More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_3662 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_3662  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 154 aa  316  9e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.591059  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4387  DNA repair protein RadC  70.67 
 
 		 156 aa  219  9.999999999999999e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.421889  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3582  DNA repair protein RadC  61.74 
 
 		 156 aa  209  1e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.082542  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3765  DNA repair protein RadC  65.81 
 
 		 155 aa  197  3.9999999999999996e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1971  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 157 aa  160  8.000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0853114  normal  0.044132 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0413  DNA repair protein RadC  50.81 
 
 		 229 aa  132  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.319313  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2151  DNA repair protein RadC  39.58 
 
 		 152 aa  127  8.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.306348  normal  0.36954 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1153  DNA repair protein  43.15 
 
 		 233 aa  124  3e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05605  putative DNA repair protein  42.47 
 
 		 231 aa  122  2e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.762004  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0523  DNA repair protein RadC  42.95 
 
 		 231 aa  120  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000215475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1532  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 237 aa  114  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1494  DNA repair protein  41.78 
 
 		 233 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000647961  decreased coverage  0.0000976606 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0917  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 		 225 aa  111  3e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.372898  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  42.76 
 
 		 232 aa  110  7.000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5144  DNA repair protein RadC  46.08 
 
 		 234 aa  105  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0101  DNA repair protein RadC  39.86 
 
 		 243 aa  103  1e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2374  DNA repair protein RadC  40.29 
 
 		 165 aa  102  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  45 
 
 		 221 aa  95.9  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 164 aa  94  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  38.89 
 
 		 228 aa  93.2  1e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 222 aa  92  2e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 215 aa  92  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  43 
 
 		 169 aa  92  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  42 
 
 		 168 aa  91.7  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0894  DNA repair protein RadC  34.87 
 
 		 227 aa  90.9  6e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.823184 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  40.37 
 
 		 168 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1383  DNA repair protein RadC  32.62 
 
 		 157 aa  90.1  9e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3111  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 169 aa  90.1  9e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000111017  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  43 
 
 		 245 aa  90.1  9e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  39.22 
 
 		 227 aa  89.7  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 160 aa  89  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  30.92 
 
 		 228 aa  89.4  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  33.56 
 
 		 223 aa  89.4  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  36.04 
 
 		 166 aa  88.6  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  32.03 
 
 		 222 aa  88.2  4e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  43 
 
 		 222 aa  87.8  5e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  40.2 
 
 		 159 aa  87.8  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3426  DNA repair protein RadC  31.33 
 
 		 164 aa  87.4  7e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334518 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  38.24 
 
 		 168 aa  87.4  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  39.81 
 
 		 224 aa  87  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  37.25 
 
 		 231 aa  86.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  43.14 
 
 		 227 aa  87  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  39.22 
 
 		 158 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  37.25 
 
 		 231 aa  86.7  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  41.18 
 
 		 159 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  41 
 
 		 221 aa  86.7  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  31.58 
 
 		 228 aa  86.3  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  34.35 
 
 		 232 aa  86.3  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2888  DNA repair protein RadC  32.62 
 
 		 157 aa  86.3  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  39 
 
 		 242 aa  85.9  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  43 
 
 		 221 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  38 
 
 		 168 aa  85.5  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  39 
 
 		 242 aa  85.9  2e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  38.61 
 
 		 225 aa  85.9  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  43 
 
 		 221 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  38.24 
 
 		 228 aa  85.1  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0932  DNA repair protein RadC  39.22 
 
 		 157 aa  85.1  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  31.08 
 
 		 227 aa  85.5  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  35.62 
 
 		 227 aa  85.1  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  34.21 
 
 		 229 aa  85.1  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  40.2 
 
 		 222 aa  84.7  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  38 
 
 		 169 aa  84.7  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  37 
 
 		 169 aa  84.7  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  34.93 
 
 		 227 aa  84.7  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  40.2 
 
 		 222 aa  84.7  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  40.2 
 
 		 222 aa  84.7  4e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  38.24 
 
 		 169 aa  84.3  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0803  DNA repair protein, RadC-like  40.2 
 
 		 166 aa  84.3  5e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  38 
 
 		 271 aa  84  6e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  39.81 
 
 		 224 aa  84  7e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  42 
 
 		 224 aa  84  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  37.86 
 
 		 225 aa  84  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  31.33 
 
 		 164 aa  84  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  32.21 
 
 		 233 aa  83.6  9e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  31.13 
 
 		 228 aa  83.6  9e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0270  DNA repair protein RadC  40.2 
 
 		 211 aa  83.6  9e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  39.22 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 272 aa  82.8  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0244  DNA repair protein  31.54 
 
 		 151 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.483345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  30.67 
 
 		 164 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  38.24 
 
 		 171 aa  82.8  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  32.43 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  38.61 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  38.61 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3133  DNA repair protein RadC  37.72 
 
 		 156 aa  83.2  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0278844  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  34.92 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1619  DNA repair protein RadC  39.6 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  30.67 
 
 		 164 aa  83.6  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  30.67 
 
 		 164 aa  83.2  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  38.24 
 
 		 158 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  37.25 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  31.08 
 
 		 222 aa  82.8  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0275  DNA repair protein RadC  27.63 
 
 		 163 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00125645  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  38.24 
 
 		 158 aa  82  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  38.24 
 
 		 158 aa  82  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  38.24 
 
 		 158 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  38.24 
 
 		 158 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  38 
 
 		 169 aa  82  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>