More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0847 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0847  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 
262 aa  520  1e-146  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000135059  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2278  extracellular solute-binding protein  40.85 
 
 
287 aa  125  9e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000861711  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0740  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems periplasmic component/domain-like protein  27.38 
 
 
261 aa  113  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1035  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.92 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.218421 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0859  amino acid ABC transporter permease  27.45 
 
 
990 aa  108  7.000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0204986  normal  0.722319 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0858  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.53 
 
 
260 aa  108  8.000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00112891  normal  0.531566 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1036  amino acid ABC transporter permease  27.06 
 
 
990 aa  106  5e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.328178 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2022  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.41 
 
 
748 aa  105  8e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1178  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.89 
 
 
265 aa  101  9e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.241034  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  44.14 
 
 
260 aa  99.4  5e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  47.25 
 
 
244 aa  97.8  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.38 
 
 
755 aa  95.1  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1446  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.16 
 
 
494 aa  95.1  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.233096  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.16 
 
 
490 aa  94  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  29.44 
 
 
727 aa  92.4  7e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  44.44 
 
 
247 aa  91.3  1e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  43.01 
 
 
243 aa  90.9  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  44.21 
 
 
242 aa  90.5  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  41.84 
 
 
246 aa  90.1  3e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  35.43 
 
 
245 aa  90.1  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  40.59 
 
 
265 aa  89.7  5e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  45.16 
 
 
245 aa  88.6  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  40.82 
 
 
246 aa  88.6  9e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  38.53 
 
 
264 aa  88.6  1e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3053  extracellular solute-binding protein  42 
 
 
244 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000807518  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0919  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 
244 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  38.78 
 
 
250 aa  86.7  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0882  extracellular solute-binding protein  42 
 
 
244 aa  86.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00121366  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  37.62 
 
 
276 aa  86.7  4e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3027  extracellular solute-binding protein  45.16 
 
 
244 aa  86.7  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.09 
 
 
244 aa  85.9  7e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0972  extracellular solute-binding protein family 3  44.09 
 
 
250 aa  85.9  7e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.801508  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0986  extracellular solute-binding protein  44.09 
 
 
244 aa  85.5  7e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0951  extracellular solute-binding protein  44.09 
 
 
244 aa  85.5  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3392  extracellular solute-binding protein  44.09 
 
 
244 aa  85.5  7e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0624048  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  39.8 
 
 
273 aa  85.5  8e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  38.32 
 
 
260 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  38.78 
 
 
247 aa  84.3  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1431  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.5 
 
 
268 aa  84  0.000000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000284109  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  36.96 
 
 
273 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  27.59 
 
 
736 aa  84.3  0.000000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.89 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.89 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.89 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  37.89 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.89 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.89 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  37.89 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.89 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0178  extracellular solute-binding protein  35.24 
 
 
299 aa  83.2  0.000000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.89 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  41.94 
 
 
257 aa  82.8  0.000000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  37.89 
 
 
261 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  38.95 
 
 
276 aa  82.4  0.000000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2011  extracellular solute-binding protein  34.31 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.986691  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0581  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.37 
 
 
278 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143423  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0567  amino acid ABC transporter  37.37 
 
 
278 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1863  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
292 aa  81.3  0.00000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1259  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
295 aa  80.9  0.00000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  39.58 
 
 
337 aa  80.1  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  36.36 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1328  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 
249 aa  79.7  0.00000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.313303  normal  0.666491 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0928  extracellular solute-binding protein family 3  38.98 
 
 
254 aa  80.1  0.00000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2184  extracellular solute-binding protein  37.89 
 
 
295 aa  79.3  0.00000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092646 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1803  extracellular solute-binding protein  37.89 
 
 
288 aa  79  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.363702  normal  0.037594 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.76 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  41.76 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0357  extracellular solute-binding protein  35 
 
 
270 aa  78.6  0.00000000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  36.36 
 
 
244 aa  78.2  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  25.31 
 
 
830 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  39.8 
 
 
247 aa  78.6  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
248 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
248 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
248 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
248 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.76 
 
 
248 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  37.23 
 
 
252 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  32.14 
 
 
255 aa  77  0.0000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  39.78 
 
 
248 aa  77  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  38.64 
 
 
285 aa  77  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1692  extracellular solute-binding protein family 3  37.23 
 
 
258 aa  76.6  0.0000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.350495 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2488  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.14 
 
 
248 aa  76.3  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.56 
 
 
248 aa  76.3  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  34.19 
 
 
279 aa  76.3  0.0000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  40.86 
 
 
249 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0727  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.65 
 
 
503 aa  75.5  0.0000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479447  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1148  extracellular solute-binding protein  35.05 
 
 
270 aa  75.9  0.0000000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.614659 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  38.78 
 
 
247 aa  75.9  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  40 
 
 
247 aa  75.5  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.56 
 
 
248 aa  75.5  0.0000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  29.51 
 
 
256 aa  75.1  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>