126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3873 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_3873  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 250 aa  499  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.543903  normal  0.744123 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6190  extracellular solute-binding protein family 3  72.36 
 
 		 273 aa  353  1e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221084  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5977  extracellular solute-binding protein  73.14 
 
 		 244 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6880  extracellular solute-binding protein  71.31 
 
 		 244 aa  343  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7267  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  71.07 
 
 		 264 aa  341  7e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6273  extracellular solute-binding protein  72.31 
 
 		 244 aa  341  7e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5602  extracellular solute-binding protein  71.9 
 
 		 244 aa  339  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5966  extracellular solute-binding protein  72.88 
 
 		 349 aa  338  4e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0148213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4553  extracellular solute-binding protein  67.74 
 
 		 247 aa  334  5.999999999999999e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.221841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3717  extracellular solute-binding protein  71.73 
 
 		 243 aa  333  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4651  extracellular solute-binding protein  71.73 
 
 		 243 aa  333  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.545523  normal  0.899041 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6466  extracellular solute-binding protein  70.66 
 
 		 244 aa  333  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.59873  normal  0.0219509 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5653  extracellular solute-binding protein  72.03 
 
 		 243 aa  333  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.493733 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3154  extracellular solute-binding protein family 3  66.39 
 
 		 249 aa  311  7.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0903537  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04698  periplasmic substrate binding ABC transporter protein  64.46 
 
 		 245 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.291783 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2836  extracellular solute-binding protein  63.98 
 
 		 248 aa  292  4e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.918231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4744  extracellular solute-binding protein family 3  61.97 
 
 		 277 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273902  normal  0.741652 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1361  extracellular solute-binding protein  51.48 
 
 		 269 aa  250  1e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1628  extracellular solute-binding protein  52.08 
 
 		 279 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625521  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0588  extracellular solute-binding protein family 3  51.47 
 
 		 207 aa  211  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4109  extracellular solute-binding protein  51.28 
 
 		 264 aa  207  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.664204  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3636  extracellular solute-binding protein family 3  46.88 
 
 		 238 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.59453 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8634  extracellular solute-binding protein family 3  41.88 
 
 		 237 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.365468  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45195  predicted protein  37.7 
 
 		 253 aa  143  2e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.177256  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2646  extracellular solute-binding protein  37.18 
 
 		 266 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.997273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0285  extracellular solute-binding protein  32.07 
 
 		 266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.994895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3455  putative amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  30.04 
 
 		 223 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4313  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 278 aa  89.4  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.438014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1297  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 248 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  26.84 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  26.84 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0782  extracellular solute-binding protein  36.03 
 
 		 269 aa  63.2  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.211491 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4078  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6284  putative periplasmic-binding protein  23.28 
 
 		 265 aa  58.9  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.75 
 
 		 269 aa  57.4  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1872  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 306 aa  53.5  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  32 
 
 		 277 aa  52.4  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0736  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 279 aa  52  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 274 aa  51.2  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 271 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  22.22 
 
 		 286 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 271 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 271 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1255  hypothetical protein  28.26 
 
 		 273 aa  50.8  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0214745 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2694  extracellular solute-binding protein family 3  27.63 
 
 		 277 aa  50.8  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 271 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  22.22 
 
 		 286 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 271 aa  50.1  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  23.24 
 
 		 307 aa  50.1  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3166  extracellular solute-binding protein  33.96 
 
 		 279 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 292 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 271 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 271 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  27.19 
 
 		 271 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.19 
 
 		 271 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.19 
 
 		 271 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 271 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 222 aa  49.7  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 271 aa  48.9  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3233  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 		 277 aa  48.9  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.638648 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  30.14 
 
 		 269 aa  48.5  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 266 aa  48.5  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 255 aa  48.5  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 276 aa  48.1  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5260  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 		 277 aa  48.5  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1134  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.19 
 
 		 305 aa  47.4  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.276726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  26.62 
 
 		 281 aa  47.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  32 
 
 		 278 aa  47.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 267 aa  47.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  32.87 
 
 		 286 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3631  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 		 282 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.867063  normal  0.017598 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  29.31 
 
 		 276 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0729  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 		 318 aa  46.6  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.446742  normal  0.30254 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0792  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 		 294 aa  46.6  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0266  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 		 292 aa  46.6  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0150  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 306 aa  46.2  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.975549 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1846  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 277 aa  46.2  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.898841  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0906  amino acid-binding protein  28.36 
 
 		 256 aa  45.8  0.0006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.03 
 
 		 271 aa  45.8  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  28.45 
 
 		 276 aa  45.8  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5243  extracellular solute-binding protein family 3  27.33 
 
 		 283 aa  45.8  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.517304  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 268 aa  45.8  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0202  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 306 aa  45.8  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.725948  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 		 260 aa  45.8  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0836  amino acid-binding protein  28.36 
 
 		 256 aa  45.8  0.0007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.462057  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3278  extracellular solute-binding protein  34.44 
 
 		 276 aa  45.8  0.0007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.806697  normal  0.241519 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1446  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.28 
 
 		 494 aa  45.8  0.0007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.233096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5167  extracellular solute-binding protein family 3  22.73 
 
 		 318 aa  45.8  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0887  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 290 aa  45.4  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 		 1251 aa  45.4  0.0008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2011  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 282 aa  45.4  0.0008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.986691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07790  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  25.32 
 
 		 278 aa  45.4  0.0008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0788  putative ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.23 
 
 		 302 aa  45.4  0.0009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334731 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0904  glutamine-binding periplasmic protein  19.56 
 
 		 254 aa  45.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.207514  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  25.81 
 
 		 278 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2627  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.96 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0539096  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.68 
 
 		 261 aa  43.9  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.06 
 
 		 272 aa  44.3  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0201  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 324 aa  43.9  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.241493  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>