More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3764 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_3654  glycogen debranching enzyme GlgX  65.54 
 
 		 658 aa  863    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.328672 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2744  glycogen debranching enzyme GlgX  62.48 
 
 		 654 aa  811    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3352  glycogen debranching enzyme GlgX  64.92 
 
 		 659 aa  864    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3764  glycogen debranching enzyme GlgX  100 
 
 		 649 aa  1322    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1654  isoamylase  55.42 
 
 		 588 aa  606  9.999999999999999e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0211  putative bifunctional 4-alpha-glucanotransferase/glycogen debranching enzyme  51.6 
 
 		 1410 aa  598  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5335  glycogen debranching enzyme GlgX  44.1 
 
 		 723 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1322  glycogen operon protein GlgX  44.19 
 
 		 738 aa  534  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0099235  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1189  glycogen debranching protein GlgX  43.41 
 
 		 688 aa  528  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.50354  normal  0.29921 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5289  glycogen debranching enzyme GlgX  44.03 
 
 		 738 aa  531  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1322  glycogen debranching enzyme GlgX  43.93 
 
 		 733 aa  524  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.831141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5568  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  44.46 
 
 		 745 aa  522  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0988  glycogen operon protein  45.38 
 
 		 716 aa  522  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.25479 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3027  glycogen debranching enzyme GlgX  44.08 
 
 		 733 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1495  glycogen operon protein  44.62 
 
 		 750 aa  519  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1136  glycogen debranching enzyme GlgX  45.64 
 
 		 704 aa  521  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.55158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1332  glycogen debranching enzyme GlgX  44.08 
 
 		 733 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3146  glycogen debranching enzyme GlgX  44.48 
 
 		 716 aa  519  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.371141  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2757  glycogen debranching enzyme GlgX  44.1 
 
 		 752 aa  521  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36630  putative glycosyl hydrolase  44.63 
 
 		 716 aa  519  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0278347  normal  0.953744 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1358  glycogen debranching enzyme GlgX  43.77 
 
 		 733 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.173381 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3752  glycogen debranching enzyme GlgX  43.99 
 
 		 720 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.742598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1103  glycogen debranching enzyme GlgX  46.2 
 
 		 695 aa  516  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.512458 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1249  glycogen debranching enzyme GlgX  45.09 
 
 		 735 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2835  glycogen debranching enzyme GlgX  43.56 
 
 		 752 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2933  glycogen debranching enzyme GlgX  43.26 
 
 		 752 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3130  glycogen operon protein GlgX  42.03 
 
 		 727 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167727  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1227  glycogen debranching protein GlgX  44.43 
 
 		 719 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170759 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2282  glycogen debranching enzyme GlgX  42.68 
 
 		 704 aa  514  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0218366  hitchhiker  0.000957469 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1169  glycogen debranching enzyme GlgX  44.96 
 
 		 733 aa  509  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.161033 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2254  glycogen debranching protein GlgX  43.79 
 
 		 733 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3626  glycogen debranching protein GlgX  44.51 
 
 		 701 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0135941 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2864  putative glycogen operon protein GlgX  44.34 
 
 		 739 aa  509  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0238  glycogen operon protein GlgX  46.46 
 
 		 754 aa  508  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.137822  normal  0.662509 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2997  glycoside hydrolase, family alpha amylase catalytic subunit  41.58 
 
 		 727 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2544  glycogen debranching protein GlgX  42.81 
 
 		 719 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6824  glycogen debranching enzyme GlgX  44.87 
 
 		 739 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3213  glycogen debranching protein GlgX  45.59 
 
 		 728 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2267  glycogen debranching enzyme GlgX  44.6 
 
 		 691 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.138313  normal  0.255699 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2226  glycosidase  44.86 
 
 		 694 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4409  glycogen debranching enzyme GlgX  43.07 
 
 		 695 aa  504  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.374964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1982  glycogen debranching enzyme GlgX  43.59 
 
 		 721 aa  504  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0850587  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3980  glycogen debranching enzyme GlgX  45.38 
 
 		 712 aa  503  1e-141  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.524127  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24860  glycogen debranching enzyme  42.97 
 
 		 720 aa  502  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.624836  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0902  glycogen debranching enzyme GlgX  44.86 
 
 		 694 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.934485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1106  glycogen debranching enzyme GlgX  43.63 
 
 		 711 aa  502  1e-141  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.546818  normal  0.380802 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4049  glycogen debranching enzyme GlgX  45.57 
 
 		 766 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.928409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3936  glycogen debranching enzyme GlgX  45.57 
 
 		 766 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659462  normal  0.365741 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0317  glycogen debranching protein GlgX  43.68 
 
 		 715 aa  499  1e-140  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3555  glycogen debranching enzyme GlgX  44.43 
 
