More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5425 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  619  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  58.33 
 
 		 305 aa  341  1e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  58.96 
 
 		 307 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  36.64 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  35.12 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  35.29 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  34.77 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 329 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 312 aa  129  7.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  30.27 
 
 		 318 aa  129  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 308 aa  126  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 334 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 317 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  24.49 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 317 aa  119  9e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  35.65 
 
 		 313 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  33.02 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2452  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.60115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 324 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 317 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.61 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  30.29 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 306 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 304 aa  113  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.71 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 321 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 321 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  33.49 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.55 
 
 		 301 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  29.86 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 304 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.04 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.32 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  29.97 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.83 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  28.67 
 
 		 331 aa  100  3e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 312 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 315 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 327 aa  99.8  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 327 aa  99.8  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 307 aa  99.4  7e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 300 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 329 aa  99.4  8e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 283 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  27.14 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 305 aa  98.2  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>