More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3319 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3319  pseudouridine synthase  100 
 
 		 225 aa  461  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4995  pseudouridine synthase  65.15 
 
 		 212 aa  264  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000878129  normal  0.0980616 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1012  RNA pseudouridylate synthase, small subunit  61.73 
 
 		 224 aa  247  9e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0522  pseudouridine synthase  41.97 
 
 		 198 aa  134  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0077  pseudouridine synthase  40.96 
 
 		 190 aa  121  9e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2984  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0677  pseudouridine synthase  35.38 
 
 		 194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0674596  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10398  RNA pseudouridine synthase family protein  36.7 
 
 		 195 aa  110  2.0000000000000002e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  35.94 
 
 		 201 aa  103  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0759  pseudouridine synthase  38.25 
 
 		 197 aa  102  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0942  pseudouridine synthase  36.61 
 
 		 202 aa  102  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0290973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0814  pseudouridine synthase  36.61 
 
 		 182 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.572557  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  35.94 
 
 		 195 aa  100  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1227  pseudouridine synthase  35.57 
 
 		 195 aa  99.4  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.664388 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0843  RNA pseudouridine synthase family protein  38.04 
 
 		 218 aa  98.6  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.626046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0678  pseudouridine synthase, Rsu  34.86 
 
 		 213 aa  98.6  8e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.854611  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3808  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 188 aa  97.8  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1514  pseudouridine synthase, Rsu  35.78 
 
 		 199 aa  96.7  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.843798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3888  pseudouridine synthase  36.7 
 
 		 189 aa  95.1  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.655167 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1316  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  34.21 
 
 		 245 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1154  RNA pseudouridine synthase family protein  35.52 
 
 		 209 aa  94.4  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1578  pseudouridine synthase  34.54 
 
 		 188 aa  94.7  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.587542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  35 
 
 		 220 aa  94.4  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0784164 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  35.16 
 
 		 176 aa  94  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0710  pseudouridine synthase family 1 protein  34.43 
 
 		 290 aa  94  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003960  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  35.14 
 
 		 233 aa  94  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1381  pseudouridine synthase  35.18 
 
 		 204 aa  94  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.398718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1351  pseudouridine synthase  34.67 
 
 		 204 aa  93.2  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1947  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.68 
 
 		 245 aa  92.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  35.75 
 
 		 204 aa  92.4  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1338  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.68 
 
 		 245 aa  92.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.0256703 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  34.29 
 
 		 257 aa  92.4  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1354  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.68 
 
 		 245 aa  92  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.971791  normal  0.425008 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0847  hypothetical protein  35.56 
 
 		 200 aa  90.1  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.51 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 211 aa  90.1  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  33.69 
 
 		 212 aa  89.4  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  32.43 
 
 		 210 aa  89.4  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2129  RNA pseudouridine synthase family protein  33.16 
 
 		 245 aa  89  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.13 
 
 		 180 aa  87.8  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0876  hypothetical protein  35 
 
 		 200 aa  87.4  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.15 
 
 		 191 aa  87.4  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  34.76 
 
 		 192 aa  87.4  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  34.59 
 
 		 202 aa  87  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1255  23S rRNA pseudouridine synthase E  31.91 
 
 		 217 aa  85.5  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.15 
 
 		 176 aa  85.5  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  31.91 
 
 		 217 aa  85.1  7e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  31.91 
 
 		 217 aa  85.1  7e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3440  pseudouridine synthase  32.65 
 
 		 268 aa  85.5  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  31.91 
 
 		 217 aa  85.1  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  32.45 
 
 		 207 aa  85.1  8e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1983  pseudouridine synthase, Rsu  32.34 
 
 		 230 aa  85.1  8e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0680971 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  32.45 
 
 		 217 aa  84.7  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2703  pseudouridine synthase  32.04 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.011903 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01133  23S rRNA pseudouridine synthase  31.91 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.33 
 
 		 208 aa  83.6  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.403146 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3150  pseudouridine synthase  31.61 
 
 		 268 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 208 aa  83.6  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.33 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  32.43 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1871  pseudouridine synthase  31.22 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.163248  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  31.91 
 
 		 266 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  32.76 
 
 		 264 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01141  hypothetical protein  31.89 
 
 		 215 aa  82.8  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  30.16 
 
 		 221 aa  82.4  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  31.91 
 
 		 266 aa  82.4  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.9 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  32.18 
 
 		 201 aa  82  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.88 
 
 		 178 aa  82  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.208535  normal  0.739458 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2200  pseudouridine synthase  31.5 
 
 		 203 aa  82.4  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000041754 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  30.41 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5857  pseudouridine synthase, Rsu  33.53 
 
 		 192 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833933  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  32.96 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  33.71 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  31.11 
 
 		 180 aa  81.3  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1944  pseudouridine synthase  33.15 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.469445  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  31.35 
 
 		 210 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2573  pseudouridine synthase, Rsu  33.53 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  33.71 
 
 		 216 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  30.43 
 
 		 180 aa  79.7  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  31.32 
 
 		 177 aa  80.1  0.00000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2156  pseudouridine synthase  30.69 
 
 		 209 aa  79.3  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0322435  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  31.28 
 
 		 185 aa  79.3  0.00000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  30.73 
 
 		 244 aa  79  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  32.76 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  31.61 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1939  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  32.24 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1685  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  34.95 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0796  pseudouridine synthase, Rsu  31.82 
 
 		 189 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  31.15 
 
 		 210 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  31.87 
 
 		 210 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2685  pseudouridine synthase  35.35 
 
 		 201 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  31.43 
 
 		 180 aa  77.8  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2258  pseudouridine synthase, Rsu  32.78 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3170  pseudouridine synthase  31.61 
 
 		 189 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0157507  hitchhiker  0.00975609 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2444  pseudouridine synthase  32.94 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000696433 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  30.46 
 
 		 270 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3113  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  32.6 
 
 		 182 aa  76.6  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  29.08 
 
 		 324 aa  76.6  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  33.52 
 
 		 178 aa  76.6  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>