More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0129 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0129  UbiC transcription regulator-associated domain protein  100 
 
 		 579 aa  1184    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.625714 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3398  Transketolase domain protein  40.86 
 
 		 263 aa  197  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3075  transketolase domain-containing protein  41.67 
 
 		 271 aa  196  7e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0025975  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0968  transketolase domain-containing protein  39.33 
 
 		 273 aa  186  8e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0172  Transketolase domain protein  38.97 
 
 		 273 aa  186  1.0000000000000001e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.906394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0551  transketolase subunit A  39.85 
 
 		 286 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0334  Transketolase domain protein  37.99 
 
 		 286 aa  184  3e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0236  transketolase subunit A  40.15 
 
 		 271 aa  182  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1131  transketolase domain-containing protein  39.41 
 
 		 280 aa  179  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4745  Transketolase domain protein  37.45 
 
 		 277 aa  176  7e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0491  transketolase domain-containing protein  37.88 
 
 		 276 aa  176  9e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0712  Transketolase domain protein  36.92 
 
 		 281 aa  176  9.999999999999999e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0142999  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0243  transketolase-like protein  38.31 
 
 		 275 aa  174  3.9999999999999995e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2919  transketolase, N-terminal subunit  37.59 
 
 		 277 aa  173  7.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2514  transketolase subunit A  39.31 
 
 		 269 aa  173  7.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2720  transketolase, N-terminal subunit  37.74 
 
 		 273 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0279  Transketolase domain protein  38.26 
 
 		 274 aa  172  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000402099  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1861  Transketolase domain protein  37.69 
 
 		 279 aa  170  5e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3365  Transketolase domain protein  38.06 
 
 		 277 aa  170  5e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1587  transketolase, N-terminal subunit  38.71 
 
 		 252 aa  170  5e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0264  Transketolase domain protein  36.74 
 
 		 274 aa  170  7e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00137267 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4222  transketolase subunit A  36.64 
 
 		 270 aa  169  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1503  transketolase domain-containing protein  36.19 
 
 		 272 aa  168  2e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0294001  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0440  transketolase  35.48 
 
 		 275 aa  167  4e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.707668  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3879  transketolase-like  38.38 
 
 		 279 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2690  transketolase domain-containing protein  36.4 
 
 		 276 aa  167  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.277704 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2799  Transketolase domain protein  35.74 
 
 		 274 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0287  transketolase  35.82 
 
 		 274 aa  167  5.9999999999999996e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.132447  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1382  Transketolase domain protein  37.55 
 
 		 269 aa  167  5.9999999999999996e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0469  transketolase subunit A  35.32 
 
 		 275 aa  166  8e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2060  Transketolase domain protein  34.93 
 
 		 282 aa  166  9e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05480  transketolase subunit A  39.36 
 
 		 275 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0292  putative transketolase, N-terminal subunit  35.82 
 
 		 274 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1059  transketolase subunit A  40.62 
 
 		 277 aa  166  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.579948 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1998  Transketolase domain protein  39.41 
 
 		 279 aa  166  1.0000000000000001e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.337759  hitchhiker  0.00336505 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2078  transketolase domain-containing protein  37.59 
 
 		 271 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2704  transketolase subunit A  35.58 
 
 		 281 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000372386  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2237  transketolase  37.05 
 
 		 689 aa  165  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.822135 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1552  transketolase domain-containing protein  35.32 
 
 		 275 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.12208  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2527  transketolase domain protein  36.4 
 
 		 276 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.336828 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2582  transketolase domain-containing protein  36.4 
 
 		 276 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.935326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2482  transketolase domain protein  36.4 
 
 		 276 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0790989  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0245  Transketolase domain protein  35.34 
 
 		 265 aa  164  4.0000000000000004e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.411817  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1147  Transketolase domain protein  36.89 
 
 		 271 aa  163  9e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2570  transketolase domain protein  36 
 
 		 276 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.479984  normal  0.537174 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0367  transketolase domain-containing protein  34.77 
 
 		 275 aa  162  2e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0144552 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4664  transketolase domain-containing protein  38.37 
 
 		 289 aa  162  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4382  Transketolase domain protein  36.92 
 
 		 285 aa  161  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.415555  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2127  Transketolase domain protein  35.32 
 
