More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0935 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0935  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 533 aa  1098    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06680  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  48.66 
 
 		 525 aa  508  9.999999999999999e-143  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000372543  normal  0.255135 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2145  extracellular solute-binding protein family 5  44.46 
 
 		 537 aa  429  1e-119  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1271  ABC transporter, periplasmic binding protein  38.85 
 
 		 528 aa  330  5.0000000000000004e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000259921  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2471  putative ABC transporter periplasmic binding protein  38.17 
 
 		 530 aa  323  5e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10018 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08370  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  37.9 
 
 		 547 aa  314  1.9999999999999998e-84  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.273822  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3387  extracellular solute-binding protein family 5  38.04 
 
 		 550 aa  313  2.9999999999999996e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0188  extracellular solute-binding protein  37.25 
 
 		 547 aa  297  4e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.12 
 
 		 510 aa  119  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  29.44 
 
 		 527 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.39 
 
 		 504 aa  117  6.9999999999999995e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.29 
 
 		 566 aa  117  6.9999999999999995e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.70881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.56 
 
 		 532 aa  113  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 528 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  28.45 
 
 		 523 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  28.67 
 
 		 517 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  27.2 
 
 		 512 aa  107  6e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.58 
 
 		 524 aa  106  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  26.81 
 
 		 544 aa  105  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.28 
 
 		 520 aa  104  4e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  25.29 
 
 		 509 aa  104  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 		 495 aa  103  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  25.82 
 
 		 509 aa  103  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  24.16 
 
 		 526 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.38 
 
 		 514 aa  102  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  25.05 
 
 		 514 aa  102  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.82 
 
 		 534 aa  102  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  25.12 
 
 		 532 aa  102  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1036  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 524 aa  102  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0722  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 		 522 aa  102  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.597639 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 495 aa  101  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 		 595 aa  100  5e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.51 
 
 		 545 aa  100  6e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1103  extracellular solute-binding protein family 5  25.21 
 
 		 524 aa  100  7e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5088  extracellular solute-binding protein family 5  27.22 
 
 		 553 aa  100  8e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.416607 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.17 
 
 		 529 aa  99.8  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2285  extracellular solute-binding protein family 5  23.95 
 
 		 535 aa  99.4  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000852999 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1552  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 551 aa  99.8  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000560356 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0206  extracellular solute-binding protein family 5  26.77 
 
 		 561 aa  99.4  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.646254  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 		 510 aa  99.8  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 528 aa  99.8  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  24.68 
 
 		 520 aa  99  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2998  extracellular solute-binding protein family 5  28.13 
 
 		 610 aa  99  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.869563  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  26.43 
 
 		 508 aa  97.8  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 522 aa  97.4  5e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0142  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  26.71 
 
 		 551 aa  97.4  6e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0632409  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.99 
 
 		 535 aa  97.4  6e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0884  dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.01 
 
 		 530 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0511525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  27.24 
 
 		 519 aa  97.1  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 505 aa  96.7  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  25.77 
 
 		 535 aa  96.7  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  25.15 
 
 		 535 aa  95.5  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  29.54 
 
 		 517 aa  95.9  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.54 
 
 		 529 aa  95.5  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0658  extracellular solute-binding protein family 5  25.84 
 
 		 577 aa  95.5  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 510 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0927  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 		 530 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.75 
 
 		 492 aa  94.7  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.74 
 
 		 528 aa  95.1  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  23.88 
 
 		 521 aa  95.1  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  25.15 
 
 		 535 aa  95.1  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 524 aa  94.7  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.75 
 
 		 479 aa  94.7  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 532 aa  94.7  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0232  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 517 aa  94.7  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  26.89 
 
 		 524 aa  94.4  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.54 
 
 		 528 aa  94.4  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 492 aa  94.4  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.54 
 
 		 528 aa  94.4  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0923  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 		 530 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4344  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 526 aa  94  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  23.63 
 
 		 521 aa  93.6  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.63 
 
 		 521 aa  93.6  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  23.63 
 
 		 521 aa  93.6  8e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  23.63 
 
 		 521 aa  93.6  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2107  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 		 532 aa  93.6  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  28.38 
 
 		 514 aa  93.6  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2671  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 542 aa  93.6  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.699901  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 535 aa  93.6  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  25.46 
 
 		 535 aa  93.6  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  26.2 
 
 		 524 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.2 
 
 		 524 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  26.2 
 
 		 524 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 500 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.19 
 
 		 525 aa  93.2  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  30.5 
 
 		 516 aa  92.8  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 		 515 aa  93.2  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.54 
 
 		 528 aa  93.2  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  26.2 
 
 		 524 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  26.2 
 
 		 524 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.2 
 
 		 524 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5121  extracellular solute-binding protein family 5  28.8 
 
 		 522 aa  93.2  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  26.2 
 
 		 524 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  25.61 
 
 		 535 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  27.04 
 
 		 519 aa  92.4  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.3 
 
 		 528 aa  92.4  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  25.61 
 
 		 535 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.61 
 
 		 535 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 		 538 aa  92  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1603  extracellular solute-binding protein family 5  27.32 
 
 		 539 aa  92  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654936  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>