70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6190 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6190  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 273 aa  546  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221084  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3873  extracellular solute-binding protein  72.15 
 
 		 250 aa  339  2.9999999999999998e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.543903  normal  0.744123 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4651  extracellular solute-binding protein  71.07 
 
 		 243 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.545523  normal  0.899041 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3717  extracellular solute-binding protein  71.07 
 
 		 243 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6880  extracellular solute-binding protein  71.49 
 
 		 244 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7267  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  69.42 
 
 		 264 aa  323  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5653  extracellular solute-binding protein  69.83 
 
 		 243 aa  322  3e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.493733 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6273  extracellular solute-binding protein  69.42 
 
 		 244 aa  321  7e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5977  extracellular solute-binding protein  69.83 
 
 		 244 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5602  extracellular solute-binding protein  68.85 
 
 		 244 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6466  extracellular solute-binding protein  68.44 
 
 		 244 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.59873  normal  0.0219509 
 
 
-
 
NC_003296  RS04698  periplasmic substrate binding ABC transporter protein  68.6 
 
 		 245 aa  311  5.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.291783 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5966  extracellular solute-binding protein  69.01 
 
 		 349 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0148213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4553  extracellular solute-binding protein  66.12 
 
 		 247 aa  307  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.221841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4744  extracellular solute-binding protein family 3  66.23 
 
 		 277 aa  298  6e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273902  normal  0.741652 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2836  extracellular solute-binding protein  65.25 
 
 		 248 aa  290  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.918231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3154  extracellular solute-binding protein family 3  62.87 
 
 		 249 aa  283  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0903537  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1361  extracellular solute-binding protein  48.76 
 
 		 269 aa  242  3.9999999999999997e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1628  extracellular solute-binding protein  51.93 
 
 		 279 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625521  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0588  extracellular solute-binding protein family 3  50.49 
 
 		 207 aa  206  2e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4109  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 264 aa  198  9e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.664204  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3636  extracellular solute-binding protein family 3  47.77 
 
 		 238 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.59453 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8634  extracellular solute-binding protein family 3  41.1 
 
 		 237 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.365468  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45195  predicted protein  37.92 
 
 		 253 aa  132  6.999999999999999e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.177256  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2646  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 		 266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.997273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0285  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 		 266 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.994895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3455  putative amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  29.44 
 
 		 223 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4313  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.438014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1297  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 248 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  23.65 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.77 
 
 		 269 aa  54.7  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  35.83 
 
 		 278 aa  53.5  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2237  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 256 aa  52.4  0.000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0917749  hitchhiker  0.00000401987 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2694  extracellular solute-binding protein family 3  28.85 
 
 		 277 aa  52.4  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  30.57 
 
 		 277 aa  50.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1872  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 306 aa  50.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0736  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 279 aa  49.3  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580874  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  24.74 
 
 		 286 aa  48.9  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4078  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 277 aa  48.9  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 268 aa  48.5  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  24.74 
 
 		 286 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 271 aa  45.8  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  28.87 
 
 		 275 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  24.48 
 
 		 307 aa  45.4  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 273 aa  45.4  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.7 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.7 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  27.7 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 271 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0904  glutamine-binding periplasmic protein  26.89 
 
 		 254 aa  44.7  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.207514  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 271 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 271 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 292 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.07 
 
 		 265 aa  43.9  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0043  cyclohexadienyl dehydratase  26.62 
 
 		 265 aa  43.9  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 271 aa  43.5  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0150  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 		 306 aa  43.5  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.975549 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0782  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 269 aa  43.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.211491 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 276 aa  43.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1835  extracellular solute-binding protein family 3  27.73 
 
 		 262 aa  43.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0545252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 271 aa  42.7  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0286  prephenate dehydratase  27.21 
 
 		 256 aa  42.7  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.936099 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3233  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 277 aa  42.4  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.638648 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 253 aa  42.4  0.008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  34.26 
 
 		 273 aa  42  0.01  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>