More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_0001 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008309  HS_0001  integrase  100 
 
 		 265 aa  542  1e-153  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4797  phage integrase  41.54 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3686  putative phage integrase  35.42 
 
 		 322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0710  integrase family protein  32.12 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36590  phage integrase  33.59 
 
 		 415 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.706618  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4530  phage integrase family site specific recombinase  32.95 
 
 		 449 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51650  putative integrase  30.65 
 
 		 426 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000506916  hitchhiker  0.0000630791 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4117  integrase family protein  32.48 
 
 		 337 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.944065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0401  integrase family protein  32.12 
 
 		 337 aa  151  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.663201  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4048  integrase family protein  32.03 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.900099 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4434  phage integrase family site specific recombinase  30.27 
 
 		 427 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1421  Phage integrase  32.7 
 
 		 468 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.602834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3356  phage integrase family protein  28.89 
 
 		 352 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60140  xerD-like putative integrase  29.86 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000287702  hitchhiker  0.00000000219898 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0880  phage integrase family protein  27.43 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0027577 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0743  phage integrase family site specific recombinase  43.33 
 
 		 102 aa  70.1  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0240  tyrosine recombinase XerC subunit  27.27 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.295303  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  30.73 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  26.62 
 
 		 297 aa  68.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  27.61 
 
 		 309 aa  67.4  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  28.14 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  25.71 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  27.59 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.25 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  27.5 
 
 		 311 aa  65.5  0.0000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  27.33 
 
 		 296 aa  65.5  0.0000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  30.95 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  26.85 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  25.42 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3398  integrase  25.27 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.292469  normal  0.438437 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  28.48 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2981  integrase family protein  24.14 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1001  integrase family protein  27.95 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  24.31 
 
 		 535 aa  63.5  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  25.94 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00070  putative site-specific recombinase  26.99 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.58 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  27.78 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.83 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  27.72 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  27.14 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  26.51 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  22.61 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  22.18 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.18 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0323  phage integrase family site specific recombinase  27.16 
 
 		 336 aa  62  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.158931  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  25.96 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  23.83 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  28.31 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.69 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  23.93 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  25 
 
 		 498 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  25.75 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.16 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.69 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1185  integrase family protein  25.64 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  26.2 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  25 
 
 		 309 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  22.96 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2807  Phage integrase  23.62 
 
 		 323 aa  60.5  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.11 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0235  integrase family protein  25.52 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  23.75 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0926  integrase family protein  26.94 
 
 		 438 aa  59.7  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.69 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1227  integrase family protein  27.78 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.842173  decreased coverage  0.000216705 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  25.22 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.09 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  23.2 
 
 		 291 aa  59.3  0.00000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3796  phage integrase family protein  30.61 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.84 
 
 		 301 aa  58.9  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1431  phage integrase  23.95 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.145363  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  26.2 
 
 		 306 aa  58.9  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  23.17 
 
 		 301 aa  58.9  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  25.32 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3924  integrase family protein  23.61 
 
 		 321 aa  58.9  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.733894 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.22 
 
 		 298 aa  58.9  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1297  phage integrase family protein  24.8 
 
 		 295 aa  58.5  0.00000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  26.55 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>