274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3538 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  100 
 
 		 319 aa  621  1e-177  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  91.85 
 
 		 319 aa  529  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  69.58 
 
 		 318 aa  395  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  69.74 
 
 		 328 aa  390  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  69.83 
 
 		 320 aa  387  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  55.59 
 
 		 323 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  49.82 
 
 		 315 aa  282  5.000000000000001e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  48.76 
 
 		 315 aa  278  1e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.17 
 
 		 322 aa  276  3e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.67 
 
 		 313 aa  270  2e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  47 
 
 		 313 aa  266  4e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  48.82 
 
 		 314 aa  263  3e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.97 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  48.55 
 
 		 319 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  46.67 
 
 		 319 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  46.67 
 
 		 319 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  46.67 
 
 		 319 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.56 
 
 		 308 aa  259  4e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  46.67 
 
 		 319 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  48.68 
 
 		 317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  46.23 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.33 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.8 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.86 
 
 		 315 aa  248  8e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  50 
 
 		 324 aa  245  8e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1110  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.04 
 
 		 339 aa  241  1e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3092  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.19 
 
 		 336 aa  240  2e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.423715  hitchhiker  0.00432553 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  45.98 
 
 		 321 aa  238  6.999999999999999e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  45.11 
 
 		 320 aa  238  1e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  46.25 
 
 		 319 aa  233  5e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2389  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.4 
 
 		 357 aa  231  2e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  47.69 
 
 		 324 aa  228  1e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.69 
 
 		 321 aa  225  7e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  49.44 
 
 		 325 aa  225  7e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.51 
 
 		 319 aa  225  8e-58  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  47.69 
 
 		 321 aa  222  6e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.76 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  46.26 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  47 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3150  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.1 
 
 		 351 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000125584  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.06 
 
 		 325 aa  218  1e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  47.12 
 
 		 333 aa  217  2e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1847  cobalamin biosynthesis protein CobD  45 
 
 		 319 aa  217  2.9999999999999998e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  45.36 
 
 		 369 aa  214  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2741  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.82 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0957714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.86 
 
 		 317 aa  210  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  44.56 
 
 		 316 aa  211  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.37 
 
 		 311 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.42 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.46 
 
 		 323 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  48.42 
 
 		 311 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  45.68 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.98 
 
 		 323 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3127  cobalamin biosynthesis protein  40.57 
 
 		 320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  43.62 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1159  cobalamin biosynthesis protein CbiB  41.99 
 
 		 336 aa  196  3e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.49 
 
 		 318 aa  194  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.52 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.36 
 
 		 310 aa  193  4e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.76 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.73 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.91 
 
 		 323 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0833  cobalamin biosynthesis protein CbiB  40.36 
 
 		 374 aa  188  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0399526 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.83 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  43.62 
 
 		 313 aa  185  9e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.98 
 
 		 330 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  39.74 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  42.14 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1005  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.61 
 
 		 320 aa  182  6e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  41 
 
 		 323 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.9 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1441  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.73 
 
 		 329 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.12 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2604  cobalamin biosynthesis protein  42.09 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0562249  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.5 
 
 		 337 aa  180  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2621  cobalamin biosynthesis protein  45 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246707  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.13 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.46 
 
 		 324 aa  179  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  40.33 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4864  cobalamin biosynthesis protein  43.53 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0377956  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  40 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  38.76 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  39.67 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.4 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1861  cobalamin biosynthesis protein  38.46 
 
 		 330 aa  176  5e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  39.34 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0624  adenosylcobinamide-phosphate synthase  37.1 
 
 		 308 aa  176  7e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.373431  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  41.73 
 
 		 319 aa  176  7e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  39.22 
 
 		 302 aa  176  7e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5191  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.38 
 
 		 333 aa  175  9e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.683033 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.44 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1441  cobalamin biosynthesis protein  43.42 
 
 		 325 aa  174  9.999999999999999e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.282346  normal  0.506208 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3805  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.07 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3779  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.4 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.975904  normal  0.744686 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  40.22 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3857  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.76 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.932338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1891  cobalamin biosynthesis protein  42.09 
 
 		 327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  41.25 
 
 		 322 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4724  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.86 
 
 		 333 aa  172  5e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0822126  normal  0.571798 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.23 
 
 		 291 aa  172  5e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>