More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3202 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3202  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 318 aa  629  1e-179  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0969809  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  43.95 
 
 		 312 aa  242  6e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  43.31 
 
 		 310 aa  241  7.999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  45.28 
 
 		 315 aa  241  9e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  45.11 
 
 		 311 aa  240  2.9999999999999997e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  43.95 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  43.49 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  43.81 
 
 		 326 aa  236  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  45.08 
 
 		 313 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  45.08 
 
 		 313 aa  235  8e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  43.35 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  43.17 
 
 		 309 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  43.49 
 
 		 315 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  45.28 
 
 		 311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  42.68 
 
 		 321 aa  233  2.0000000000000002e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  41.08 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0933  porphobilinogen deaminase  41.72 
 
 		 313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  46.03 
 
 		 322 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  44.27 
 
 		 317 aa  232  5e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 320 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  45.4 
 
 		 320 aa  232  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 320 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 320 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 320 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  45.4 
 
 		 320 aa  232  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  45.4 
 
 		 313 aa  232  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 318 aa  232  8.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  45.4 
 
 		 313 aa  232  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  45.4 
 
 		 318 aa  231  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 320 aa  231  9e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 318 aa  231  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0863  porphobilinogen deaminase  44.6 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0113254  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  43.27 
 
 		 326 aa  231  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  43.49 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  44.13 
 
 		 313 aa  230  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  44.13 
 
 		 313 aa  230  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  43.63 
 
 		 312 aa  231  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  42.86 
 
 		 310 aa  230  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1427  porphobilinogen deaminase  42.04 
 
 		 313 aa  230  3e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  43.49 
 
 		 313 aa  229  4e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  43.81 
 
 		 313 aa  229  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  43.31 
 
 		 312 aa  229  5e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  42.9 
 
 		 308 aa  229  5e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  43.89 
 
 		 316 aa  229  5e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  47.18 
 
 		 315 aa  229  5e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  42.41 
 
 		 310 aa  229  6e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  43.22 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  43.17 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  43.17 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  42.22 
 
 		 309 aa  227  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0893  porphobilinogen deaminase  42.36 
 
 		 313 aa  227  3e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  42.54 
 
 		 309 aa  226  4e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  42.04 
 
 		 310 aa  225  6e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  45.08 
 
 		 351 aa  225  7e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  47.62 
 
 		 313 aa  225  7e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  42.22 
 
 		 317 aa  225  7e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1796  porphobilinogen deaminase  42.36 
 
 		 313 aa  225  8e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.160972  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  41.4 
 
 		 313 aa  225  9e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  42.68 
 
 		 318 aa  224  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  42.68 
 
 		 318 aa  224  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1544  porphobilinogen deaminase  49.46 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.471062  normal  0.491282 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1539  porphobilinogen deaminase  39.81 
 
 		 312 aa  223  2e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0899347  hitchhiker  0.00290857 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  42.04 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  42.04 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  42.04 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  41.72 
 
 		 310 aa  223  4e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  39.49 
 
 		 309 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  41.59 
 
 		 309 aa  222  4.9999999999999996e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  41.82 
 
 		 339 aa  222  6e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  44.59 
 
 		 313 aa  222  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  41.77 
 
 		 309 aa  221  9e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3548  porphobilinogen deaminase  40.69 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  41.01 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  43.63 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2580  porphobilinogen deaminase  38.73 
 
 		 311 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  41.4 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  41.4 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  41.4 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1322  porphobilinogen deaminase  40.44 
 
 		 314 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000625497  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  41.4 
 
 		 310 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5131  porphobilinogen deaminase  43.31 
 
 		 322 aa  219  5e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  43.95 
 
 		 313 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0950  porphobilinogen deaminase  42.04 
 
 		 313 aa  219  6e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1515  porphobilinogen deaminase  42.04 
 
 		 313 aa  218  8.999999999999998e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0710  porphobilinogen deaminase  43.85 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  46.27 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  42.72 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1124  porphobilinogen deaminase  40.32 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.417261 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  41.08 
 
 		 318 aa  217  2e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  43.81 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  40.76 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0496  porphobilinogen deaminase  41.4 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0098  porphobilinogen deaminase  39.35 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4621  porphobilinogen deaminase  42.41 
 
 		 320 aa  216  4e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1251  porphobilinogen deaminase  39.75 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  43.31 
 
 		 312 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  43.44 
 
 		 314 aa  215  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  44.03 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0688  porphobilinogen deaminase  43.64 
 
 		 311 aa  215  9e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427677  normal  0.256859 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0872  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>