More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2012 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2012  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 329 aa  631  1e-180  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.649673 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5388  transcriptional regulator, IclR family  38.28 
 
 		 251 aa  120  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0209911 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3534  transcriptional regulator, IclR family  33.48 
 
 		 248 aa  71.2  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.40867  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2872  transcriptional regulator, IclR family  28.23 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4088  transcriptional regulator, IclR family  30.62 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.855439  hitchhiker  0.000570848 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  28.88 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  29.77 
 
 		 256 aa  63.5  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  28.99 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 268 aa  62  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3802  transcriptional regulator, IclR family  27.45 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.434289  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3407  transcriptional regulator, IclR family  28.37 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.351965  normal  0.802524 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  29.19 
 
 		 263 aa  60.1  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  30.14 
 
 		 263 aa  59.3  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2388  transcriptional regulator, IclR family  29.17 
 
 		 267 aa  58.9  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000136805  decreased coverage  0.000110172 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0222  Transcriptional regulator IclR  27.18 
 
 		 267 aa  58.2  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.300165  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0668  regulatory proteins, IclR  28.57 
 
 		 242 aa  57.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0128525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1725  IclR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.200124  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 263 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  27.75 
 
 		 263 aa  57.8  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  26.03 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2885  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4411  regulatory proteins, IclR  31.22 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.547579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  28.71 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  28.17 
 
 		 294 aa  57  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1018  transcriptional regulator, IclR family  25.59 
 
 		 257 aa  56.6  0.0000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.142974  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 283 aa  57  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2456  transcriptional regulator, IclR family  31.77 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000248538  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0179  IclR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  29.19 
 
 		 263 aa  56.2  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4475  transcriptional regulator, IclR family  23 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0192379  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  28.3 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0434  transcriptional regulator, IclR family  30.17 
 
 		 284 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4432  IclR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 271 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  23.68 
 
 		 265 aa  55.5  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  26.84 
 
 		 269 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0393  transcriptional regulator, IclR family  29.22 
 
 		 261 aa  55.1  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.701286  normal  0.393158 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0532  transcriptional regulator, IclR family  30.13 
 
 		 253 aa  54.3  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.79 
 
 		 263 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0302  transcription regulator protein  27.69 
 
 		 295 aa  53.9  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  26.79 
 
 		 263 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  26.79 
 
 		 263 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  26.79 
 
 		 263 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 272 aa  53.9  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3881  transcriptional regulator, IclR family  24.87 
 
 		 254 aa  53.9  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0445714  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 263 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  26.79 
 
 		 263 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  26.79 
 
 		 263 aa  53.5  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1099  transcriptional regulator, IclR family  26.75 
 
 		 266 aa  53.5  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00311315  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3087  transcriptional regulator, TrmB  28.02 
 
 		 267 aa  52.8  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.515072  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4572  IclR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 314 aa  52.8  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000944679 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2838  IclR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 601 aa  53.1  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  25.21 
 
 		 277 aa  53.1  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  25.42 
 
 		 271 aa  52.8  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15210  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 257 aa  52.8  0.000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.577592 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4237  IclR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 286 aa  52.8  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  24.1 
 
 		 256 aa  52.8  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  27.56 
 
 		 266 aa  52.8  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  26.79 
 
 		 263 aa  52.8  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  27.56 
 
 		 266 aa  52.8  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0163  transcriptional regulator, IclR family  28.16 
 
 		 302 aa  52.8  0.000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2809  transcriptional regulator, IclR family  28.33 
 
 		 278 aa  52.8  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 295 aa  52.8  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1082  IclR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 268 aa  52.4  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.400531  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3980  IclR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 310 aa  52.4  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0269788 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  26.53 
 
 		 250 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1249  transcriptional regulator, IclR family  28.71 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1101  IclR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 297 aa  52.4  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 260 aa  52  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4107  IclR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 314 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903735  normal  0.0536886 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 250 aa  52  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  23.64 
 
 		 252 aa  52  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1257  regulatory protein, IclR  34.76 
 
 		 228 aa  51.6  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.411018  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0156  transcriptional regulator, IclR family  28.16 
 
 		 302 aa  51.6  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.768394 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0099  transcriptional regulator, IclR family  21.5 
 
 		 262 aa  51.6  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 250 aa  51.6  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0171  IclR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 324 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  27.27 
 
 		 263 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  27.27 
 
 		 263 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  27.27 
 
 		 263 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  27.27 
 
 		 263 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  24.55 
 
 		 267 aa  51.6  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  27.27 
 
 		 263 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 260 aa  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5587  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152901 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3712  IclR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 269 aa  51.6  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382183  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4784  transcriptional regulator, IclR family  23.85 
 
 		 257 aa  51.6  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.820047  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7055  transcriptional regulator, IclR family  28.11 
 
 		 324 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.444053  normal  0.38621 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5438  IclR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 269 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0533  transcriptional regulator, IclR family  27.31 
 
 		 247 aa  50.8  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  24.49 
 
 		 258 aa  51.2  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51350  transcriptional regulator protein DgoR  26.58 
 
 		 261 aa  50.8  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  25.62 
 
 		 277 aa  50.8  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  26.96 
 
 		 262 aa  50.8  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  25.2 
 
 		 265 aa  50.8  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>