More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1735 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  100 
 
 		 132 aa  275  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  82.95 
 
 		 132 aa  226  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  82.17 
 
 		 129 aa  224  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  82.17 
 
 		 129 aa  223  9e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  82.17 
 
 		 129 aa  223  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  81.4 
 
 		 131 aa  219  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  76.34 
 
 		 131 aa  214  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  76.92 
 
 		 131 aa  214  4e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  76.92 
 
 		 131 aa  214  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  76.92 
 
 		 131 aa  214  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  76.92 
 
 		 131 aa  213  5e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  76.92 
 
 		 131 aa  213  5e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  76.92 
 
 		 131 aa  213  5e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  75.57 
 
 		 131 aa  212  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  75.57 
 
 		 131 aa  212  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  76.74 
 
 		 130 aa  212  9.999999999999999e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  74.42 
 
 		 135 aa  204  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  72.31 
 
 		 130 aa  204  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  72.09 
 
 		 132 aa  197  5e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  67.69 
 
 		 140 aa  191  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  60.77 
 
 		 134 aa  164  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  60.16 
 
 		 134 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  59.23 
 
 		 132 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  58.91 
 
 		 129 aa  160  4.0000000000000004e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  60.47 
 
 		 129 aa  160  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  58.14 
 
 		 131 aa  159  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  58.14 
 
 		 132 aa  158  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  58.14 
 
 		 135 aa  157  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  58.27 
 
 		 136 aa  157  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1654  endoribonuclease L-PSP  80.65 
 
 		 108 aa  156  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.950662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  55.38 
 
 		 134 aa  147  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0849  Endoribonuclease L-PSP  56.59 
 
 		 135 aa  133  8e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499919  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  48.06 
 
 		 130 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  47.33 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  47.33 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  47.33 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  46.51 
 
 		 130 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  43.61 
 
 		 132 aa  106  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  43.28 
 
 		 132 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  44.09 
 
 		 137 aa  98.2  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  44.09 
 
 		 137 aa  98.2  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  42.19 
 
 		 135 aa  93.6  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 137 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 137 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 137 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  38.28 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  39.06 
 
 		 131 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  38.28 
 
 		 132 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  43.48 
 
 		 137 aa  89.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 133 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  44.54 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  36.84 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  35.96 
 
 		 145 aa  77.4  0.00000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  35.96 
 
 		 145 aa  77.4  0.00000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  37.88 
 
 		 172 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  39.68 
 
 		 137 aa  73.6  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1661  endoribonuclease L-PSP  89.47 
 
 		 38 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  43.24 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5083  endoribonuclease L-PSP  38.54 
 
 		 157 aa  67.4  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000803015  normal  0.0820919 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  40.52 
 
 		 128 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  41.51 
 
 		 128 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3090  endoribonuclease L-PSP  37.39 
 
 		 128 aa  66.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3080  endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0669156  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  38.6 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  44.9 
 
 		 127 aa  64.3  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  37.96 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  35.94 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  34.38 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  40.82 
 
 		 128 aa  60.1  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3498  L-PSP family endoribonuclease  36.13 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.23917  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4818  endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 125 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  38.78 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04125  conserved hypothetical protein  32.48 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.386288 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  39.64 
 
 		 124 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  38.6 
 
 		 402 aa  58.2  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  40.82 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  39.45 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1799  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 151 aa  58.5  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 127 aa  58.5  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  40.82 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  31.36 
 
 		 150 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  43.53 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  32.48 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  27.56 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  41.24 
 
 		 126 aa  57  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0684  Endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 131 aa  57  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  39.8 
 
 		 127 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  39.8 
 
 		 128 aa  57  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3698  peptidase S1C, Do  35.05 
 
 		 127 aa  57  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.239756 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  36.11 
 
 		 125 aa  57  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  41.24 
 
 		 126 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  41.24 
 
 		 126 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1873  translation initiation inhibitor  36.61 
 
 		 151 aa  57  0.00000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.595446  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  39.25 
 
 		 134 aa  57  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  41.24 
 
 		 126 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  35.4 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>