164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3535 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3535  two-component sensor histidine kinase  100 
 
 
199 aa  409  1e-113  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.524315 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  55.05 
 
 
1379 aa  141  7e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1716  PAS sensor protein  26.42 
 
 
327 aa  73.2  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00344833  decreased coverage  0.0000813906 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.71 
 
 
957 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  33.33 
 
 
1065 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.47 
 
 
1807 aa  70.5  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.26 
 
 
1431 aa  67.4  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 
1426 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.3 
 
 
633 aa  63.5  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5365  sensor histidine kinase  27.22 
 
 
672 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00212715  hitchhiker  0.0000000443209 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0367  sensor histidine kinase  25.76 
 
 
672 aa  62.4  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1312  sensor histidine kinase  29.91 
 
 
510 aa  61.6  0.000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3007  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.04 
 
 
507 aa  62  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.738719  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0427  sensor histidine kinase, putative  25.25 
 
 
676 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0590994  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0307  sensor histidine kinase (sporulation kinase), C-terminal region  24.75 
 
 
677 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1274  PAS sensor protein  23.5 
 
 
429 aa  61.6  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0303  sensor histidine kinase; sporulation kinase  24.75 
 
 
677 aa  61.2  0.000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00332628  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  28.69 
 
 
866 aa  60.1  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.91 
 
 
1065 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5581  sensor histidine kinase  26.58 
 
 
672 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  27.87 
 
 
730 aa  59.3  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0315  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.74 
 
 
672 aa  58.9  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4928  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.95 
 
 
889 aa  57.4  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0916  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.2 
 
 
599 aa  57.8  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000947728  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3297  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.96 
 
 
838 aa  57.8  0.0000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
778 aa  57  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.260825 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.95 
 
 
1054 aa  56.2  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  29.1 
 
 
1427 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.44 
 
 
861 aa  55.5  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.29 
 
 
674 aa  54.3  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  27.78 
 
 
930 aa  53.9  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
1415 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1670  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.53 
 
 
632 aa  53.9  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1537  putative PAS/PAC sensor protein  28.15 
 
 
636 aa  53.5  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 
779 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1862  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.79 
 
 
869 aa  52.8  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.557725  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0101  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
1060 aa  53.1  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
1383 aa  52.4  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1918  Signal transduction histidine kinase-like protein  24.04 
 
 
878 aa  52.8  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2577  sensor histidine kinase  21.69 
 
 
349 aa  52.4  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.05 
 
 
1478 aa  52  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.15 
 
 
821 aa  51.6  0.000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0639  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 
456 aa  51.6  0.000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2725  diguanylate cyclase  27.83 
 
 
479 aa  51.2  0.000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.443683  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1013  PAS sensor protein  21.67 
 
 
271 aa  51.2  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1782  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 
621 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1158  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 
753 aa  50.1  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4974  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.6 
 
 
877 aa  50.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1918  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 
535 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.723955  normal  0.316434 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
1267 aa  49.7  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2403  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.74 
 
 
371 aa  49.3  0.00004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1571  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.47 
 
 
873 aa  49.3  0.00004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4116  putative PAS/PAC sensor protein  28.69 
 
 
982 aa  49.3  0.00004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.147835  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.81 
 
 
940 aa  48.9  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3834  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  23.32 
 
 
908 aa  48.9  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4825  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.68 
 
 
582 aa  48.5  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.924426 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2128  putative PAS/PAC sensor protein  22.05 
 
 
1059 aa  48.5  0.00006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0800  histidine kinase  24.52 
 
 
882 aa  48.5  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0270  putative PAS/PAC sensor protein  25.67 
 
 
630 aa  48.5  0.00007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.525809  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  28.85 
 
 
546 aa  48.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0565  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.3 
 
 
947 aa  48.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.17 
 
 
1369 aa  47.4  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0559  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.12 
 
 
704 aa  47.8  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3535  putative PAS/PAC sensor protein  23.49 
 
 
684 aa  47.4  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2150  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.91 
 
 
1643 aa  47  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.133009  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.59 
 
 
686 aa  47  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2560  aerobic respiration control sensor protein ArcB  28.69 
 
 
788 aa  47  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3747  aerobic respiration control sensor protein ArcB  30.34 
 
 
781 aa  46.2  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.244728  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0924  aerobic respiration control sensor protein ArcB  29.59 
 
 
753 aa  46.2  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.178911  normal  0.270801 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0301  aerobic respiration control sensor protein ArcB  33.6 
 
 
789 aa  46.6  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0737861  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3631  aerobic respiration control sensor protein ArcB  30.08 
 
 
779 aa  46.2  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.330412  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00931  aerobic respiration control sensor protein ArcB  28.46 
 
 
786 aa  46.2  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0307  aerobic respiration control sensor protein ArcB  33.6 
 
 
789 aa  46.2  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0739851  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2662  hypothetical protein  29.92 
 
 
595 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.17167  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  26.5 
 
 
890 aa  45.8  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1525  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  22.78 
 
 
653 aa  45.8  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3270  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.16 
 
 
796 aa  45.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.498059 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  25.71 
 
 
956 aa  45.8  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3436  PAS sensor protein  29.91 
 
 
211 aa  45.8  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.21303  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2628  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.18 
 
 
902 aa  45.8  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1736  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.31 
 
 
738 aa  45.8  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2365  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.84 
 
 
734 aa  45.4  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.656612  hitchhiker  0.0000890263 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0469  aerobic respiration control sensor protein ArcB  33.09 
 
 
778 aa  45.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.55831  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1126  aerobic respiration control sensor protein ArcB  33.09 
 
 
778 aa  45.4  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0533  aerobic respiration control sensor protein ArcB  33.09 
 
 
778 aa  45.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0807351  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.66 
 
 
1071 aa  45.4  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00592248 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0043  putative PAS/PAC sensor protein  26.72 
 
 
1216 aa  45.1  0.0007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3789  aerobic respiration control sensor protein ArcB  33.87 
 
 
779 aa  45.1  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00874982  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004463  aerobic respiration control sensor protein ArcB  28.46 
 
 
784 aa  45.1  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.135915  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2505  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.19 
 
 
595 aa  45.1  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0288015  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1167  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.98 
 
 
551 aa  45.1  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2659  hypothetical protein  30.19 
 
 
595 aa  45.1  0.0007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.306767  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4841  putative PAS/PAC sensor protein  24.58 
 
 
470 aa  44.7  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00593007  hitchhiker  0.000311175 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4599  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.21 
 
 
1029 aa  45.1  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.645634  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.29 
 
 
817 aa  44.7  0.0009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0214  aerobic respiration sensor-response protein; histidine protein kinase/phosphatase, sensor for arcA  26.02 
 
 
511 aa  44.7  0.0009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.257861  normal  0.726877 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5749  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.69 
 
 
562 aa  44.7  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.718044  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2419  sensor histidine kinase  30.19 
 
 
595 aa  44.3  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.131968  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2636  sensor histidine kinase  30.19 
 
 
499 aa  44.3  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
884 aa  44.3  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>