More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2762 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 181 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  96.69 
 
 		 181 aa  363  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  87.85 
 
 		 181 aa  328  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  82.87 
 
 		 181 aa  315  3e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  82.87 
 
 		 181 aa  315  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  82.87 
 
 		 181 aa  315  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  82.87 
 
 		 181 aa  315  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  82.87 
 
 		 181 aa  315  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  82.87 
 
 		 181 aa  315  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  82.87 
 
 		 181 aa  315  3e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  82.87 
 
 		 181 aa  315  3e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  79.56 
 
 		 181 aa  300  9e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  79.56 
 
 		 228 aa  300  9e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  79.01 
 
 		 181 aa  298  4e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  79.01 
 
 		 228 aa  296  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  79.01 
 
 		 228 aa  296  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 181 aa  295  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 181 aa  295  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  70.72 
 
 		 181 aa  280  6.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  71.82 
 
 		 181 aa  280  8.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  69.61 
 
 		 181 aa  275  3e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  69.61 
 
 		 181 aa  274  4e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  69.61 
 
 		 181 aa  273  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  65 
 
 		 181 aa  257  7e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  65 
 
 		 181 aa  257  7e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  63.33 
 
 		 184 aa  244  4.9999999999999997e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 180 aa  244  6e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  60.34 
 
 		 181 aa  244  6e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  62.98 
 
 		 184 aa  240  9e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  62.84 
 
 		 185 aa  236  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 206 aa  234  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  56.45 
 
 		 188 aa  225  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  58.15 
 
 		 197 aa  217  6e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  51.96 
 
 		 423 aa  204  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  52.27 
 
 		 203 aa  188  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 202 aa  185  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 185 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 190 aa  160  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 201 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  45.25 
 
 		 182 aa  147  5e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  43.27 
 
 		 188 aa  141  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 		 192 aa  122  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.23 
 
 		 756 aa  78.2  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.23 
 
 		 740 aa  78.2  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.69 
 
 		 1093 aa  72.4  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.59 
 
 		 743 aa  72  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.34 
 
 		 617 aa  67.8  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 		 736 aa  65.9  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 201 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  35.35 
 
 		 202 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0936  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.63 
 
 		 803 aa  61.6  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0173561 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  34.34 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 200 aa  61.2  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 202 aa  61.2  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.66 
 
 		 202 aa  61.2  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  38.66 
 
 		 202 aa  61.2  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3173  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.85 
 
 		 696 aa  60.8  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000648957 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  46.38 
 
 		 205 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2579  response regulator FixJ  33.51 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.67 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1127  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.3 
 
 		 742 aa  58.5  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.799055 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  48.44 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  40.98 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  49.06 
 
 		 205 aa  58.2  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  47.17 
 
 		 205 aa  58.2  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 213 aa  57  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1484  response regulator  44.64 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1955  response regulator  42.86 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159918 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3602  LuxR response regulator receiver  44.62 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.66617  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1521  response regulator  42.86 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410508 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1500  response regulator  42.86 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000401264 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  33.33 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1784  response regulator  42.86 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  33.98 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1438  LuxR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607012 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.65 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4067  two component LuxR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  45.28 
 
 		 203 aa  54.7  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2222  response regulator FixJ  40.58 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446915  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4873  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.58 
 
 		 704 aa  54.3  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.924462  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  52 
 
 		 208 aa  54.3  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  38.75 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 209 aa  54.3  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0027  DNA-binding transcriptional activator UhpA  46.43 
 
 		 197 aa  53.9  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  60 
 
 		 643 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  60 
 
 		 643 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 209 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  43.4 
 
 		 205 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 209 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2960  LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 249 aa  53.9  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00617969  normal  0.0717872 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  26.23 
 
 		 437 aa  53.9  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>