More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B2067 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007952  Bxe_B2067  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 388 aa  781    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0860005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3123  DNA-directed DNA polymerase  77.98 
 
 		 384 aa  608  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3545  UMUC-like DNA-repair protein  78.65 
 
 		 393 aa  603  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0274  DNA-directed DNA polymerase  69.27 
 
 		 385 aa  543  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0949  DNA-directed DNA polymerase  65.09 
 
 		 385 aa  487  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.868276  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0008  DNA-directed DNA polymerase  64.29 
 
 		 385 aa  479  1e-134  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1234  DNA-directed DNA polymerase  67.02 
 
 		 396 aa  477  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2123  UMUC-like DNA-repair protein  62.07 
 
 		 387 aa  471  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.48636  hitchhiker  0.00329078 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0937  DNA-directed DNA polymerase  62.11 
 
 		 436 aa  451  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2649  DNA-directed DNA polymerase  57.14 
 
 		 403 aa  441  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5871  DNA-directed DNA polymerase  59.61 
 
 		 381 aa  441  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.937041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5287  DNA-directed DNA polymerase  59.14 
 
 		 437 aa  433  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1323  DNA-directed DNA polymerase  58.2 
 
 		 416 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3159  DNA-directed DNA polymerase  58.36 
 
 		 431 aa  425  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.382923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1647  DNA-directed DNA polymerase  58.09 
 
 		 432 aa  427  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3696  DNA-directed DNA polymerase  56.69 
 
 		 422 aa  426  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0931583  normal  0.897611 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3296  DNA-directed DNA polymerase  57.14 
 
 		 399 aa  419  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1964  DNA-directed DNA polymerase  58.4 
 
 		 425 aa  419  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.560205  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2353  DNA-directed DNA polymerase  55.73 
 
 		 413 aa  419  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.48043  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  37.4 
 
 		 354 aa  227  3e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  39.14 
 
 		 419 aa  224  3e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  37.82 
 
 		 378 aa  224  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  38.9 
 
 		 419 aa  221  9.999999999999999e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  36.39 
 
 		 425 aa  221  1.9999999999999999e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  40.16 
 
 		 385 aa  219  8.999999999999998e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  38.11 
 
 		 371 aa  218  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  38.84 
 
 		 368 aa  218  2e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  40 
 
 		 378 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  40.22 
 
 		 430 aa  216  5.9999999999999996e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  41.3 
 
 		 430 aa  216  7e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  37.93 
 
 		 409 aa  215  8e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  39.62 
 
 		 381 aa  216  8e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  40.16 
 
 		 360 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  37.36 
 
 		 365 aa  213  3.9999999999999995e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  37.06 
 
 		 367 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  35.49 
 
 		 372 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  38.84 
 
 		 354 aa  212  9e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  37.4 
 
 		 399 aa  212  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  35.83 
 
 		 389 aa  212  1e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  39.67 
 
 		 406 aa  211  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  37.27 
 
 		 378 aa  211  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  37.27 
 
 		 378 aa  211  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  37.02 
 
 		 384 aa  210  3e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  40.33 
 
 		 355 aa  209  5e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  38.69 
 
 		 418 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  37.33 
 
 		 466 aa  206  4e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  37.23 
 
 		 363 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  38.32 
 
 		 374 aa  206  6e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  39.19 
 
 		 356 aa  206  7e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  34.02 
 
 		 393 aa  205  9e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5822  DNA polymerase IV  39.06 
 
 		 353 aa  205  1e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.127311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  38.02 
 
 		 359 aa  205  1e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3476  DNA-directed DNA polymerase  39.06 
 
 		 370 aa  204  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0765318  normal  0.0172319 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  37.05 
 
 		 421 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  37.87 
 
 		 418 aa  204  3e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  36.89 
 
 		 424 aa  203  4e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  36.39 
 
 		 414 aa  203  4e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  39.01 
 
 		 410 aa  202  5e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  36.46 
 
 		 385 aa  202  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  38.02 
 
 		 395 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  37.6 
 
 		 420 aa  201  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  37.87 
 
 		 418 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.81 
 
 		 415 aa  201  1.9999999999999998e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  36.01 
 
 		 426 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  36.59 
 
 		 364 aa  200  3e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  34.42 
 
 		 369 aa  200  3.9999999999999996e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  37.47 
 
 		 380 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  37.14 
 
 		 418 aa  199  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  35.16 
 
 		 391 aa  199  7.999999999999999e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  36.62 
 
 		 412 aa  199  9e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  34.49 
 
 		 371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  35.48 
 
 		 425 aa  198  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  36.63 
 
 		 834 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  36.02 
 
 		 408 aa  197  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3703  DNA polymerase IV  37.9 
 
 		 362 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.260929  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  37.23 
 
 		 365 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  36.91 
 
 		 414 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  38.32 
 
 		 415 aa  196  6e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  36.87 
 
 		 481 aa  196  6e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  34.07 
 
 		 390 aa  195  1e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  36.41 
 
 		 386 aa  195  1e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  37.04 
 
 		 402 aa  195  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  36.57 
 
 		 376 aa  195  1e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  37.7 
 
 		 363 aa  195  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  34.78 
 
 		 397 aa  194  2e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  36.44 
 
 		 369 aa  194  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  37.33 
 
 		 417 aa  194  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  38.28 
 
 		 422 aa  193  5e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  34.51 
 
 		 364 aa  192  6e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  38.29 
 
 		 432 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  32.89 
 
 		 357 aa  191  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 410 aa  192  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  36.73 
 
 		 409 aa  191  2e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  33.98 
 
 		 390 aa  191  2e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  37.26 
 
 		 356 aa  189  5e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  32.7 
 
 		 410 aa  189  5.999999999999999e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4326  DNA-directed DNA polymerase  37.47 
 
 		 463 aa  189  8e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49996  normal  0.088504 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  34.05 
 
 		 359 aa  189  8e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  33.7 
 
 		 367 aa  189  9e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  33.51 
 
 		 409 aa  188  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>