More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2685 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2685  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  100 
 
 
254 aa  512  1e-144  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2022  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  53.04 
 
 
254 aa  262  4e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  50 
 
 
246 aa  234  8e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000102302  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0495  RNA polymerase, sigma 28 subunit  53.55 
 
 
218 aa  231  8.000000000000001e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2683  RNA polymerase sigma factor WhiG  43.67 
 
 
262 aa  217  1e-55  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000338898  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  44.9 
 
 
345 aa  217  1e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251167  normal  0.211786 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  44.9 
 
 
289 aa  212  3.9999999999999995e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0878  putative RNA polymerase sigma factor  44.58 
 
 
260 aa  209  3e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0195691  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  45.93 
 
 
312 aa  209  3e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1482  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.15 
 
 
328 aa  209  3e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.124317  normal  0.220028 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.21 
 
 
266 aa  207  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09870  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  40.4 
 
 
295 aa  206  3e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84003  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1002  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.13 
 
 
283 aa  204  1e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.814788  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4127  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  47.41 
 
 
248 aa  203  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000536564  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0177  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.69 
 
 
272 aa  202  4e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000404132  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.09 
 
 
262 aa  202  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1526  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.62 
 
 
411 aa  199  3e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597121  normal  0.0174426 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0708  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.8 
 
 
249 aa  198  7.999999999999999e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3037  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  43.97 
 
 
260 aa  197  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0625  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.53 
 
 
254 aa  195  6e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5913  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.89 
 
 
272 aa  194  8.000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00269846  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.15 
 
 
246 aa  192  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000322849  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0794  sigma 28 (flagella/sporulation)  39.09 
 
 
255 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0420105  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  37.89 
 
 
236 aa  177  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1744  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  39.09 
 
 
257 aa  176  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1422  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.92 
 
 
250 aa  176  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0109521  normal  0.320143 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  40.17 
 
 
248 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2388  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  39.59 
 
 
251 aa  175  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1306  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.18 
 
 
245 aa  175  7e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.152189  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1384  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  43.72 
 
 
279 aa  175  8e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  40.09 
 
 
246 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  37.45 
 
 
250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  40.09 
 
 
246 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1118  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  38.33 
 
 
244 aa  172  2.9999999999999996e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  39.39 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.66 
 
 
245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  42.99 
 
 
240 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  42.99 
 
 
240 aa  172  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.23 
 
 
247 aa  172  5e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  39.66 
 
 
246 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  39.65 
 
 
246 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  39.32 
 
 
247 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  39.21 
 
 
248 aa  170  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2030  RNA polymerase sigma factor SigD  40.51 
 
 
251 aa  170  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1142  RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG family  37.45 
 
 
259 aa  170  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  42.2 
 
 
239 aa  170  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  39.32 
 
 
239 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.66 
 
 
254 aa  169  3e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  37.04 
 
 
250 aa  169  5e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1138  RNA polymerase sigma factor SigD  39.59 
 
 
254 aa  169  5e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1378  flagellar biosynthesis sigma factor  39.65 
 
 
239 aa  169  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.689794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  42.47 
 
 
229 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  42.47 
 
 
229 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  42.47 
 
 
229 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000381946 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  42.47 
 
 
229 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  42.47 
 
 
239 aa  168  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  41.63 
 
 
231 aa  167  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  35.32 
 
 
244 aa  166  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  39.65 
 
 
239 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  41.18 
 
 
240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2027  flagellar biosynthesis sigma factor  42.08 
 
 
240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  39.46 
 
 
246 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  39.46 
 
 
246 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.55 
 
 
239 aa  165  8e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  41.55 
 
 
239 aa  165  8e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  41.55 
 
 
239 aa  165  8e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  41.55 
 
 
239 aa  165  8e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  41.55 
 
 
239 aa  165  8e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  39.37 
 
 
240 aa  164  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  42.2 
 
 
240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1343  flagellar biosynthesis sigma factor  38.22 
 
 
239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.600056  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  40 
 
 
237 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  41.55 
 
 
239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0331  RNA polymerase sigma factor sigma-28  38.52 
 
 
253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.188921  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2919  flagellar biosynthesis sigma factor  38.22 
 
 
237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.429378  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3051  flagellar biosynthesis sigma factor  38.22 
 
 
237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.120605 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2909  flagellar biosynthesis sigma factor  38.22 
 
 
237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1454  flagellar biosynthesis sigma factor  38.22 
 
 
237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.375178  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  38.67 
 
 
237 aa  163  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36 
 
 
237 aa  163  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  39.45 
 
 
232 aa  162  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  39.56 
 
 
237 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  39.56 
 
 
237 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  39.56 
 
 
237 aa  163  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  35.81 
 
 
238 aa  162  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36 
 
 
237 aa  163  3e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2290  flagellar biosynthesis sigma factor  37.87 
 
 
243 aa  162  6e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.44 
 
 
237 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2561  flagellar biosynthesis sigma factor  41.89 
 
 
240 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3049  flagellar biosynthesis sigma factor  38.33 
 
 
239 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0797202 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0159  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  35.95 
 
 
265 aa  159  3e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  38.29 
 
 
238 aa  159  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  37.79 
 
 
253 aa  159  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1898  flagellar biosynthesis sigma factor  41.44 
 
 
240 aa  159  5e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.07 
 
 
257 aa  159  6e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  36.61 
 
 
243 aa  158  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.74 
 
 
238 aa  158  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  37.27 
 
 
242 aa  158  7e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  37.61 
 
 
239 aa  158  9e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1637  sigma 28  37.99 
 
 
262 aa  157  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.195318  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>