 		 755 aa  499  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0361037 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7550  glycogen debranching enzyme GlgX  44.43 
 
 		 702 aa  496  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.317676  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1463  glycogen debranching enzyme GlgX  43.81 
 
 		 708 aa  496  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.66197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3459  glycogen debranching enzyme GlgX  43.79 
 
 		 758 aa  497  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.0095234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1819  glycogen debranching enzyme GlgX  43.3 
 
 		 717 aa  497  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11344  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2158  glycogen debranching protein GlgX  44.68 
 
 		 719 aa  498  1e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0345133  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2676  glycogen debranching enzyme GlgX  43.84 
 
 		 691 aa  496  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2164  glycogen debranching enzyme GlgX  43.93 
 
 		 708 aa  498  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3138  glycogen debranching enzyme GlgX  43.79 
 
 		 758 aa  498  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.157891 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3733  glycogen debranching enzyme GlgX  44.52 
 
 		 733 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.635331  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3839  glycogen debranching enzyme  46.77 
 
 		 657 aa  497  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.90909 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2265  glycogen debranching enzyme GlgX  43.6 
 
 		 708 aa  496  1e-139  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00202669 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1530  glycogen debranching enzyme GlgX  46 
 
 		 704 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376415  normal  0.0851861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4055  glycogen debranching protein GlgX  41.46 
 
 		 717 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.119341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3335  glycogen debranching enzyme GlgX  43.3 
 
 		 755 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.242143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2884  glycogen debranching enzyme  45.84 
 
 		 704 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.499516  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5488  glycogen debranching enzyme GlgX  43.66 
 
 		 708 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.168137  decreased coverage  0.0000616357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3654  glycogen debranching enzyme GlgX  41.27 
 
 		 717 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0348768 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1056  glycogen debranching enzyme GlgX  44.24 
 
 		 712 aa  492  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3116  glycogen debranching protein GlgX  43.27 
 
 		 698 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.479948 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01859  glycogen debranching enzyme GlgX  42.4 
 
 		 710 aa  495  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0328  glycogen debranching enzyme GlgX  42.59 
 
 		 710 aa  494  9.999999999999999e-139  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1115  glycogen debranching enzyme GlgX  44.21 
 
 		 712 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1788  glycogen debranching enzyme GlgX  41.31 
 
 		 717 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5877  glycogen debranching enzyme GlgX  43.97 
 
 		 718 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1850  glycogen debranching enzyme GlgX  44.35 
 
 		 779 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.369764  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2937  glycogen debranching enzyme GlgX  46.19 
 
 		 703 aa  492  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3846  glycogen debranching enzyme  44.44 
 
 		 658 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.825937 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3727  glycogen debranching enzyme  44.44 
 
 		 658 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7031  glycogen debranching protein GlgX  43.45 
 
 		 708 aa  489  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.261677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6785  glycogen debranching enzyme GlgX  43.12 
 
 		 718 aa  491  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4873  glycogen debranching enzyme GlgX  43.87 
 
 		 757 aa  491  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.325281  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1692  glycogen debranching enzyme GlgX  43.48 
 
 		 697 aa  491  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3738  glycogen debranching enzyme  44.44 
 
 		 658 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3907  glycogen debranching enzyme  44.44 
 
 		 658 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.385353  normal  0.48763 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2909  glycogen debranching enzyme GlgX  41.44 
 
 		 751 aa  491  1e-137  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.506693  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3804  glycogen debranching enzyme  44.6 
 
 		 658 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6085  glycogen debranching enzyme GlgX  43.36 
 
 		 705 aa  490  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0291933  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0283  glycogen debranching enzyme GlgX  44.03 
 
 		 657 aa  487  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106954  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1337  glycogen debranching enzyme GlgX  44.6 
 
 		 702 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1542  glycogen debranching enzyme GlgX  44.6 
 
 		 702 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0543  glycogen debranching enzyme GlgX  45.02 
 
 		 704 aa  488  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0247855  normal  0.604467 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1565  glycogen debranching enzyme GlgX  44.6 
 
 		 702 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.122779  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3893  glycogen debranching enzyme  44.03 
 
 		 657 aa  486  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1736  glycogen debranching enzyme GlgX  44.6 
 
 		 702 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1088  glycogen debranching enzyme GlgX  40.69 
 
 		 718 aa  485  1e-136  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.231339 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4743  glycogen debranching enzyme  44.03 
 
 		 657 aa  486  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0541  glycogen debranching protein GlgX  42.55 
 
 		 727 aa  488  1e-136  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1333  glycogen debranching protein GlgX  44.44 
 
 		 705 aa  488  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0242466  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2820  glycogen debranching enzyme GlgX  41.9 
 
 		 720 aa  488  1e-136  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.888887 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0681  glycogen debranching enzyme GlgX  46.43 
 
 		 700 aa  488  1e-136  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>