More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5282 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5282  ABC transporter  100 
 
 
265 aa  520  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  32.64 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  33.47 
 
 
266 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.22 
 
 
266 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.22 
 
 
266 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.8 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.8 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.8 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  31.8 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  31.8 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.8 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.8 
 
 
266 aa  132  5e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  34.3 
 
 
244 aa  131  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  32.68 
 
 
293 aa  129  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.61 
 
 
284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.15 
 
 
257 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 
268 aa  125  9e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.1 
 
 
275 aa  124  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.22 
 
 
264 aa  121  9e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.52 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.74 
 
 
276 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.67 
 
 
268 aa  119  7e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  31.64 
 
 
286 aa  118  7.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  36.07 
 
 
259 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  36.07 
 
 
259 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3038  ABC permidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.4 
 
 
267 aa  118  9e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.11 
 
 
266 aa  118  9e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  31.64 
 
 
285 aa  118  9e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
267 aa  118  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.548577  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  32.42 
 
 
272 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.28 
 
 
254 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.31 
 
 
272 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.02 
 
 
267 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  30.65 
 
 
273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  31.73 
 
 
274 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  30.12 
 
 
266 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
265 aa  115  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000237313  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
268 aa  116  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  30.83 
 
 
273 aa  115  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  29.52 
 
 
276 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.53 
 
 
274 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.04 
 
 
256 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.92 
 
 
286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163733  normal  0.0234889 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.96 
 
 
272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1598  inner membrane ABC-transporter permease protein  31.7 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131611  normal  0.983656 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.434093  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0152419  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  30.94 
 
 
264 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.13 
 
 
256 aa  113  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.05 
 
 
263 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.96 
 
 
268 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.96 
 
 
268 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.49 
 
 
273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.42 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.79 
 
 
292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.26536  normal  0.0890799 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0148885  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  28 
 
 
273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  28.11 
 
 
273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.35 
 
 
256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.68 
 
 
267 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.77 
 
 
275 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  29.07 
 
 
271 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
272 aa  109  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00609739  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.35 
 
 
256 aa  108  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
262 aa  108  7.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.13 
 
 
272 aa  108  7.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.33 
 
 
284 aa  108  9.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.4 
 
 
264 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.33 
 
 
268 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  30.42 
 
 
284 aa  108  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  33.2 
 
 
258 aa  107  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  29.18 
 
 
256 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.55 
 
 
266 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.361864  normal  0.102972 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  27.76 
 
 
266 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2279  putrescine ABC transporter, permease protein  30.34 
 
 
272 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.57 
 
 
272 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.73 
 
 
280 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0526069  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.36 
 
 
272 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4708  Ornithine carbamoyltransferase  34.55 
 
 
258 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0199227 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.45 
 
 
279 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  31.22 
 
 
256 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  32.33 
 
 
289 aa  106  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.44 
 
 
275 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.51 
 
 
275 aa  106  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
260 aa  106  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.79 
 
 
272 aa  106  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  30.77 
 
 
256 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.44 
 
 
275 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  32.27 
 
 
288 aa  105  8e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  30.47 
 
 
256 aa  105  9e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
295 aa  105  9e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  30.21 
 
 
267 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.62 
 
 
269 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682654  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.01 
 
 
278 aa  104  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  28.8 
 
 
281 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.36 
 
 
266 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108007  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.87 
 
 
265 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  29.48 
 
 
303 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>