131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0873 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0873  PAS fold-3 domain protein  100 
 
 		 238 aa  489  1e-137  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.637627  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5727  putative PAS/PAC sensor protein  50.7 
 
 		 225 aa  201  9e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4425  putative PAS/PAC sensor protein  46.43 
 
 		 235 aa  181  9.000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1090  putative PAS/PAC sensor protein  43.06 
 
 		 228 aa  177  2e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.154264 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5184  putative PAS/PAC sensor protein  42.42 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5273  putative PAS/PAC sensor protein  42.42 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5565  putative PAS/PAC sensor protein  42.42 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3447  putative PAS/PAC sensor protein  46.19 
 
 		 199 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.509002  normal  0.758938 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5113  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  47.25 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5202  putative PAS/PAC sensor protein  47.25 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5493  putative PAS/PAC sensor protein  47.25 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2088  putative PAS/PAC sensor protein  36.95 
 
 		 340 aa  139  4.999999999999999e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00176198  normal  0.0171751 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1401  putative PAS/PAC sensor protein  35.29 
 
 		 216 aa  106  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.495161  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11970  RNA-binding protein with PAS domain  32.95 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.494422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1589  putative PAS/PAC sensor protein  41.13 
 
 		 144 aa  99  7e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.500072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1618  PAS fold-3  41.13 
 
 		 145 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553115  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1643  putative PAS/PAC sensor protein  41.13 
 
 		 145 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3293  putative PAS/PAC sensor protein  31.36 
 
 		 203 aa  95.5  6e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3029  putative PAS/PAC sensor protein  34.29 
 
 		 274 aa  93.2  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.546603 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0100  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  30.41 
 
 		 241 aa  91.3  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3244  putative PAS/PAC sensor protein  29.31 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0560  putative PAS/PAC sensor protein  27.41 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  30.23 
 
 		 365 aa  77.4  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1403  ANTAR domain protein with unknown sensor  29.21 
 
 		 235 aa  72.4  0.000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.478088  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 1596 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  26.29 
 
 		 2279 aa  63.2  0.000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  22.15 
 
 		 685 aa  58.2  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  26.47 
 
 		 1253 aa  55.5  0.0000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.75 
 
 		 1090 aa  55.1  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 1099 aa  53.1  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3604  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 		 1172 aa  53.1  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0082  ANTAR domain protein with unknown sensor  45.31 
 
 		 270 aa  52.8  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.265172  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.03 
 
 		 1273 aa  52.4  0.000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.5 
 
 		 832 aa  52.4  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.425647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.55 
 
 		 1562 aa  52.4  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0637  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  31.31 
 
 		 921 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0865  ANTAR domain protein with unknown sensor  40.68 
 
 		 251 aa  51.6  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3842  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  50.88 
 
 		 262 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0552121 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0136  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.68 
 
 		 665 aa  51.2  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 		 779 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  25.66 
 
 		 1714 aa  50.8  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 		 484 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4878  PAS fold-3 domain protein  32.97 
 
 		 142 aa  50.8  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2525  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.24 
 
 		 785 aa  50.8  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.985854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.65 
 
 		 1116 aa  50.8  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1303  transcriptional regulator, LuxR family  28.33 
 
 		 442 aa  50.8  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0533222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  26.4 
 
 		 733 aa  49.7  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.84 
 
 		 986 aa  49.3  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.16 
 
 		 958 aa  49.7  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 450 aa  48.9  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.58 
 
 		 817 aa  48.9  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.194507 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4299  ANTAR domain protein with unknown sensor  42.42 
 
 		 249 aa  48.5  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.93 
 
 		 1965 aa  48.5  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3915  diguanylate phosphodiesterase  29.63 
 
 		 816 aa  48.5  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.178171 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0345  ANTAR domain protein with unknown sensor  53.49 
 
 		 256 aa  48.1  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  28.7 
 
 		 728 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.04 
 
 		 896 aa  47.8  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.942872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4007  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.63 
 
 		 816 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4477  response regulator receiver and ANTAR domain protein  46.43 
 
 		 245 aa  48.1  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0401437  normal  0.0284601 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 3706 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2378  PAS  26.52 
 
 		 901 aa  47.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.756345  normal  0.766649 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.27 
 
 		 707 aa  47.4  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2607  ANTAR domain protein with unknown sensor  43.64 
 
 		 243 aa  47  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2564  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  21.71 
 
 		 1089 aa  47  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2553  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  54.55 
 
 		 235 aa  47  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.888829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4298  ANTAR domain protein  51.16 
 
 		 251 aa  47  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.105151  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.5 
 
 		 833 aa  46.6  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0193  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.91 
 
 		 924 aa  46.2  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0289682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0831  response regulator receiver and ANTAR domain protein  50 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.97 
 
 		 1350 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  27.59 
 
 		 872 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1754  ANTAR domain protein with unknown sensor  38.24 
 
 		 279 aa  45.4  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00308691  normal  0.111394 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  20.24 
 
 		 754 aa  45.1  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5205  ANTAR domain protein with unknown sensor  39.66 
 
 		 253 aa  45.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.536596  normal  0.563697 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0043  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.3 
 
 		 816 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3311  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.5 
 
 		 1300 aa  45.1  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.703453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.68 
 
 		 816 aa  45.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0827  signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 		 512 aa  44.7  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.67 
 
 		 1148 aa  44.7  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4734  sensory box protein  29.63 
 
 		 764 aa  44.3  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  22.88 
 
 		 945 aa  44.3  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0243  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  38.98 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4379  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  50 
 
 		 227 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.752612  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0253  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  38.98 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.138257 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4466  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  50 
 
 		 227 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.981866  normal  0.0335822 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 		 728 aa  44.3  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4760  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  50 
 
 		 227 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.186395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  28.7 
 
 		 956 aa  43.9  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2459  response regulator receiver and ANTAR domain protein  47.73 
 
 		 302 aa  44.3  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4355  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.3 
 
 		 816 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3683  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.34 
 
 		 1124 aa  44.3  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11950  response regulator with putative antiterminator output domain  43.18 
 
 		 246 aa  43.9  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0191471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2152  ANTAR domain protein with unknown sensor  36.84 
 
 		 244 aa  43.5  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000502711  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30 
 
 		 833 aa  43.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0467119  normal  0.0611646 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0150  putative PAS/PAC sensor protein  29.9 
 
 		 1969 aa  43.5  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4860  sensory box histidine kinase  30.85 
 
 		 923 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.186334  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  21.86 
 
 		 2303 aa  43.5  0.003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04610  ANTAR/GAF domain-containing protein  38.57 
 
 		 240 aa  43.5  0.003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1566  ANTAR domain protein with unknown sensor  44.68 
 
 		 242 aa  43.5  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1046  putative diguanylate cyclase  29.13 
 
 		 559 aa  43.5  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.25674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>