More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6198 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 277 aa  553  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  98.56 
 
 		 277 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  87.73 
 
 		 277 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  87.73 
 
 		 277 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  87.36 
 
 		 277 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  91.83 
 
 		 278 aa  477  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  63.92 
 
 		 271 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  63.92 
 
 		 271 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  65.18 
 
 		 271 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  65.18 
 
 		 271 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  64.78 
 
 		 271 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 268 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  60.71 
 
 		 269 aa  297  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  51.45 
 
 		 261 aa  233  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  48.81 
 
 		 271 aa  223  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4604  two component transcriptional regulator, AraC family  45.82 
 
 		 281 aa  199  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  36.63 
 
 		 1388 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  32.23 
 
 		 1366 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  29.85 
 
 		 1418 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  30.36 
 
 		 1335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  33.85 
 
 		 1355 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  47.24 
 
 		 407 aa  127  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  46.83 
 
 		 437 aa  126  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  32.49 
 
 		 677 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  31.17 
 
 		 1306 aa  125  7e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  31.58 
 
 		 1370 aa  124  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  29.41 
 
 		 1376 aa  124  2e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 1341 aa  122  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4465  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  46.77 
 
 		 437 aa  122  9e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  29.92 
 
 		 1340 aa  121  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  31.23 
 
 		 1343 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.36 
 
 		 488 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  34.29 
 
 		 663 aa  119  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2977  response regulator receiver domain-containing protein  34.01 
 
 		 303 aa  118  9e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0962  response regulator receiver protein  46.34 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512477  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4080  DNA-binding response regulator, LuxR family  43.48 
 
 		 222 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.19 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  28.57 
 
 		 961 aa  115  1.0000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  47.01 
 
 		 440 aa  114  1.0000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2150  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  45.38 
 
 		 443 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.394463 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1250  two component LuxR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.08 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4136  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  47.06 
 
 		 440 aa  113  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000660181  hitchhiker  0.00876613 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0790  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.54 
 
 		 566 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.391268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 940 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 337 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.65 
 
 		 593 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.65 
 
 		 593 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3359  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.46 
 
 		 395 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.361398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2743  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.46 
 
 		 395 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4530  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 		 386 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3866  response regulator receiver  43.09 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.370865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  28.16 
 
 		 1373 aa  111  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6548  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.07 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.543575 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  31.05 
 
 		 1324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1826  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.97 
 
 		 363 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  33.64 
 
 		 1298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  30.61 
 
 		 1344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2179  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  35.35 
 
 		 348 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.378064  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  41.83 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.73 
 
 		 349 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2188  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.12 
 
 		 384 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00677544 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1510  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.46 
 
 		 374 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 1201 aa  110  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1483  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.46 
 
 		 374 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  29.1 
 
 		 1278 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3242  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.7 
 
 		 441 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.74 
 
 		 308 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.74 
 
 		 308 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1713  two component LuxR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 361 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.310925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 1349 aa  109  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.97 
 
 		 314 aa  109  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.76 
 
 		 227 aa  108  7.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1236  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.59 
 
 		 386 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.493129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1018  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.4 
 
 		 441 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00729938  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1118  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.51 
 
 		 452 aa  108  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000972917  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1086  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  45 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.226857  hitchhiker  0.0000000112469 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1905  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  29.5 
 
 		 668 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0295515  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2984  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  45 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  29.37 
 
 		 1397 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.52 
 
 		 503 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  27.42 
 
 		 1384 aa  106  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 465 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 		 934 aa  107  3e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0809  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.2 
 
 		 367 aa  107  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0124  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  41.53 
 
 		 470 aa  106  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.35 
 
 		 236 aa  106  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0836  response regulator receiver protein  46.61 
 
 		 395 aa  106  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  29.96 
 
 		 1396 aa  106  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3274  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.82 
 
 		 383 aa  106  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  27.05 
 
 		 1374 aa  106  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  30.4 
 
 		 1334 aa  106  5e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 		 541 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  28.69 
 
 		 1366 aa  105  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  29.32 
 
 		 250 aa  106  5e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 481 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3869  response regulator receiver protein  39.23 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>