More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET0642 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0642  ribulose-phosphate 3-epimerase, putative  100 
 
 
220 aa  450  1e-125  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0676  ribulose-phosphate 3-epimerase, putative  100 
 
 
220 aa  450  1e-125  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_582  ribulose-phosphate 3-epimerase-like protein  92.27 
 
 
220 aa  416  9.999999999999999e-116  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0614  ribulose-phosphate 3-epimerase  88.64 
 
 
220 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.6 
 
 
218 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  36.99 
 
 
224 aa  138  7.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.24 
 
 
225 aa  134  9e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  39.71 
 
 
224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.23 
 
 
222 aa  132  5e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2292  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.27 
 
 
227 aa  132  6e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.44 
 
 
216 aa  131  7.999999999999999e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  36.19 
 
 
217 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06630  ribulose-phosphate 3-epimerase, putative  37.26 
 
 
224 aa  129  3e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0731  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.49 
 
 
224 aa  129  3e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0365158  normal  0.685056 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1776  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.41 
 
 
220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.35 
 
 
221 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.35 
 
 
221 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.02 
 
 
218 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  39.11 
 
 
217 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1769  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.62 
 
 
219 aa  127  1.0000000000000001e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  35.59 
 
 
224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.21 
 
 
220 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1014  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.94 
 
 
220 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03238  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.76 
 
 
225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.841593  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1116  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.94 
 
 
220 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0327  Ribulose-phosphate 3-epimerase  38.76 
 
 
225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0327  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.76 
 
 
225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204958  normal  0.201128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3662  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.76 
 
 
225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.383295  normal  0.0239622 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3582  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.76 
 
 
225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.111758  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03190  hypothetical protein  38.76 
 
 
225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3855  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.76 
 
 
225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004029  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3799  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.76 
 
 
225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0860843 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3763  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.76 
 
 
225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0483274  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4690  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.76 
 
 
225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.632143  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.96 
 
 
219 aa  126  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.61 
 
 
217 aa  126  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.68 
 
 
219 aa  125  5e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.73 
 
 
211 aa  125  5e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.45 
 
 
214 aa  125  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.33 
 
 
231 aa  125  6e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3494  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.26 
 
 
238 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00334689  hitchhiker  0.000085645 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.45 
 
 
214 aa  124  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.45 
 
 
234 aa  124  9e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3755  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.8 
 
 
225 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3680  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.8 
 
 
225 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3851  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.8 
 
 
225 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1908  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.49 
 
 
219 aa  124  1e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000189819  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.96 
 
 
214 aa  123  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.96 
 
 
214 aa  123  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.96 
 
 
214 aa  123  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.96 
 
 
214 aa  123  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.96 
 
 
214 aa  123  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.96 
 
 
214 aa  123  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  34.48 
 
 
217 aa  123  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.96 
 
 
214 aa  123  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.78 
 
 
234 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.68 
 
 
224 aa  123  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.78 
 
 
234 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2446  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  34.76 
 
 
239 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.87044 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2395  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.63 
 
 
221 aa  122  4e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.76 
 
 
236 aa  122  4e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.98 
 
 
214 aa  122  4e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0669  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.61 
 
 
225 aa  121  6e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000493752  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.06 
 
 
224 aa  122  6e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3789  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.32 
 
 
225 aa  121  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3682  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.32 
 
 
225 aa  121  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.341104  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2632  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  38.07 
 
 
217 aa  121  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.63 
 
 
247 aa  121  9e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3515  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.14 
 
 
228 aa  121  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1981  ribulose-phosphate 3-epimerase  32.7 
 
 
236 aa  121  9e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.564168  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2879  Ribulose-phosphate 3-epimerase  36.36 
 
 
229 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.98 
 
 
214 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2371  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.4 
 
 
227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1434  Ribulose-phosphate 3-epimerase  31.22 
 
 
220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.81 
 
 
235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2540  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.15 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0480192 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0648  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.15 
 
 
234 aa  119  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1047  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.75 
 
 
221 aa  119  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000178019  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.3 
 
 
235 aa  119  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.03 
 
 
221 aa  119  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2328  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  35.05 
 
 
228 aa  119  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.377828  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50761  D-ribulose-5-phosphate 3- epimerase  30.84 
 
 
232 aa  119  3e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0229  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.71 
 
 
225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0846712  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3723  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.71 
 
 
225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00616256  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0307  Ribulose-phosphate 3-epimerase  35.5 
 
 
223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.9 
 
 
219 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3962  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.71 
 
 
225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0524071  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  34.48 
 
 
220 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0264  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.19 
 
 
225 aa  118  4.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.241717  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.18 
 
 
227 aa  118  6e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0463  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.91 
 
 
227 aa  118  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3720  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.82 
 
 
228 aa  118  6e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.245172  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.19 
 
 
216 aa  118  6e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2057  ribulose-phosphate 3-epimerase  34 
 
 
231 aa  118  6e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.725106 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2696  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.39 
 
 
227 aa  118  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.3 
 
 
221 aa  118  7e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3362  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.36 
 
 
230 aa  118  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.24 
 
 
223 aa  118  7.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0833  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.03 
 
 
216 aa  118  7.999999999999999e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3623  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.74 
 
 
228 aa  117  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>