More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6062 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 151 aa  296  9e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6359  AraC family transcriptional regulator  89.4 
 
 		 151 aa  261  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  95.59 
 
 		 143 aa  259  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  95.59 
 
 		 143 aa  259  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  94.12 
 
 		 143 aa  254  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 131 aa  128  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6584  AraC family transcriptional regulator  53 
 
 		 112 aa  110  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796867  normal  0.163246 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0792  AraC family transcriptional regulator  60.19 
 
 		 163 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.595246 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1502  AraC family transcriptional regulator  54.44 
 
 		 115 aa  104  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.182478  normal  0.0194008 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3070  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 131 aa  94.4  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362329  normal  0.0397869 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6083  transcriptional regulator, AraC family  53.4 
 
 		 142 aa  93.6  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.864918 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0046  AraC family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 131 aa  88.6  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 277 aa  86.3  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 250 aa  85.9  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  38.32 
 
 		 280 aa  84.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 281 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 281 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 274 aa  82  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 277 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  49 
 
 		 285 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  49 
 
 		 285 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 299 aa  80.5  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  40.87 
 
 		 277 aa  80.5  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  47.37 
 
 		 311 aa  80.5  0.000000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 278 aa  80.5  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 277 aa  79.3  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  49 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  48 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1878  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 432 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0305888  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  39.64 
 
 		 432 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1793  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 432 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0424  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 432 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 290 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 290 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  42.59 
 
 		 264 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 279 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 278 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  33.61 
 
 		 278 aa  77.4  0.00000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  38.68 
 
 		 278 aa  77  0.00000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  41.67 
 
 		 264 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 277 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0220  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 432 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15358  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  34.48 
 
 		 280 aa  76.6  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  42.2 
 
 		 160 aa  76.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  43.9 
 
 		 275 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 278 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 276 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  48.19 
 
 		 264 aa  75.5  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  38.39 
 
 		 284 aa  75.5  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 279 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  44.94 
 
 		 305 aa  74.7  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 277 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 312 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  43.36 
 
 		 366 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  41.46 
 
 		 275 aa  73.6  0.0000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  42.7 
 
 		 257 aa  73.6  0.0000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  40.24 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  43.12 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  43.12 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  40.5 
 
 		 281 aa  73.2  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  38.53 
 
 		 278 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  28.21 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  42.11 
 
 		 318 aa  72  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 278 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 278 aa  72  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 273 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 271 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 		 293 aa  72  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 279 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  37.72 
 
 		 284 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  43.69 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 278 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 284 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 309 aa  70.9  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2344  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 247 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3418  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 247 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6455  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 247 aa  70.5  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.138486  normal  0.0928109 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  42.53 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  44.19 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3375  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0121717  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1118  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  41.94 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3411  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1134  transcriptional regulator, AraC family  39.32 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.330045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2522  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0256  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  43.02 
 
 		 276 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 269 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 285 aa  68.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 271 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1112  transcriptional regulator, AraC family  39.33 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>