79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3677 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3677  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  100 
 
 		 252 aa  522  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4162  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  64.1 
 
 		 225 aa  279  4e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4956  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  61.9 
 
 		 251 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4251  putative cytochrome  52.94 
 
 		 242 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460774  normal  0.218955 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1517  putative cytochrome  55.14 
 
 		 260 aa  249  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.936874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4367  cytochrome c, class I  58.55 
 
 		 243 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  52.79 
 
 		 382 aa  226  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  49.56 
 
 		 342 aa  226  4e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3912  hypothetical protein  55.43 
 
 		 211 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.411473 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3042  cytochrome c, class I  48.19 
 
 		 259 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.909018  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0147  cytochrome c, class I  49.44 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3665  cytochrome c, class I  56.21 
 
 		 194 aa  174  9e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.514371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4887  putative cytochrome c region protein  52.29 
 
 		 179 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.362181 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3340  cytochrome c, class I  55.56 
 
 		 194 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1895  putative cytochrome c  50.61 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8678  cytochrome c class I  51.23 
 
 		 185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00176651  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7231  cytochrome c class I  44.74 
 
 		 200 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2167  putative sulfite oxidase cytochrome c subunit, SoxD  47.74 
 
 		 180 aa  153  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5874  cytochrome c class I  50.96 
 
 		 180 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362058  normal  0.18158 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0152  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  49.33 
 
 		 195 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6593  cytochrome c, class I  52.67 
 
 		 174 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.263002 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1239  cytochrome c, class I  52.67 
 
 		 174 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6197  cytochrome c class I  56.12 
 
 		 174 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  40.55 
 
 		 382 aa  149  4e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2087  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  47.92 
 
 		 180 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  38.74 
 
 		 344 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  35.42 
 
 		 348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0560  sulfite oxidase cytochrome subunit  42.41 
 
 		 209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1616  cytochrome c class I  43.59 
 
 		 171 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1094  cytochrome c, class I  39.89 
 
 		 188 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  38.66 
 
 		 404 aa  125  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3783  cytochrome c class I  39.79 
 
 		 355 aa  122  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0912  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  44.85 
 
 		 202 aa  121  8e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.68088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2734  cytochrome c class I  42.67 
 
 		 200 aa  121  9e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.207547  hitchhiker  0.0000919605 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2437  diheme cytochrome c SoxD  39.79 
 
 		 355 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3211  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  41.03 
 
 		 206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1590  cytochrome c class I  37.63 
 
 		 344 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.960712  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  37.63 
 
 		 360 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0341  putative cytochrome c, class I precursor  41.21 
 
 		 186 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2987  cytochrome c, class I  44.52 
 
 		 188 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.29363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2285  cytochrome c, class I  37.64 
 
 		 346 aa  115  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711214  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2868  cytochrome c class I  38.92 
 
 		 187 aa  112  5e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1666  cytochrome c class I  37.64 
 
 		 344 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185876  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  36.63 
 
 		 182 aa  109  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  36.63 
 
 		 182 aa  109  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0157  hypothetical protein  38.29 
 
 		 331 aa  103  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000097536  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0586  hypothetical protein  30.56 
 
 		 239 aa  99.4  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.649014  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5154  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 		 401 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  36.84 
 
 		 432 aa  49.3  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5127  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 		 415 aa  48.9  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.600349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3241  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 		 415 aa  48.9  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0294244  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  36.84 
 
 		 432 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  36.84 
 
 		 432 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  36.84 
 
 		 432 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  36.84 
 
 		 432 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  36.84 
 
 		 432 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  36.84 
 
 		 432 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  36.84 
 
 		 432 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  36.46 
 
 		 432 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  36.84 
 
 		 432 aa  47.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  36.46 
 
 		 432 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.11 
 
 		 432 aa  47.4  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.46 
 
 		 432 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  27.59 
 
 		 363 aa  47.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1587  cytochrome c, class I  47.37 
 
 		 220 aa  47  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.74 
 
 		 425 aa  46.6  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.84 
 
 		 432 aa  46.2  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  36.84 
 
 		 432 aa  46.2  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1402  hypothetical protein  32.98 
 
 		 170 aa  45.4  0.0008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal  0.402158 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2891  cytochrome c, class I  31.4 
 
 		 201 aa  44.7  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  34.29 
 
 		 468 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0698  cytochrome c class I  28.81 
 
 		 189 aa  45.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5894  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 421 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.18364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.94 
 
 		 461 aa  44.7  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0307  putative cytochrome c  27.7 
 
 		 410 aa  43.5  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0124667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1569  cytochrome c, class I  31.87 
 
 		 141 aa  43.1  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.832933  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6161  cytochrome c, class I  31.52 
 
 		 424 aa  42.7  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.969705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2798  cytochrome c, class I  31.86 
 
 		 410 aa  42.4  0.007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.228923  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  25.32 
 
 		 269 aa  42.4  0.008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>