More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2231 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
257 aa  526  1e-149  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  49.02 
 
 
260 aa  250  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  46.85 
 
 
259 aa  246  2e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
257 aa  224  1e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  46.72 
 
 
259 aa  221  8e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  41.47 
 
 
267 aa  213  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 
264 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  40.78 
 
 
274 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  40.62 
 
 
260 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
258 aa  211  1e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 
263 aa  209  3e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  38.98 
 
 
260 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  38.98 
 
 
260 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  39.45 
 
 
260 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  42.02 
 
 
263 aa  205  5e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  38.98 
 
 
260 aa  205  7e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 
262 aa  202  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
252 aa  202  4e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 
258 aa  201  8e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
252 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
257 aa  199  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
257 aa  193  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
259 aa  192  6e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  41.41 
 
 
263 aa  192  6e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  41.41 
 
 
263 aa  192  6e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
255 aa  190  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 
263 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  39.44 
 
 
255 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  38.98 
 
 
257 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
257 aa  185  5e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  38.13 
 
 
253 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
258 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
249 aa  181  7e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  43.65 
 
 
254 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
248 aa  181  1e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
255 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
254 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  41.04 
 
 
256 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.53 
 
 
255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
260 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  37.84 
 
 
253 aa  179  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
260 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.31 
 
 
258 aa  178  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  38.34 
 
 
267 aa  178  9e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
257 aa  177  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
259 aa  176  3e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
253 aa  176  4e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
257 aa  176  5e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
260 aa  175  7e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
264 aa  175  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  37.21 
 
 
256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  36.29 
 
 
256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
265 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 
254 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
259 aa  172  6.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  36.51 
 
 
262 aa  171  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
256 aa  171  9e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 
254 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 
264 aa  170  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
257 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
256 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
254 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
254 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
256 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
252 aa  170  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
269 aa  169  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  36.58 
 
 
253 aa  169  3e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
257 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
257 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
254 aa  169  6e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_642  oxidoreductase, short chain dehydrogenase  39.85 
 
 
265 aa  168  7e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100952  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
266 aa  168  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.8 
 
 
249 aa  168  9e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  36.25 
 
 
257 aa  168  9e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
263 aa  167  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  35.52 
 
 
265 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
256 aa  167  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  38.43 
 
 
249 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.72 
 
 
265 aa  167  2e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000369604  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  38.43 
 
 
249 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  40.31 
 
 
261 aa  167  2e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  36.78 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
258 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
249 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
267 aa  165  5.9999999999999996e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
256 aa  165  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  36.72 
 
 
254 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
248 aa  165  8e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.715574  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  37.16 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  36.78 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.52 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.29 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  36.78 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.57556 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>