More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0316 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0316  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 461 aa  921    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0334  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  64.57 
 
 		 467 aa  568  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0995263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1056  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  63.04 
 
 		 466 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.511775  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2717  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  62.83 
 
 		 466 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.401537  normal  0.0193829 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0073  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  61.96 
 
 		 465 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.801183 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0646  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  60.35 
 
 		 484 aa  533  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.609641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0871  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.87 
 
 		 478 aa  515  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0305  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  46.65 
 
 		 504 aa  369  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0099  histidine kinase  41.38 
 
 		 506 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.52 
 
 		 510 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.213945  normal  0.386696 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.79 
 
 		 478 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0716188  hitchhiker  0.00491502 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0820  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 		 506 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.354982 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0351  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.96 
 
 		 508 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0453  two component sensor kinase  37.96 
 
 		 474 aa  301  2e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.156809  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0686  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  38.7 
 
 		 495 aa  299  6e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0067  ATP-binding region, ATPase-like  38.7 
 
 		 495 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.491711  hitchhiker  0.00453262 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0085  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 493 aa  298  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3706  histidine kinase  38.08 
 
 		 492 aa  296  6e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.421002  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.07 
 
 		 492 aa  296  7e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.251898  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.39 
 
 		 495 aa  291  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0948498 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6068  histidine kinase  42.01 
 
 		 478 aa  291  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.201334  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3077  Signal transduction histidine kinase  38.31 
 
 		 492 aa  291  2e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3530  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 498 aa  290  5.0000000000000004e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0792957  normal  0.828938 
 
 
-
 
NC_004310  BR0274  sensor histidine kinase  38.53 
 
 		 541 aa  287  2e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2330  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.93 
 
 		 538 aa  281  2e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.101402 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0340  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 		 517 aa  279  9e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0289  sensor histidine kinase  37.66 
 
 		 541 aa  275  1.0000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.712529  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0390  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.04 
 
 		 502 aa  275  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2850  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.53 
 
 		 519 aa  273  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.916439  normal  0.413843 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4467  histidine kinase  38.91 
 
 		 494 aa  270  5e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.106277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0461  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 		 488 aa  268  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7323  putative sensor histidine kinase  37.05 
 
 		 491 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4099  ATPase domain-containing protein  38.7 
 
 		 511 aa  266  8e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.165494 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4580  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.48 
 
 		 496 aa  261  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.730418 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2136  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.68 
 
 		 465 aa  216  5e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1112  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.27 
 
 		 422 aa  157  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46212 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0625  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 		 526 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2916  sensor histidine kinase  31.09 
 
 		 487 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.691073  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0659  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 		 525 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 		 804 aa  106  7e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0659  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 		 525 aa  106  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1628  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 		 929 aa  106  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0554  histidine kinase  28.31 
 
 		 499 aa  103  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4348  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.04 
 
 		 330 aa  103  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2923  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.52 
 
 		 541 aa  101  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.252505  hitchhiker  0.00000000439976 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0021  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 		 469 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0249  histidine kinase  29.76 
 
 		 459 aa  101  4e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 491 aa  99.4  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2947  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.2 
 
 		 642 aa  99.4  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.22 
 
 		 1108 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1012  sensory histidine kinase AtoS  33.19 
 
 		 611 aa  99.4  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0763097 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1276  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 642 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1139  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.19 
 
 		 578 aa  99  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0350  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.06 
 
 		 1140 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6820  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 		 532 aa  99  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0670  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.18 
 
 		 546 aa  99  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0451507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1384  sensory histidine kinase AtoS  31.37 
 
 		 617 aa  97.4  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0969  sensory histidine kinase AtoS  32.47 
 
 		 622 aa  97.4  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000351141  normal  0.40359 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1907  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.85 
 
 		 747 aa  97.4  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0820  multisensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 		 519 aa  97.4  5e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0655  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 		 542 aa  97.4  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000210229  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.33 
 
 		 1113 aa  97.1  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2497  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.69 
 
 		 1168 aa  96.3  9e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.436801 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1524  histidine kinase  32.8 
 
 		 592 aa  95.9  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64718e-19 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2015  two component hybrid sensor response regulator  31.09 
 
 		 391 aa  95.5  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0804  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 		 663 aa  95.5  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.296509  normal  0.022202 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.68 
 
 		 1191 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2534  cyclic nucleotide-binding protein  25.52 
 
 		 367 aa  95.1  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.809153  normal  0.0324751 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0471  sensor histidine kinase  32.53 
 
 		 419 aa  94.7  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.328588  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1311  sensory histidine kinase AtoS  31.06 
 
 		 614 aa  94.7  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1207  histidine kinase  28.68 
 
 		 577 aa  95.1  3e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0215  signal transduction histidine kinase  30.8 
 
 		 531 aa  94  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.69088 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.45 
 
 		 361 aa  94.4  4e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.121387  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5521  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.76 
 
 		 524 aa  94  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.90101 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0696  histidine kinase  31.56 
 
 		 248 aa  94  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0073771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 		 1151 aa  94  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2000  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 		 515 aa  94  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1952  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.55 
 
 		 752 aa  94  5e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.664907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2057  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.05 
 
 		 747 aa  93.6  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376311  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4160  histidine kinase  31.35 
 
 		 311 aa  93.2  8e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0841988 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0668  histidine kinase  28.51 
 
 		 542 aa  93.2  9e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.512830000000001e-32 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0104  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.36 
 
 		 367 aa  92.8  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1412  sensor histidine kinase/response regulator  29.72 
 
 		 737 aa  92.8  1e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.281366  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 		 852 aa  92.8  1e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2346  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.64 
 
 		 717 aa  92.4  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.596828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.5 
 
 		 661 aa  92.8  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2364  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 		 646 aa  92.4  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.765238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1868  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.1 
 
 		 385 aa  92.4  1e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.34075  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 		 644 aa  92  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.582192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1102  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.14 
 
 		 823 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.813916  normal  0.354207 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0172  sensory histidine kinase AtoS  28.63 
 
 		 621 aa  92  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.557198  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 		 412 aa  92  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000397625  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  27.86 
 
 		 1092 aa  91.7  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0577  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 		 516 aa  92.4  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0189  histidine kinase  28.24 
 
 		 598 aa  92  2e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.602586 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3371  histidine kinase  30.83 
 
 		 887 aa  92  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.564838 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62530  two-component sensor CbrA  27.69 
 
 		 983 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.4 
 
 		 592 aa  92.4  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3068  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 		 479 aa  92  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000279575  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0469  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 		 444 aa  91.7  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>