More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2521 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2521  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  626  1e-178  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.26667  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3614  LysR family transcriptional regulator  53 
 
 		 293 aa  324  1e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 295 aa  193  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 342 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.22 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 296 aa  181  9.000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 307 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 289 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 290 aa  179  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  31.97 
 
 		 293 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 296 aa  176  6e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 289 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.65 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 319 aa  169  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  31.83 
 
 		 289 aa  169  5e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.25 
 
 		 290 aa  168  9e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.42 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0905  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.227995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.63 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  31.6 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  29.86 
 
 		 289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2771  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.042768  normal  0.541087 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.56 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 289 aa  166  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  29.83 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 308 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.66 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 295 aa  165  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 295 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 334 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 334 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 334 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 301 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 334 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 334 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 334 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 288 aa  162  6e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 308 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 322 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 323 aa  162  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>