164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3324 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  100 
 
 		 310 aa  634    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  64.85 
 
 		 331 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  66.88 
 
 		 328 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  62.28 
 
 		 332 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  64.2 
 
 		 349 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  68.25 
 
 		 321 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  66.67 
 
 		 312 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  64.47 
 
 		 333 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  64 
 
 		 327 aa  394  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  65.11 
 
 		 278 aa  386  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  50 
 
 		 293 aa  300  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  53.38 
 
 		 293 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  51.25 
 
 		 293 aa  291  9e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  49.82 
 
 		 291 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  47.59 
 
 		 294 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  48.74 
 
 		 269 aa  256  3e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  42.18 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  44.44 
 
 		 294 aa  229  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  43.48 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  47.29 
 
 		 283 aa  227  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  42.11 
 
 		 285 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  40.29 
 
 		 302 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  43.02 
 
 		 270 aa  219  5e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  38.28 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  42.47 
 
 		 271 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  41.13 
 
 		 281 aa  209  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  41.38 
 
 		 284 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  39.77 
 
 		 284 aa  205  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  37.94 
 
 		 282 aa  204  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  39.48 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  41.22 
 
 		 267 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  43.51 
 
 		 269 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  39.37 
 
 		 287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  40.23 
 
 		 275 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  40.14 
 
 		 285 aa  199  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  40.61 
 
 		 270 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  40.47 
 
 		 287 aa  196  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  39.23 
 
 		 267 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  40.38 
 
 		 271 aa  196  6e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  39.46 
 
 		 285 aa  194  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  41.86 
 
 		 264 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  41.09 
 
 		 262 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  38.06 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  39.57 
 
 		 267 aa  188  8e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  40.77 
 
 		 267 aa  188  9e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  38.55 
 
 		 270 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  41.86 
 
 		 262 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  37.95 
 
 		 295 aa  187  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  40.54 
 
 		 266 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  38.72 
 
 		 273 aa  180  4e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  37.63 
 
 		 268 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  35.11 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  37.8 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  36.64 
 
 		 284 aa  170  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  36.64 
 
 		 274 aa  171  2e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  35.23 
 
 		 273 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  35.23 
 
 		 273 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  35.25 
 
 		 282 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  37.93 
 
 		 267 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  37.6 
 
 		 284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  35.66 
 
 		 278 aa  166  5.9999999999999996e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  37.88 
 
 		 286 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  36.9 
 
 		 277 aa  163  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  34.81 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  34.46 
 
 		 268 aa  162  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  33.33 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  33.33 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  33.7 
 
 		 285 aa  160  3e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  38.22 
 
 		 330 aa  159  4e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  35 
 
 		 273 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  36.06 
 
 		 343 aa  158  8e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  33.8 
 
 		 293 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  33.78 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  33.83 
 
 		 335 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  34.52 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  34.4 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  35.98 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  36.36 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  35.98 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  34.52 
 
 		 280 aa  156  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  35.11 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  35.97 
 
 		 286 aa  155  7e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  37.11 
 
 		 283 aa  155  7e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  35.61 
 
 		 339 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  31.86 
 
 		 335 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  34.26 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  36.54 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  34.4 
 
 		 276 aa  154  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  33.21 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  33.22 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  33.33 
 
 		 312 aa  152  8.999999999999999e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  32.96 
 
 		 341 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  33.96 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  34.52 
 
 		 278 aa  149  4e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  33.08 
 
 		 324 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  31.63 
 
 		 344 aa  149  7e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  32.12 
 
 		 290 aa  149  8e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  34.55 
 
 		 396 aa  148  9e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  30.98 
 
 		 310 aa  148  9e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  31.93 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>