.62 
 
 		 423 aa  127  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  32.78 
 
 		 425 aa  126  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  31.52 
 
 		 457 aa  124  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  35.48 
 
 		 419 aa  123  6e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  34.46 
 
 		 426 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  34.99 
 
 		 443 aa  119  7.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  32.4 
 
 		 398 aa  119  9e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  31.19 
 
 		 434 aa  119  9e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  32.15 
 
 		 431 aa  117  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  34.92 
 
 		 445 aa  117  3e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  33.06 
 
 		 423 aa  117  6e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  33.16 
 
 		 423 aa  117  6e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  29.31 
 
 		 393 aa  114  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  28.31 
 
 		 393 aa  114  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  31.5 
 
 		 398 aa  111  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  31.33 
 
 		 435 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  33.52 
 
 		 440 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  31.89 
 
 		 443 aa  110  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  33.14 
 
 		 430 aa  110  6e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  32.46 
 
 		 424 aa  110  6e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  31.95 
 
 		 444 aa  104  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  32.98 
 
 		 431 aa  101  3e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  27.27 
 
 		 393 aa  97.4  4e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  27.27 
 
 		 393 aa  97.4  4e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  27.27 
 
 		 393 aa  97.4  5e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  33.43 
 
 		 375 aa  92.4  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  35.78 
 
 		 409 aa  91.7  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  28.4 
 
 		 415 aa  91.3  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  32.15 
 
 		 406 aa  90.9  4e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  26.9 
 
 		 376 aa  90.5  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  32.15 
 
 		 400 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  32.15 
 
 		 406 aa  90.1  7e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  25.93 
 
 		 396 aa  88.2  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  35.28 
 
 		 435 aa  88.6  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  30.09 
 
 		 420 aa  87.8  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  25.65 
 
 		 384 aa  87.8  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  26.18 
 
 		 389 aa  87.4  4e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  31.68 
 
 		 416 aa  87.4  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  30.34 
 
 		 378 aa  85.5  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  32.31 
 
 		 418 aa  84.7  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  30.7 
 
 		 436 aa  83.2  0.000000000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  34.2 
 
 		 415 aa  82.8  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  25.31 
 
 		 370 aa  81.6  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  30.19 
 
 		 466 aa  79.7  0.00000000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  24.86 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  25.25 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3184  tryptophan halogenase  28.95 
 
 		 441 aa  77.4  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153347  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  26.91 
 
 		 407 aa  77  0.0000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  24.06 
 
 		 382 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  25.63 
 
 		 385 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  31.61 
 
 		 408 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  24.82 
 
 		 398 aa  74.7  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  27.81 
 
 		 362 aa  71.6  0.00000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1332  oxidoreductase, FAD-binding, putative  30.19 
 
 		 449 aa  72.4  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.401661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  29 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  30.63 
 
 		 409 aa  70.5  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5951  monooxygenase FAD-binding protein  32.91 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0515432 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1194  FAD dependent oxidoreductase  27.55 
 
 		 340 aa  70.1  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.232264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  31.08 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  34.08 
 
 		 417 aa  69.3  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3481  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 374 aa  68.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0506  geranylgeranyl reductase  28.62 
 
 		 398 aa  68.2  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  23.82 
 
 		 390 aa  68.2  0.0000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  22.61 
 
 		 348 aa  66.6  0.0000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0327  geranylgeranyl reductase  30.17 
 
 		 373 aa  67  0.0000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.252383  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2969  tryptophan halogenase  29.67 
 
 		 455 aa  66.6  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.339747  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2333  FAD binding domain-containing protein  34.29 
 
 		 480 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  29.41 
 
 		 400 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  29.13 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  28.42 
 
 		 455 aa  64.7  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2674  FAD dependent oxidoreductase  29.34 
 
 		 443 aa  64.7  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.680206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  23.85 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  27.15 
 
 		 384 aa  64.3  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1007  FAD dependent oxidoreductase  26.67 
 
 		 409 aa  64.3  0.000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  28.36 
 
 		 379 aa  64.3  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  24.05 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  26.38 
 
 		 395 aa  63.9  0.000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03920  Monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:Tryptophanhalogenase  22.63 
 
 		 415 aa  63.9  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.117201  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  26.02 
 
 		 376 aa  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  28.23 
 
 		 406 aa  63.2  0.000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2237  tryptophan halogenase  23.33 
 
 		 444 aa  63.2  0.000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3091  FAD dependent oxidoreductase  25.79 
 
 		 410 aa  63.2  0.000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.275239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1955  hypothetical protein  26.65 
 
 		 405 aa  62.8  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5510  tryptophan halogenase  26.98 
 
 		 587 aa  62.4  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.211989 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3185  monooxygenase FAD-binding  30.41 
 
 		 442 aa  62  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.304651  hitchhiker  0.000303065 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  27.59 
 
 		 381 aa  61.6  0.00000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2507  FAD dependent oxidoreductase  22.9 
 
 		 414 aa  61.2  0.00000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.206191  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  35.39 
 
 		 429 aa  61.2  0.00000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  26.48 
 
 		 403 aa  61.2  0.00000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  32.26 
 
 		 406 aa  61.6  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>