More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_0338 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_0338  response regulator receiver protein  100 
 
 		 358 aa  706    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.35024  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1269  response regulator receiver protein  62.02 
 
 		 359 aa  388  1e-106  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.324523 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22640  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  49.71 
 
 		 358 aa  297  2e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.800771 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4793  response regulator receiver protein  46.99 
 
 		 350 aa  281  1e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19030  uncharacterized LmbE-like protein  45 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.248574  normal  0.129794 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1918  hypothetical protein  39.33 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0634  LmbE family protein  38.94 
 
 		 257 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0198717  normal  0.0139118 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4697  LmbE family protein  43.41 
 
 		 233 aa  126  6e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0426  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  37.7 
 
 		 223 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0392  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  37.7 
 
 		 223 aa  124  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3264  LmbE family protein  37.7 
 
 		 223 aa  124  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0386  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  37.7 
 
 		 223 aa  124  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0277  putative GlcNAc-PI de-N-acetylase  37.17 
 
 		 223 aa  120  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2223  LmbE-like protein  30.63 
 
 		 227 aa  104  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1457  LmbE family protein  33.33 
 
 		 223 aa  100  3e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0585  LmbE family protein  34.76 
 
 		 203 aa  95.9  9e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000208418  normal  0.164964 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5673  LmbE family protein  32.29 
 
 		 225 aa  93.2  6e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.467342  normal  0.0103265 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3730  LmbE family protein  34.5 
 
 		 209 aa  92.8  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  34.95 
 
 		 227 aa  91.7  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  30.56 
 
 		 222 aa  90.1  5e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  31.39 
 
 		 225 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1360  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.25 
 
 		 525 aa  87.4  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0299  two component Fis family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 177 aa  86.7  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0416  LmbE family protein  32.63 
 
 		 210 aa  86.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 447 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 481 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  30.22 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002951  regulatory protein LuxO  30.65 
 
 		 468 aa  82.8  0.000000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0508152  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02959  hypothetical protein  30.65 
 
 		 467 aa  82  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  35.96 
 
 		 236 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3646  LmbE family protein  34.08 
 
 		 221 aa  80.9  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.746983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  28.57 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2160  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.73 
 
 		 449 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1118  hypothetical protein  33.88 
 
 		 225 aa  80.5  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1258  LmbE family protein  32.39 
 
 		 234 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.274401  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3647  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 471 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209004  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0492  LmbE family protein  34.08 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1417  hypothetical protein  31.82 
 
 		 234 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.490751  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650247 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  29.15 
 
 		 270 aa  78.2  0.0000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.7 
 
 		 441 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1663  hypothetical protein  31.82 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2669  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 439 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  36.7 
 
 		 441 aa  77.4  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  36.7 
 
 		 441 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1590  hypothetical protein  32.2 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  36.7 
 
 		 441 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2681  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 444 aa  77.8  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.818562 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  36.7 
 
 		 441 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1444  hypothetical protein  31.82 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.140604  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1416  hypothetical protein  31.82 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.812012  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1701  hypothetical protein  31.82 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00454663  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1557  hypothetical protein  31.82 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.73 
 
 		 449 aa  77  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1628  hypothetical protein  31.82 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.148873 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3755  hypothetical protein  32.2 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.58 
 
 		 451 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2924  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 470 aa  77  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.777319  hitchhiker  0.0000000000564278 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2685  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 425 aa  77  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.501083  normal  0.0990314 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2039  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 476 aa  76.6  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0545  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 		 896 aa  76.6  0.0000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.91043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  30.83 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0477  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 443 aa  76.3  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 465 aa  76.3  0.0000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 451 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0243  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 485 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1460  LmbE family protein  30.11 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0532009  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0965  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.04 
 
 		 462 aa  76.3  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  35.78 
 
 		 441 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 485 aa  75.5  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1698  LmbE family protein  29.83 
 
 		 237 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.958754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  35.78 
 
 		 441 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1590  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 485 aa  75.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0352913  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5475  transcriptional regulatory protein ZraR  35.78 
 
 		 441 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  35.78 
 
 		 441 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3258  two component heavy metal response transcriptional regulator  29.51 
 
 		 238 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206307  normal  0.0675777 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1088  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 264 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237646 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 456 aa  75.5  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0275  helix-turn-helix, Fis-type  39.68 
 
 		 441 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02910  putative LmbE-like protein  29.73 
 
 		 225 aa  75.1  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00798316  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2795  two component transcriptional regulator  32.48 
 
 		 266 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1324  LmbE-like protein  27.32 
 
 		 223 aa  75.1  0.000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0060113  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 451 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.56 
 
 		 480 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2407  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 461 aa  74.7  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1588  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 458 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2827  response regulator receiver protein  39.29 
 
 		 137 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0232  LmbE family protein  28.09 
 
 		 238 aa  74.7  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.894745  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1249  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 452 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.38 
 
 		 593 aa  74.7  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2753  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 425 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00792223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  33.63 
 
 		 472 aa  74.7  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.390474  normal  0.0307837 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.3 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2130  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 442 aa  74.3  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.558101  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0805  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 442 aa  74.7  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2764  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 466 aa  74.3  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3351  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 465 aa  74.3  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  25.4 
 
 		 367 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 459 aa  73.9  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1392  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  37.8 
 
 		 451 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>