More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0453 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0453  two component sensor kinase  100 
 
 
474 aa  947    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.156809  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0099  histidine kinase  65.32 
 
 
506 aa  614  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  64.74 
 
 
510 aa  608  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.213945  normal  0.386696 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0085  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  59.22 
 
 
493 aa  553  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0274  sensor histidine kinase  49.05 
 
 
541 aa  443  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0289  sensor histidine kinase  48 
 
 
541 aa  428  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.712529  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0340  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  47.87 
 
 
517 aa  423  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0351  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  48.48 
 
 
508 aa  419  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0305  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.6 
 
 
504 aa  355  8.999999999999999e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3077  Signal transduction histidine kinase  41.92 
 
 
492 aa  351  1e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0820  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42.13 
 
 
506 aa  349  6e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.354982 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0067  ATP-binding region, ATPase-like  43.4 
 
 
495 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.491711  hitchhiker  0.00453262 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3706  histidine kinase  41.48 
 
 
492 aa  346  7e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.421002  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0686  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  43.43 
 
 
495 aa  345  1e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723155  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.04 
 
 
492 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.251898  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.79 
 
 
478 aa  329  9e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0716188  hitchhiker  0.00491502 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3530  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.09 
 
 
498 aa  327  3e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0792957  normal  0.828938 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2850  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.82 
 
 
519 aa  326  6e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.916439  normal  0.413843 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6068  histidine kinase  43.79 
 
 
478 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.201334  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2330  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.4 
 
 
538 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.101402 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7323  putative sensor histidine kinase  40.7 
 
 
491 aa  316  6e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.74 
 
 
495 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0948498 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0334  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.62 
 
 
467 aa  309  5.9999999999999995e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0995263  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4467  histidine kinase  41.24 
 
 
494 aa  309  6.999999999999999e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.106277  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4580  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 
496 aa  309  8e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.730418 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4099  ATPase domain-containing protein  41.03 
 
 
511 aa  306  7e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.165494 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0316  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 
461 aa  301  2e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1056  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.61 
 
 
466 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.511775  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2717  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 
466 aa  294  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.401537  normal  0.0193829 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0073  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.26 
 
 
465 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.801183 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0646  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 
484 aa  268  2e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.609641  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0461  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 
488 aa  264  2e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0871  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.95 
 
 
478 aa  254  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0390  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.99 
 
 
502 aa  247  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2136  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.77 
 
 
465 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1112  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 
422 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.46212 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
396 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.177188 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3078  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.67 
 
 
369 aa  100  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3457  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.6 
 
 
1070 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1139  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.22 
 
 
578 aa  99.4  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0987  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 
494 aa  98.6  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19410  histidine kinase with HAMP domain  30.72 
 
 
363 aa  98.2  2e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.241582  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2659  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.2 
 
 
1070 aa  97.8  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.337944  normal  0.276356 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0675  two-component sensor kinase CbrA  28.27 
 
 
975 aa  97.4  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4753  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.51 
 
 
630 aa  97.1  6e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1972  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.93 
 
 
747 aa  97.1  6e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.466348  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2057  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.93 
 
 
747 aa  96.7  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376311  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2511  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 
543 aa  96.7  8e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1907  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.27 
 
 
747 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4419  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.63 
 
 
654 aa  95.1  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.386835 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2534  cyclic nucleotide-binding protein  27.94 
 
 
367 aa  95.1  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.809153  normal  0.0324751 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 
425 aa  94.4  4e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312987  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3598  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 
479 aa  94  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.19 
 
 
1113 aa  93.6  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3202  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
391 aa  93.2  8e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0198  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 
563 aa  93.2  9e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0571647  normal  0.0293056 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1443  sensor histidine kinase/response regulator  27.27 
 
 
654 aa  92.4  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.676986  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2146  two component signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
559 aa  92.8  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1396  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.84 
 
 
547 aa  92.4  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1102  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.08 
 
 
823 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.813916  normal  0.354207 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0245  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.05 
 
 
365 aa  92.8  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0666  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.24 
 
 
831 aa  92.8  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0733  histidine kinase  30.82 
 
 
1347 aa  92.4  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0772  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.67 
 
 
457 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0937198 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0435  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 
703 aa  91.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6198  putative two component sensor histidine kinase  28.81 
 
 
458 aa  90.9  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 
1108 aa  91.3  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0448  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.59 
 
 
519 aa  90.9  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4405  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.49 
 
 
363 aa  90.9  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.198423  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0774  sensor histidine kinase  30.08 
 
 
397 aa  90.5  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.307711 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1012  sensory histidine kinase AtoS  28.99 
 
 
611 aa  90.5  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0763097 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3471  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.21 
 
 
464 aa  90.9  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.551338  normal  0.47179 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  26.54 
 
 
516 aa  90.5  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0049  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.86 
 
 
365 aa  90.5  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2632  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 
510 aa  90.1  7e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1952  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.04 
 
 
752 aa  90.1  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.664907  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0915  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.46 
 
 
362 aa  90.1  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.115848  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04306  histidine kinase-response regulator hybrid protein  29.29 
 
 
500 aa  90.1  8e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.717782  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1319  sensor histidine kinase  30.13 
 
 
367 aa  89.4  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2495  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.69 
 
 
363 aa  89.4  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.65 
 
 
853 aa  89.4  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2559  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 
460 aa  89.4  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.974152  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1744  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.53 
 
 
376 aa  89.7  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000105238  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0828  sensory histidine kinase AtoS  30.08 
 
 
613 aa  89.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.167481 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0842  sensory box histidine kinase/response regulator  30.4 
 
 
787 aa  89  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.220519  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0962  sensor histidine kinase  29.23 
 
 
655 aa  89  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1586  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.25 
 
 
494 aa  88.6  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.864341 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1507  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.64 
 
 
488 aa  88.6  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 
602 aa  89  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.525886  normal  0.309242 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1496  histidine kinase  27.13 
 
 
465 aa  88.6  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1385  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.21 
 
 
462 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.465495  normal  0.764818 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0471  sensor histidine kinase  29.92 
 
 
419 aa  88.2  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.328588  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.2 
 
 
759 aa  88.2  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.77937  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4334  nitrogen regulation protein NR(II)  31.71 
 
 
349 aa  88.2  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2454  histidine kinase  29.11 
 
 
367 aa  88.2  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000691569  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1445  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
390 aa  88.2  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4238  nitrogen regulation protein NR(II)  31.71 
 
 
349 aa  88.2  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.893304  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4217  nitrogen regulation protein NR(II)  31.71 
 
 
349 aa  88.2  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.732813  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1862  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.85 
 
 
869 aa  88.6  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.557725  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22730  putative two-component sensor  28.17 
 
 
445 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.172157  normal  0.0503129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>