94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3606 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  100 
 
 		 284 aa  560  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  49.64 
 
 		 302 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  46.74 
 
 		 318 aa  232  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  45.93 
 
 		 289 aa  226  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  43.45 
 
 		 309 aa  226  4e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  46.69 
 
 		 295 aa  224  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  46.32 
 
 		 295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  45.36 
 
 		 289 aa  221  8e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  47.66 
 
 		 244 aa  221  9e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  45.98 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  45.09 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  48.79 
 
 		 278 aa  218  7e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  44.53 
 
 		 279 aa  218  7.999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  43.8 
 
 		 311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  40.93 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  40.93 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  40.93 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  40.93 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  40.54 
 
 		 313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  39.77 
 
 		 310 aa  209  3e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  42.45 
 
 		 295 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  39.77 
 
 		 310 aa  209  3e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  39.77 
 
 		 310 aa  209  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  39.77 
 
 		 310 aa  209  3e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  39.77 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  39.77 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  39.77 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  39.77 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  39.38 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  41.22 
 
 		 269 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  42.91 
 
 		 298 aa  205  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  43.21 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  43.27 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  38.64 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  44.44 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  41.41 
 
 		 268 aa  203  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  42.44 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  39.22 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  41.54 
 
 		 288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  38.65 
 
 		 286 aa  192  7e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  43.51 
 
 		 267 aa  188  9e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  36.06 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  35.8 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  32.23 
 
 		 279 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  29.84 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  29.43 
 
 		 307 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  31.35 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  30.32 
 
 		 732 aa  99  9e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  27.76 
 
 		 346 aa  96.7  4e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  28.68 
 
 		 361 aa  94  3e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  30.8 
 
 		 625 aa  86.7  4e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  30.31 
 
 		 604 aa  84.3  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  32.26 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4123  formate/nitrate transporter  30.53 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.533749  normal  0.319246 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1359  formate/nitrite transporter family protein  28.64 
 
 		 283 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1035  formate/nitrite transporter  26.27 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1201  formate/nitrite transporter family protein  28.64 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.161928  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1199  formate/nitrite transporter family protein  28.64 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1321  formate/nitrite transporter family protein  28.64 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1222  formate/nitrite transporter family protein  28.64 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109703  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1397  formate/nitrite transporter family protein  28.64 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3985  formate/nitrite transporter family protein  28.64 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3659  formate/nitrate transporter  25.9 
 
 		 272 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.02842 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3646  formate/nitrate transporter  25.9 
 
 		 272 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3719  formate/nitrate transporter  25.9 
 
 		 272 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal  0.739218 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1461  formate/nitrite transporter family protein  27.67 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1223  formate/nitrite transporter  27.15 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1421  formate/nitrite transporter family protein  27.18 
 
 		 283 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  25.2 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0209  formate/nitrite transporter  26.16 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  27.67 
 
 		 275 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3500  formate/nitrite family of transporters-like protein  27.66 
 
 		 276 aa  50.4  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.999349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2747  formate/nitrite transporter  27.63 
 
 		 282 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.147649  normal  0.259704 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7925  formate/nitrite transporter  27.07 
 
 		 281 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.295053  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06260  formate/nitrite transporter family protein  28.89 
 
 		 265 aa  49.7  0.00006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  29.79 
 
 		 289 aa  48.1  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2402  formate/nitrite transporter  25.54 
 
 		 269 aa  47.4  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000214776  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0234  FNT family protein  29.02 
 
 		 270 aa  46.6  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316359  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3614  formate/nitrite transporter  26.67 
 
 		 279 aa  47  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.568549  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1906  formate/nitrite transporter  29 
 
 		 269 aa  46.2  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0937381  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0331  formate/nitrite transporter  27.78 
 
 		 270 aa  45.4  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  27.59 
 
 		 287 aa  45.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0554  formate/nitrite transporter  23.9 
 
 		 301 aa  44.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_25116  FNT family transporter: formate/nitrite  27.95 
 
 		 323 aa  44.3  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.413468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3480  formate/nitrite transporter  25.94 
 
 		 288 aa  44.3  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0800  formate/nitrite transporter  24.55 
 
 		 252 aa  43.5  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4450  formate/nitrite transporter  25.57 
 
 		 285 aa  43.5  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.201273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003830  formate efflux transporter  20.7 
 
 		 286 aa  43.1  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2756  formate/nitrite transporter  25.77 
 
 		 284 aa  43.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424488 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51110  formate,nitrite transporter  27.88 
 
 		 269 aa  42.7  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.269845  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  26.13 
 
 		 310 aa  42.7  0.007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  20.7 
 
 		 286 aa  42.7  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4565  formate/nitrite transporter  25.73 
 
 		 301 aa  42.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1061  formate/nitrite transporter  25.36 
 
 		 270 aa  42.4  0.008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134019  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>