More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_0304 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  100 
 
 		 247 aa  500  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 237 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  35.08 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  35.08 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  35.08 
 
 		 253 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  35.08 
 
 		 253 aa  149  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  35.08 
 
 		 253 aa  149  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  35.08 
 
 		 253 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  35.08 
 
 		 253 aa  149  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  35.08 
 
 		 253 aa  149  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  34.68 
 
 		 253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  34.69 
 
 		 242 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  33.88 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  33.47 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  33.47 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  33.47 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200734 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  33.47 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  33.47 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2194  putative transcriptional regulator  38.62 
 
 		 195 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000326413  hitchhiker  0.0000000776188 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1164  putative envelope protein encoded within prophage CP-933N  39.15 
 
 		 195 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.378647 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  33.62 
 
 		 240 aa  131  7.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  28.39 
 
 		 249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  36.65 
 
 		 274 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.4 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  35.4 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  35.4 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  35.4 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  35.4 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  35.4 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  35.4 
 
 		 274 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  44.92 
 
 		 291 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  44.92 
 
 		 291 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  44.92 
 
 		 291 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  44.92 
 
 		 291 aa  95.9  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  44.92 
 
 		 291 aa  95.9  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  40.6 
 
 		 243 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  40.6 
 
 		 243 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  40.43 
 
 		 243 aa  88.6  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  40.6 
 
 		 253 aa  88.6  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  46.32 
 
 		 295 aa  85.5  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 295 aa  85.5  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 295 aa  85.5  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  46.32 
 
 		 295 aa  85.5  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 295 aa  85.5  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  29.55 
 
 		 253 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 253 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  29.55 
 
 		 253 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  29.55 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  29.55 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  29.55 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  29.55 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  29.55 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  43.62 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  43.62 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  43.62 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  43.62 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  42.55 
 
 		 309 aa  82  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  41.94 
 
 		 271 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  38.95 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3063  transcriptional regulator, AraC family  38.58 
 
 		 253 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00454347  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0583  AraC family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 253 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0639  transcriptional regulator, AraC family  38.58 
 
 		 253 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.994132  normal  0.332523 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3086  AraC family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 253 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.790206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0579  AraC family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 253 aa  75.9  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  37.11 
 
 		 347 aa  75.1  0.0000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 270 aa  75.1  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  35.11 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 352 aa  72.8  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0092  transcriptional activator of virulence loci  35.11 
 
 		 261 aa  72.4  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 268 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 222 aa  71.6  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 359 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 347 aa  70.1  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 347 aa  69.7  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 343 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  23.01 
 
 		 252 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  23.01 
 
 		 252 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  27.46 
 
 		 262 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  27.46 
 
 		 262 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  27.46 
 
 		 262 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 285 aa  67  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 344 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  22.57 
 
 		 252 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  23.01 
 
 		 252 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 364 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0363  TCP pilus virulence regulatory protein  28.89 
 
 		 276 aa  66.6  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.93807  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 352 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 506 aa  65.9  0.0000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 373 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 330 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  36.26 
 
 		 284 aa  65.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>