More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4426 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
131 aa  259  1e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  90.08 
 
 
132 aa  238  2e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
131 aa  171  3.9999999999999995e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.96 
 
 
136 aa  167  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  63.24 
 
 
155 aa  168  3e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  61.94 
 
 
138 aa  167  7e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.02 
 
 
127 aa  166  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.48 
 
 
136 aa  165  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
129 aa  164  2.9999999999999998e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.88 
 
 
128 aa  163  9e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  62.12 
 
 
128 aa  162  1.0000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  58.02 
 
 
132 aa  161  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.26 
 
 
136 aa  160  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.26 
 
 
136 aa  160  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.52 
 
 
147 aa  159  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  56.52 
 
 
139 aa  158  2e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.33 
 
 
144 aa  158  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
135 aa  154  3e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
131 aa  155  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.69 
 
 
131 aa  154  4e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  60.31 
 
 
128 aa  154  5.0000000000000005e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  56.92 
 
 
127 aa  150  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  59.54 
 
 
127 aa  149  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
129 aa  148  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  57.69 
 
 
152 aa  146  8e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  53.08 
 
 
133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  56.15 
 
 
127 aa  144  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  55.73 
 
 
131 aa  143  9e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
127 aa  141  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.96 
 
 
131 aa  142  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
127 aa  140  4e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  53.85 
 
 
127 aa  140  7e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  51.15 
 
 
127 aa  133  9e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.77 
 
 
127 aa  130  5e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  50.38 
 
 
128 aa  130  6.999999999999999e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  51.54 
 
 
127 aa  127  7.000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  44.27 
 
 
129 aa  120  9e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  41.98 
 
 
129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  45.45 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.12 
 
 
67 aa  72  0.000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  50.79 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.22 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  50.79 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.69 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  53.33 
 
 
65 aa  67.8  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
66 aa  67.4  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
66 aa  67  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  52.31 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
65 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  52.46 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  51.39 
 
 
310 aa  66.2  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34450  cold-shock DNA-binding protein family  52.94 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.24 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
65 aa  65.5  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 
65 aa  65.9  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  52.24 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  52.31 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  51.67 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  51.67 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.03 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1263  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
418 aa  64.7  0.0000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1911  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.71 
 
 
70 aa  64.3  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000206161  normal  0.143594 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  50 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
65 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  53.12 
 
 
281 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.372989 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
279 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
268 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  51.67 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  51.67 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  51.67 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1894  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00218073  hitchhiker  0.000840233 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  51.67 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.38 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  49.23 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>