More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1154 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1154  RNA pseudouridine synthase family protein  100 
 
 		 209 aa  436  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0942  pseudouridine synthase  75 
 
 		 202 aa  295  4e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0290973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0843  RNA pseudouridine synthase family protein  65.38 
 
 		 218 aa  280  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.626046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0759  pseudouridine synthase  68.45 
 
 		 197 aa  270  1e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0814  pseudouridine synthase  70.17 
 
 		 182 aa  260  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.572557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0077  pseudouridine synthase  63.78 
 
 		 190 aa  243  1.9999999999999999e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10398  RNA pseudouridine synthase family protein  56.52 
 
 		 195 aa  215  4e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2984  pseudouridine synthase  49.47 
 
 		 201 aa  160  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0522  pseudouridine synthase  48.04 
 
 		 198 aa  155  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0677  pseudouridine synthase  45 
 
 		 194 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0674596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3808  pseudouridine synthase  47.13 
 
 		 188 aa  152  4e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  46.86 
 
 		 201 aa  140  9e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  45.93 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  46.45 
 
 		 204 aa  137  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  44.2 
 
 		 185 aa  137  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03272  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.77 
 
 		 200 aa  137  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  40.84 
 
 		 202 aa  134  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  44.19 
 
 		 210 aa  132  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2476  pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 270 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000480491  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  40.53 
 
 		 282 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  40.53 
 
 		 282 aa  131  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  40.53 
 
 		 282 aa  131  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  43.82 
 
 		 213 aa  131  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  40.53 
 
 		 270 aa  130  9e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3888  pseudouridine synthase  43.02 
 
 		 189 aa  129  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.655167 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0642  pseudouridine synthase  43.6 
 
 		 209 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3170  pseudouridine synthase  43.2 
 
 		 189 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0157507  hitchhiker  0.00975609 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  41.85 
 
 		 195 aa  129  3e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  43.35 
 
 		 229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1578  pseudouridine synthase  41.86 
 
 		 188 aa  129  4.0000000000000003e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.587542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1227  pseudouridine synthase  41.3 
 
 		 195 aa  128  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.664388 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  40.22 
 
 		 264 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  42.61 
 
 		 216 aa  128  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 216 aa  128  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  39.57 
 
 		 201 aa  128  8.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1514  pseudouridine synthase, Rsu  41.76 
 
 		 199 aa  128  8.000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.843798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  41.62 
 
 		 221 aa  128  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  43.6 
 
 		 211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1882  pseudouridine synthase, Rsu  40.46 
 
 		 236 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733285  decreased coverage  0.0000000160719 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0796  pseudouridine synthase, Rsu  41.67 
 
 		 189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  42.37 
 
 		 180 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  41.41 
 
 		 192 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 220 aa  127  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0784164 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01133  23S rRNA pseudouridine synthase  45.09 
 
 		 217 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4941  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  39.39 
 
 		 211 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1680  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  42.2 
 
 		 265 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 210 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.250689 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  43.01 
 
 		 217 aa  125  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01141  hypothetical protein  45.09 
 
 		 215 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  43.01 
 
 		 217 aa  125  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  43.01 
 
 		 207 aa  126  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1255  23S rRNA pseudouridine synthase E  43.01 
 
 		 217 aa  126  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1830  pseudouridine synthase, Rsu  39.5 
 
 		 242 aa  126  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  43.6 
 
 		 180 aa  126  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  43.01 
 
 		 217 aa  125  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  43.01 
 
 		 217 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4832  pseudouridine synthase  41.86 
 
 		 212 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1749  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  41.62 
 
 		 269 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5857  pseudouridine synthase, Rsu  41.67 
 
 		 192 aa  125  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833933  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2573  pseudouridine synthase, Rsu  42.22 
 
 		 192 aa  125  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  43.02 
 
 		 191 aa  124  8.000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  41.67 
 
 		 206 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1605  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  41.04 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1983  pseudouridine synthase, Rsu  40.91 
 
 		 230 aa  123  2e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0680971 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 228 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  41.01 
 
 		 257 aa  123  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  44.83 
 
 		 208 aa  123  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.25 
 
 		 177 aa  123  2e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.83 
 
 		 208 aa  123  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.403146 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.83 
 
 		 208 aa  122  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2258  pseudouridine synthase, Rsu  39.78 
 
 		 235 aa  122  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  41.94 
 
 		 207 aa  122  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  39.55 
 
 		 212 aa  122  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  39.08 
 
 		 176 aa  122  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09940  Pseudouridine synthase, RluE  41.01 
 
 		 210 aa  122  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.304404  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0847  hypothetical protein  44.25 
 
 		 200 aa  122  5e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  43.26 
 
 		 178 aa  122  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  41.28 
 
 		 180 aa  121  6e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2444  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 192 aa  121  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000696433 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  38.42 
 
 		 244 aa  121  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  37.63 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  41.95 
 
 		 176 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  42.6 
 
 		 214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2703  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 235 aa  119  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0876  hypothetical protein  43.1 
 
 		 200 aa  119  3e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1141  putative pseudouridine synthase  41.57 
 
 		 189 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  40.11 
 
 		 180 aa  118  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12540  putative pseudouridine synthase  39.9 
 
 		 189 aa  118  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1351  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 204 aa  118  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2374  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 180 aa  118  7e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.177247 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1381  pseudouridine synthase  39.78 
 
 		 204 aa  118  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.398718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0685  RNA pseudouridine synthase family protein  41.67 
 
 		 192 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.214118  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0485  pseudouridine synthase family protein  41.67 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1107  pseudouridine synthase family protein  41.67 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000232498  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0958  RNA pseudouridine synthase family protein  41.67 
 
 		 192 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  40.46 
 
 		 217 aa  117  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1014  RNA pseudouridine synthase family protein  41.67 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0134  RNA pseudouridine synthase family protein  41.67 
 
 		 192 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0954  RNA pseudouridine synthase family protein  41.67 
 
 		 192 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0758  pseudouridine synthase family protein  41.11 
 
 		 192 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0329789  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>