More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2043 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  613  9.999999999999999e-175  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 315 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  49.35 
 
 		 309 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1347  LysR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 309 aa  255  8e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.278914  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  45.31 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0678  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 324 aa  244  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 306 aa  236  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 304 aa  232  5e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 302 aa  225  9e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.85 
 
 		 304 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2314  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 324 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 328 aa  209  5e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 307 aa  208  7e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.13 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  42.3 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 299 aa  205  9e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  205  9e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 296 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.51 
 
 		 305 aa  205  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 317 aa  205  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  36.25 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.94 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 318 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 303 aa  202  6e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.6 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.6 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 335 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  35.92 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  40.73 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.7 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2478  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 299 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.695229 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 340 aa  199  7e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  37.12 
 
 		 302 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 304 aa  198  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2831  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 312 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2813  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 312 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2956  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 312 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0591217 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 313 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1545  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.813324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.91 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 298 aa  196  6e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 313 aa  195  6e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03790  Transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  35.93 
 
 		 292 aa  195  7e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  42.53 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 295 aa  195  9e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.92 
 
 		 293 aa  195  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 324 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  39.2 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.08 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.9 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3567  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.346329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0050  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.142799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1327  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 311 aa  192  5e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.893209 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  34.19 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 304 aa  192  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 315 aa  192  8e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 289 aa  192  8e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>