More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2850 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_2850  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 520 aa  1014    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.452612  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 231 aa  87  7e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 231 aa  76.3  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 233 aa  76.3  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 227 aa  75.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.09 
 
 		 232 aa  73.9  0.000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6997  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 232 aa  73.9  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  27.4 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1568  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 219 aa  73.2  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 238 aa  72.8  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3559  transcriptional regulator, GntR family  35.94 
 
 		 232 aa  68.9  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 262 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 262 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  27.69 
 
 		 225 aa  68.6  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  27.93 
 
 		 242 aa  67.4  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  29.53 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 238 aa  67  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 262 aa  67  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 255 aa  66.2  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 227 aa  66.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 396 aa  66.2  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 243 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 267 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 230 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 254 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 247 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0394  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 250 aa  65.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.143272  normal  0.145673 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  32.31 
 
 		 227 aa  65.1  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 255 aa  64.7  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1653  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4225  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625874  normal  0.700845 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 219 aa  63.9  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.86 
 
 		 226 aa  63.2  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 243 aa  63.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3560  transcriptional regulator, GntR family  26.73 
 
 		 236 aa  63.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.798269  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 219 aa  63.2  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3515  GntR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 226 aa  63.2  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.715745  normal  0.6161 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 243 aa  63.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 270 aa  62.4  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4590  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 224 aa  62.4  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.356738  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  30.33 
 
 		 270 aa  62.4  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  35.33 
 
 		 210 aa  62.4  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 224 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  28.83 
 
 		 270 aa  62.4  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  28.79 
 
 		 250 aa  62  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0561  transcriptional regulator, GntR family  26.61 
 
 		 242 aa  61.6  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.818378 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  28.51 
 
 		 250 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 256 aa  61.6  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 250 aa  61.6  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1979  transcriptional regulator, GntR family  25.49 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.053401  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  29.84 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3649  GntR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0460435 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  26.7 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 266 aa  60.5  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  30.92 
 
 		 238 aa  60.1  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2145  transcriptional regulator, GntR family  27.14 
 
 		 254 aa  60.1  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  59.7  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  28.49 
 
 		 223 aa  59.7  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  28.03 
 
 		 250 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2447  GntR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 222 aa  60.1  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1517  transcriptional regulator, GntR family  27.08 
 
 		 225 aa  60.1  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 242 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1252  transcriptional regulator, GntR family  28.14 
 
 		 232 aa  59.7  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.148319  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 213 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 219 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  31.87 
 
 		 244 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 219 aa  60.1  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3853  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 216 aa  59.7  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 219 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  24.46 
 
 		 226 aa  60.1  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  28.24 
 
 		 233 aa  58.9  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 234 aa  58.9  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  30.46 
 
 		 260 aa  58.9  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 257 aa  58.9  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 267 aa  59.3  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  31.37 
 
 		 223 aa  58.9  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64820  putative transcriptional regulator  34.81 
 
 		 237 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00305784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  28.11 
 
 		 250 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  29.73 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0311  GntR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 202 aa  58.5  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2360  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 247 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.68775 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  24 
 
 		 223 aa  58.2  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 265 aa  58.5  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>