 		 276 aa  161  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.359071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2843  transketolase subunit A  37.61 
 
 		 276 aa  161  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.140333  normal  0.2899 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3968  Transketolase domain protein  35.93 
 
 		 272 aa  160  9e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000279469  unclonable  0.000000000126614 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3311  Transketolase domain protein  36.69 
 
 		 279 aa  159  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0469  Transketolase domain protein  35.09 
 
 		 273 aa  159  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.833145  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2214  transketolase subunit A  36.33 
 
 		 284 aa  157  4e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000519395  hitchhiker  0.000381558 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14541  N-terminal subunit of transketolase  35.46 
 
 		 288 aa  157  4e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2443  transketolase subunit A  36.23 
 
 		 278 aa  157  4e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4011  putative GntR-family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 247 aa  157  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3995  putative GntR-family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 247 aa  157  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.963661 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4066  putative GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 247 aa  157  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.980684 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4116  putative GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 247 aa  157  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0268  transketolase  35.98 
 
 		 606 aa  156  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1716  Transketolase domain protein  36.81 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2288  transketolase domain-containing protein  35.47 
 
 		 268 aa  156  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1924  transketolase domain-containing protein  34.67 
 
 		 281 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3950  Transketolase domain protein  35.06 
 
 		 291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.804929  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4274  transketolase domain-containing protein  34.06 
 
 		 287 aa  154  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3643  Transketolase domain protein  37.83 
 
 		 267 aa  154  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5276  transketolase domain-containing protein  35.79 
 
 		 282 aa  154  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2614  transketolase domain-containing protein  37.3 
 
 		 285 aa  153  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.336925  normal  0.70131 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2255  Transketolase domain protein  34.71 
 
 		 269 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.158936  normal  0.0249782 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2366  Transketolase domain protein  38.93 
 
 		 286 aa  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.95971  normal  0.0469073 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2091  transketolase domain-containing protein  38.93 
 
 		 286 aa  151  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.189394 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4822  transcriptional regulator, GntR family  34.75 
 
 		 248 aa  150  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3766  GntR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 248 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2033  Transketolase domain protein  34.3 
 
 		 269 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5636  transketolase subunit A  37.05 
 
 		 282 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1540  transketolase domain-containing protein  36.07 
 
 		 282 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.220485  normal  0.477158 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09030  transketolase subunit A  35.74 
 
 		 278 aa  148  2.0000000000000003e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.169995  normal  0.0273628 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2647  Transketolase domain protein  33.46 
 
 		 276 aa  148  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.142698  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1461  transketolase subunit A  36.51 
 
 		 279 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.297998 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0795  Transketolase domain protein  35.42 
 
 		 273 aa  147  5e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0333  Transketolase domain protein  34.81 
 
 		 309 aa  147  5e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3128  transketolase domain-containing protein  34.96 
 
 		 281 aa  147  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.616231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0260  Transketolase domain protein  38.52 
 
 		 286 aa  147  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.509651 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5660  Transketolase domain protein  33.87 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0728  transketolase domain-containing protein  34.63 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2719  transketolase subunit A  36.73 
 
 		 282 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1467  Transketolase domain protein  33.08 
 
 		 273 aa  145  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3957  transketolase subunit A  34.52 
 
 		 302 aa  145  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.132979  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2745  transketolase domain-containing protein  34.91 
 
 		 286 aa  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.498347  normal  0.112141 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3642  transketolase domain-containing protein  34.8 
 
 		 281 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0863468 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3002  transketolase domain-containing protein  34.06 
 
 		 287 aa  145  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0407  Transketolase domain protein  36.09 
 
 		 307 aa  144  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5877  transketolase domain-containing protein  35.66 
 
 		 283 aa  144  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3617  transketolase-like  33.33 
 
 		 281 aa  144  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.868014  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3529  Transketolase domain protein  36.33 
 
 		 267 aa  144  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.322981  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4777  transketolase, N-terminal  36 
 
 		 281 aa  144  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4990  transketolase domain-containing protein  32.85 
 
 		 281 aa  143  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0183  transketolase  37.2 
 
 		 640 aa  143  8e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1373  Transketolase domain protein  34.06 
 
 		 303 aa  143  9e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.160442  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>