More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0250 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0250  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 291 aa  549  1e-155  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0262  porphobilinogen deaminase  50.75 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.207863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0549  Hydroxymethylbilane synthase  47.32 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.503516  normal  0.484278 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0237  hydroxymethylbilane synthase  48.01 
 
 		 331 aa  205  7e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  44.11 
 
 		 314 aa  202  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  43.43 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  43.43 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  44.52 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  41.86 
 
 		 309 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 311 aa  195  6e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0899  porphobilinogen deaminase  38.74 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.28159  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1124  porphobilinogen deaminase  38.61 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.417261 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  42.95 
 
 		 313 aa  193  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6130  porphobilinogen deaminase  45.67 
 
 		 354 aa  193  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.401748 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  44.37 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  41.95 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  44.34 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  44.78 
 
 		 313 aa  192  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  44.19 
 
 		 313 aa  192  7e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  44.15 
 
 		 311 aa  192  7e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24400  hydroxymethylbilane synthase  50.19 
 
 		 358 aa  192  8e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.485393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  40.73 
 
 		 318 aa  189  5e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  41 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  42.01 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4439  porphobilinogen deaminase  44.63 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  44.14 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0872  porphobilinogen deaminase  41.86 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  40.33 
 
 		 309 aa  185  7e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  40.67 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  42.44 
 
 		 304 aa  185  8e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  41.33 
 
 		 313 aa  185  8e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 309 aa  185  8e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1838  porphobilinogen deaminase  43.58 
 
 		 305 aa  185  8e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  43.33 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  39.87 
 
 		 312 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  40.54 
 
 		 312 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0495  porphobilinogen deaminase  45.72 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  40.19 
 
 		 321 aa  183  3e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  39.6 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1544  porphobilinogen deaminase  46.15 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.471062  normal  0.491282 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4371  porphobilinogen deaminase  46.18 
 
 		 335 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  41 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  37.25 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8325  porphobilinogen deaminase  44.82 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0357  porphobilinogen deaminase  45.25 
 
 		 322 aa  182  8.000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  43.2 
 
 		 322 aa  181  9.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0767  porphobilinogen deaminase  39.41 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  39.14 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 312 aa  181  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36050  hydroxymethylbilane synthase  43.97 
 
 		 312 aa  180  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.000727024  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  41.36 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  41.84 
 
 		 318 aa  180  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  41.84 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  41.84 
 
 		 320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  41.84 
 
 		 320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  41.84 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  41.2 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  41.84 
 
 		 320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  40.67 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  41.84 
 
 		 320 aa  179  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  41.84 
 
 		 318 aa  179  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  40.33 
 
 		 326 aa  179  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2690  porphobilinogen deaminase  42.14 
 
 		 321 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  38.08 
 
 		 318 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  40.33 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 310 aa  178  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  38.82 
 
 		 318 aa  178  8e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26790  hydroxymethylbilane synthase  42.99 
 
 		 337 aa  178  8e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  39.67 
 
 		 310 aa  178  8e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  39.67 
 
 		 310 aa  178  8e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  39.67 
 
 		 310 aa  178  8e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  41.5 
 
 		 320 aa  178  9e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  40.47 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  41.28 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  41.28 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  39.67 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  41.28 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2786  porphobilinogen deaminase  44.28 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.50177  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  39.33 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  41.28 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  41.28 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  41.81 
 
 		 351 aa  176  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0893  porphobilinogen deaminase  37.67 
 
 		 313 aa  176  3e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  39.67 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  39.67 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1225  porphobilinogen deaminase  44.19 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0318  porphobilinogen deaminase  40.08 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  39.87 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1422  porphobilinogen deaminase  39.31 
 
 		 291 aa  176  4e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.168494  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  38.91 
 
 		 330 aa  176  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0427  porphobilinogen deaminase  44.59 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.751162  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  40.48 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  39.33 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3202  porphobilinogen deaminase  41.08 
 
 		 318 aa  174  9.999999999999999e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0969809  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1385  porphobilinogen deaminase  38.52 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1322  porphobilinogen deaminase  38.89 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000625497  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  43.89 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 326 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  44.41 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>